Buchumschlag

Molecular dynamics simulations with grand-canonical reweighting suggest cooperativity effects in RNA structure probing experiments

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Calonaci, Nicola, Bernetti, Mattia, Jones, Alisha, Sattler, Michael, Bussi, Giovanni
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2022
Schlagworte:	Biomolecules Applied Physics Biological Physics Chemical Physics Quantitative Methods
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Integrating experimental data with molecular simulations to investigate RNA structural dynamics
von: Bernetti, Mattia, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Characterizing RNA oligomers using Stochastic Titration Constant-pH Metadynamics simulations
von: Silva, Tomas F. D., et al.
Veröffentlicht: (2024)

RNA Dynamics and Interactions Revealed through Atomistic Simulations
von: Languin-Cattoën, Olivier, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Designing the Haystack: Programmable Chemical Space for Generative Molecular Discovery
von: Zhu, Yuchen, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Boosting ensemble refinement with transferable force field corrections: synergistic optimization for molecular simulations
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)

MDRefine: a Python package for refining Molecular Dynamics trajectories with experimental data
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ProtSCAPE: Mapping the landscape of protein conformations in molecular dynamics
von: Viswanath, Siddharth, et al.
Veröffentlicht: (2024)

From Static to Dynamic Structures: Improving Binding Affinity Prediction with Graph-Based Deep Learning
von: Min, Yaosen, et al.
Veröffentlicht: (2022)

QSAR-Guided Generative Framework for the Discovery of Synthetically Viable Odorants
von: Pearce, Tim C., et al.
Veröffentlicht: (2025)

LICO: Large Language Models for In-Context Molecular Optimization
von: Nguyen, Tung, et al.
Veröffentlicht: (2024)

MERGE-RNA: a physics-based model to predict RNA secondary structure ensembles with chemical probing
von: Sacco, Giuseppe, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Impact of phylogeny on structural contact inference from protein sequence data
von: Dietler, Nicola, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Insights into the role of dynamical features in protein complex formation: the case of SARS-CoV-2 spike binding with ACE2
von: Grassmann, Greta, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Genetically encoding stimulated Raman-scattering probes for cell imaging using infrared fluorescent proteins
von: Regan, David, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Simulation-based inference of single-molecule experiments
von: Dingeldein, Lars, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Origin of Biological Homochirality by Crystallization of an RNA Precursor on a Magnetic Surface
von: Ozturk, S. Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2023)

VTX: Real-time high-performance molecular structure and dynamics visualization software
von: Maria, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Machine Learning for RNA Secondary Structure Prediction: a review of current methods and challenges
von: Sacco, Giuseppe, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Predicting the binding of small molecules to proteins through invariant representation of the molecular structure
von: Beccaria, R., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Molecular docking via quantum approximate optimization algorithm
von: Ding, Qi-Ming, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Universal Cold RNA Phase Transitions
von: Rissone, Paolo, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Integrating experimental feedback improves generative models for biological sequences
von: Calvanese, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Lipid-mediated hydrophobic gating in the BK potassium channel
von: Coronel, Lucia, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A putative, computationally stable structure of homotrimeric BP180/collagen XVII
von: Sha, Congzhou M
Veröffentlicht: (2026)

A unified framework for coarse grained molecular dynamics of proteins with high-fidelity reconstruction
von: Zhu, Jinzhen
Veröffentlicht: (2024)

Free energy, rates, and mechanism of transmembrane dimerization in lipid bilayers from dynamically unbiased molecular dynamics simulations
von: Jackel, Emil, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RNA Dynamics from Experimental and Computational Approaches
von: Bussi, Giovanni, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Efficient and Precise Force Field Optimization for Biomolecules Using DPA-2
von: Chang, Junhan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Diffusion and Spectroscopy of H$_2$ in Myoglobin
von: Käser, Jiri, et al.
Veröffentlicht: (2024)

The Quantum Compass Mechanism in Cryptochromes
von: Chengye, Zou, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SynAsk: Unleashing the Power of Large Language Models in Organic Synthesis
von: Zhang, Chonghuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Entropy as a Design Principle in the Photosystem II Supercomplex
von: Hall, Johanna L., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Mapping Still Matters: Coarse-Graining with Machine Learning Potentials
von: Görlich, Franz, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Lambda-ABF-OPES: Faster Convergence with High Accuracy in Alchemical Free Energy Calculations
von: Ansari, Narjes, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Generating Minimum Free Energy Paths With Denoising Diffusion Probabilistic Models
von: Grigorev, Vladimir
Veröffentlicht: (2024)

New water oxidation mechanism in Photosystem II resolves major experimental controversies
von: Pushkar, Yulia
Veröffentlicht: (2026)

KnotResolver: Tracking self-intersecting filaments in microscopy using directed graphs
von: Khatri, Dhruv, et al.
Veröffentlicht: (2024)

AI-predicted protein deformation encodes energy landscape
von: Mcbride, John M, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Computational predictions of nutrient precipitation for intensified cell 1 culture media via amino acid solution thermodynamics
von: Reddy, Jayanth Venkatarama, et al.
Veröffentlicht: (2025)

RGFN: Synthesizable Molecular Generation Using GFlowNets
von: Koziarski, Michał, et al.
Veröffentlicht: (2024)