Using protein blocks to build custom fragment libraries from protein structures
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Dhingra, Surbhi, Stéphane, Téletchéa, Sowdhamini, Ramanathan, Sanejouand, Yves-Henri, de Brevern, Alexandre G, Cadet, Frédéric, Offmann, Bernard |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2020
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
From thermodynamics to protein design: Diffusion models for biomolecule generation towards autonomous protein engineering
di: Li, Wen-ran, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Wen-ran, et al.
Pubblicazione: (2025)
Combining oligo pools and Golden Gate cloning to create protein variant libraries or guide RNA libraries for CRISPR applications
di: Valero, Alicia Maciá, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Valero, Alicia Maciá, et al.
Pubblicazione: (2024)
Fast uncovering of protein sequence diversity from structure
di: Silva, Luca Alessandro, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Silva, Luca Alessandro, et al.
Pubblicazione: (2024)
Hierarchical protein backbone generation with latent and structure diffusion
di: Yim, Jason, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yim, Jason, et al.
Pubblicazione: (2025)
EHCube4P: Learning Epistatic Patterns Through Hypercube Graph Convolution Neural Network for Protein Fitness Function Estimation
di: Daud, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Daud, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
Linguistically inspired roadmap for building biologically reliable protein language models
di: Vu, Mai Ha, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Vu, Mai Ha, et al.
Pubblicazione: (2022)
Zepyros: A webserver to evaluate the shape complementarity of protein-protein interfaces
di: Miotto, Mattia, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Miotto, Mattia, et al.
Pubblicazione: (2024)
MP-GCAN: a highly accurate classifier for $α$-helical membrane proteins and $β$-barrel proteins
di: Li, Kunyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Kunyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Integrating protein sequence embeddings with structure via graph-based deep learning for single-residue property prediction
di: Michalewicz, Kevin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Michalewicz, Kevin, et al.
Pubblicazione: (2025)
Learning immune receptor representations with protein language models
di: Dounas, Andreas, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Dounas, Andreas, et al.
Pubblicazione: (2024)
Point transformer for protein structural heterogeneity analysis using CryoEM
di: Chen, Muyuan, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Chen, Muyuan, et al.
Pubblicazione: (2026)
Geometric deep learning assists protein engineering. Opportunities and Challenges
di: García-Vinuesa, Julián, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: García-Vinuesa, Julián, et al.
Pubblicazione: (2025)
Single NV in nanodiamond for quantum sensing of protein dynamics in an ABEL trap
di: Perez, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Perez, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Tracing protein and proteome history with chronologies and networks: folding recapitulates evolution
di: Caetano-Anollés, Gustavo, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Caetano-Anollés, Gustavo, et al.
Pubblicazione: (2026)
Exploring zero-shot structure-based protein fitness prediction
di: Sharma, Arnav, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sharma, Arnav, et al.
Pubblicazione: (2025)
The Lipid Interactome: An interactive and open access platform for exploring cellular lipid-protein interactomes
di: Guzman, Gaelen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Guzman, Gaelen, et al.
Pubblicazione: (2025)
Look mom, no experimental data! Learning to score protein-ligand interactions from simulations
di: Brocidiacono, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Brocidiacono, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
Impact of phylogeny on structural contact inference from protein sequence data
di: Dietler, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Dietler, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2022)
Evaluating protein binding interfaces with PUMBA
di: Shirali, Azam, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shirali, Azam, et al.
Pubblicazione: (2025)
Quantification of protein homodimer affinity using native mass spectrometry
di: Schulte, Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Schulte, Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Album: executable building blocks for scientific imaging routines, from sharing to LLM-assisted orchestration
di: Albrecht, Jan Philipp, et al.
Pubblicazione: (2021)
di: Albrecht, Jan Philipp, et al.
Pubblicazione: (2021)
Continued domain-specific pre-training of protein language models for pMHC-I binding prediction
di: Mares, Sergio E., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mares, Sergio E., et al.
Pubblicazione: (2025)
EMERALD-UI: An interactive web application to unveil novel protein biology hidden in the suboptimal-alignment space
di: Preoteasa, Andrei, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Preoteasa, Andrei, et al.
Pubblicazione: (2026)
Why risk matters for protein binder design
di: Cotet, Tudor-Stefan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Cotet, Tudor-Stefan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Generation of structure-guided pMHC-I libraries using Diffusion Models
di: Mares, Sergio, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mares, Sergio, et al.
Pubblicazione: (2025)
Calculating complexity of large randomized libraries
di: Kong, Yong
Pubblicazione: (2014)
di: Kong, Yong
Pubblicazione: (2014)
Ultra-large library screening with an evolutionary algorithm in Rosetta (REvoLd)
di: Eisenhuth, Paul, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Eisenhuth, Paul, et al.
Pubblicazione: (2024)
VenusMutHub: A systematic evaluation of protein mutation effect predictors on small-scale experimental data
di: Zhang, Liang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Liang, et al.
Pubblicazione: (2025)
bio2Byte Tools deployment as a Python package and Galaxy tool to predict protein biophysical properties
di: Gavalda-Garcia, Jose, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gavalda-Garcia, Jose, et al.
Pubblicazione: (2024)
Beware of so-called 'good' correlations: a statistical reality check on individual mRNA-protein predictions
di: Gosselin, Romain-Daniel
Pubblicazione: (2025)
di: Gosselin, Romain-Daniel
Pubblicazione: (2025)
Plant and insect proteins support optimal bone growth and development; Evidences from a pre-clinical model
di: Becker, Gal, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Becker, Gal, et al.
Pubblicazione: (2024)
An application of node and edge nonlinear hypergraph centrality to a protein complex hypernetwork
di: Lawson, Sarah, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lawson, Sarah, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProtBoost: protein function prediction with Py-Boost and Graph Neural Networks -- CAFA5 top2 solution
di: Chervov, Alexander, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chervov, Alexander, et al.
Pubblicazione: (2024)
Pre-trained protein language model for codon optimization
di: Pathak, Shashank, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Pathak, Shashank, et al.
Pubblicazione: (2024)
Deep learning-guided evolutionary optimization for protein design
di: Hartman, Erik, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Hartman, Erik, et al.
Pubblicazione: (2026)
Predicting the Risk of Ischemic Stroke in Patients with Atrial Fibrillation using Heterogeneous Drug-protein-disease Network-based Deep Learning
di: Lyu, Zhiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lyu, Zhiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
Controllable protein design with particle-based Feynman-Kac steering
di: Hartman, Erik, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hartman, Erik, et al.
Pubblicazione: (2025)
Improved prediction of ligand-protein binding affinities by meta-modeling
di: Lee, Ho-Joon, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Lee, Ho-Joon, et al.
Pubblicazione: (2023)
Edge-aware GAT-based protein binding site prediction
di: Yang, Weisen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yang, Weisen, et al.
Pubblicazione: (2026)
Fine-tuning the ESM2 protein language model to understand the functional impact of missense variants
di: Saadat, Ali, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Saadat, Ali, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
From thermodynamics to protein design: Diffusion models for biomolecule generation towards autonomous protein engineering
di: Li, Wen-ran, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Combining oligo pools and Golden Gate cloning to create protein variant libraries or guide RNA libraries for CRISPR applications
di: Valero, Alicia Maciá, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Fast uncovering of protein sequence diversity from structure
di: Silva, Luca Alessandro, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Hierarchical protein backbone generation with latent and structure diffusion
di: Yim, Jason, et al.
Pubblicazione: (2025) -
EHCube4P: Learning Epistatic Patterns Through Hypercube Graph Convolution Neural Network for Protein Fitness Function Estimation
di: Daud, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)