GENEOnet: A new machine learning paradigm based on Group Equivariant Non-Expansive Operators. An application to protein pocket detection
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Bocchi, Giovanni, Frosini, Patrizio, Micheletti, Alessandra, Pedretti, Alessandro, Gratteri, Carmen, Lunghini, Filippo, Beccari, Andrea Rosario, Talarico, Carmine |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2022
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
GENEOnet: Statistical analysis supporting explainability and trustworthiness
di: Bocchi, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bocchi, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
Sesame: Opening the door to protein pockets
di: Miñán, Raúl, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Miñán, Raúl, et al.
Pubblicazione: (2025)
CAML: Commutative algebra machine learning -- a case study on protein-ligand binding affinity prediction
di: Feng, Hongsong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Feng, Hongsong, et al.
Pubblicazione: (2025)
One pocket to activate them all: Efforts on understanding the modulator pocket in K2P channels
di: Mendez-Otalvaro, Edward, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mendez-Otalvaro, Edward, et al.
Pubblicazione: (2025)
Representing local protein environments with machine learning force fields
di: Bojan, Meital, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bojan, Meital, et al.
Pubblicazione: (2025)
Label-free detection of exosomes from different cellular sources based on surface-enhanced Raman spectroscopy combined with machine learning models
di: Li, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation
di: Zhang, Zhongyue, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Zhongyue, et al.
Pubblicazione: (2025)
Assessment of scoring functions for computational models of protein-protein interfaces
di: Sumner, Jacob, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Sumner, Jacob, et al.
Pubblicazione: (2024)
Learning to engineer protein flexibility
di: Kouba, Petr, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Kouba, Petr, et al.
Pubblicazione: (2024)
De novo design of protein binders targeting the human sweet taste receptor as potential sweet proteins
di: Ding, Saisai, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Ding, Saisai, et al.
Pubblicazione: (2026)
The standard coil or globule phases cannot describe the denatured state of structured proteins and intrinsically disordered proteins
di: Righini, F., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Righini, F., et al.
Pubblicazione: (2025)
Unzipping of knotted DNA via nanopore translocation
di: Suma, Antonio, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Suma, Antonio, et al.
Pubblicazione: (2024)
The role of topology on protein thermal stability
di: Especial, João N. C., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Especial, João N. C., et al.
Pubblicazione: (2025)
Computational design of intrinsically disordered proteins
di: Tesei, Giulio, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tesei, Giulio, et al.
Pubblicazione: (2025)
Steering Generative Models for Protein Design: Aligning and Conditioning Strategies
di: Stocco, Filippo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Stocco, Filippo, et al.
Pubblicazione: (2025)
E(3)-invariant diffusion model for pocket-aware peptide generation
di: Liang, Po-Yu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liang, Po-Yu, et al.
Pubblicazione: (2024)
PILOT: Equivariant diffusion for pocket conditioned de novo ligand generation with multi-objective guidance via importance sampling
di: Cremer, Julian, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Cremer, Julian, et al.
Pubblicazione: (2024)
Predicting protein folding dynamics using sequence information
di: Galpern, Ezequiel A., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Galpern, Ezequiel A., et al.
Pubblicazione: (2025)
Multiscale differential geometry learning for protein flexibility analysis
di: Feng, Hongsong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Feng, Hongsong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Integrative modelling of protein-glycan interactions with HADDOCK3
di: Reys, Victor, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Reys, Victor, et al.
Pubblicazione: (2026)
Controlled protein synthesis and spatial organisation in microfluidic environments
di: Gaizauskaite, Aukse, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gaizauskaite, Aukse, et al.
Pubblicazione: (2025)
Aptamer-protein interaction prediction model based on transformer
di: Yan, Zhichao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yan, Zhichao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Inferring protein folding mechanisms from natural sequence diversity
di: Galpern, Ezequiel A., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Galpern, Ezequiel A., et al.
Pubblicazione: (2024)
A universal phase-plane model for in vivo protein aggregation
di: Cotton, Matthew W., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Cotton, Matthew W., et al.
Pubblicazione: (2025)
From sequence to protein structure and conformational dynamics with AI/ML
di: Ille, Alexander M., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ille, Alexander M., et al.
Pubblicazione: (2025)
Fold-switching proteins push the boundaries of conformational ensemble prediction
di: Lee, Myeongsang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Lee, Myeongsang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Physical principles of building protein megacomplexes in a crowded milieu
di: Wang, Jiayi, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Jiayi, et al.
Pubblicazione: (2026)
Persistent local Laplacian prediction of protein-ligand binding affinities
di: Liu, Jian, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Liu, Jian, et al.
Pubblicazione: (2026)
Reversible molecular simulation for training classical and machine learning force fields
di: Greener, Joe G
Pubblicazione: (2024)
di: Greener, Joe G
Pubblicazione: (2024)
Towards deep learning sequence-structure co-generation for protein design
di: Wang, Chentong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Chentong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Training a force field for proteins and small molecules from scratch
di: Blanco-González, Alexandre, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Blanco-González, Alexandre, et al.
Pubblicazione: (2026)
De novo design of high-affinity protein binders with AlphaProteo
di: Zambaldi, Vinicius, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zambaldi, Vinicius, et al.
Pubblicazione: (2024)
Disordered But Rhythmic: the role of intrinsic protein disorder in eukaryotic circadian timing
di: Usher, Emery T., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Usher, Emery T., et al.
Pubblicazione: (2025)
Computational modeling of RNA-protein binding interactions under an external force
di: Wampler, Danielle, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wampler, Danielle, et al.
Pubblicazione: (2026)
A Physically-Informed Subgraph Isomorphism Approach to Molecular Docking Using Quantum Annealers
di: Micucci, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Micucci, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2026)
Training Dynamics of Learning 3D-Rotational Equivariance
di: Shen, Max W., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shen, Max W., et al.
Pubblicazione: (2025)
Structure-based Drug Design with Equivariant Diffusion Models
di: Schneuing, Arne, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Schneuing, Arne, et al.
Pubblicazione: (2022)
ApexGen: Simultaneous design of peptide binder sequence and structure for target proteins
di: Xia, Xiaoqiong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xia, Xiaoqiong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Out-of-equilibrium selection pressure enhances inference from protein sequence data
di: Dietler, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Dietler, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2026)
AlphaFold2 for protein structure prediction: Best practices and critical analyses
di: Radjasandirane, Ragousandirane, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Radjasandirane, Ragousandirane, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
GENEOnet: Statistical analysis supporting explainability and trustworthiness
di: Bocchi, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Sesame: Opening the door to protein pockets
di: Miñán, Raúl, et al.
Pubblicazione: (2025) -
CAML: Commutative algebra machine learning -- a case study on protein-ligand binding affinity prediction
di: Feng, Hongsong, et al.
Pubblicazione: (2025) -
One pocket to activate them all: Efforts on understanding the modulator pocket in K2P channels
di: Mendez-Otalvaro, Edward, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Representing local protein environments with machine learning force fields
di: Bojan, Meital, et al.
Pubblicazione: (2025)