Metagenomic Analysis using Phylogenetic Placement -- A Review of the First Decade
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Czech, Lucas, Stamatakis, Alexandros, Dunthorn, Micah, Barbera, Pierre |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2022
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