RUBICON: A Framework for Designing Efficient Deep Learning-Based Genomic Basecallers
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Singh, Gagandeep, Alser, Mohammed, Denolf, Kristof, Firtina, Can, Khodamoradi, Alireza, Cavlak, Meryem Banu, Corporaal, Henk, Mutlu, Onur |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2022
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
MegIS: High-Performance, Energy-Efficient, and Low-Cost Metagenomic Analysis with In-Storage Processing
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2024)
SAGe: A Lightweight Algorithm-Architecture Co-Design for Mitigating the Data Preparation Bottleneck in Large-Scale Genome Sequence Analysis
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2025)
TargetCall: Eliminating the Wasted Computation in Basecalling via Pre-Basecalling Filtering
di: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Pubblicazione: (2022)
NMP-PaK: Near-Memory Processing Acceleration of Scalable De Novo Genome Assembly
di: Kim, Heewoo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kim, Heewoo, et al.
Pubblicazione: (2025)
CiMBA: Accelerating Genome Sequencing through On-Device Basecalling via Compute-in-Memory
di: Simon, William Andrew, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Simon, William Andrew, et al.
Pubblicazione: (2025)
Memory-Centric Computing: Solving Computing's Memory Problem
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2025)
SequenceLab: A Comprehensive Benchmark of Computational Methods for Comparing Genomic Sequences
di: Rumpf, Maximilian-David, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Rumpf, Maximilian-David, et al.
Pubblicazione: (2023)
Memory-Centric Computing: Recent Advances in Processing-in-DRAM
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2024)
GateKeeper-GPU: Fast and Accurate Pre-Alignment Filtering in Short Read Mapping
di: Bingöl, Zülal, et al.
Pubblicazione: (2021)
di: Bingöl, Zülal, et al.
Pubblicazione: (2021)
ALPHA-PIM: Analysis of Linear Algebraic Processing for High-Performance Graph Applications on a Real Processing-In-Memory System
di: Barkhordar, Marzieh, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Barkhordar, Marzieh, et al.
Pubblicazione: (2026)
Accelerating Triangle Counting with Real Processing-in-Memory Systems
di: Asquini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Asquini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Modern Primer on Processing in Memory
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2020)
di: Mutlu, Onur, et al.
Pubblicazione: (2020)
AirLift: A Fast and Comprehensive Technique for Remapping Alignments between Reference Genomes
di: Kim, Jeremie S., et al.
Pubblicazione: (2019)
di: Kim, Jeremie S., et al.
Pubblicazione: (2019)
Functionally-Complete Boolean Logic in Real DRAM Chips: Experimental Characterization and Analysis
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2024)
MIMDRAM: An End-to-End Processing-Using-DRAM System for High-Throughput, Energy-Efficient and Programmer-Transparent Multiple-Instruction Multiple-Data Processing
di: Oliveira, Geraldo F., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Oliveira, Geraldo F., et al.
Pubblicazione: (2024)
PULSAR: Simultaneous Many-Row Activation for Reliable and High-Performance Computing in Off-the-Shelf DRAM Chips
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2023)
Simultaneous Many-Row Activation in Off-the-Shelf DRAM Chips: Experimental Characterization and Analysis
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2024)
PIMDAL: Mitigating the Memory Bottleneck in Data Analytics using a Real Processing-in-Memory System
di: Frouzakis, Manos, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Frouzakis, Manos, et al.
Pubblicazione: (2025)
MetaTrinity: Enabling Fast Metagenomic Classification via Seed Counting and Edit Distance Approximation
di: Gollwitzer, Arvid E., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Gollwitzer, Arvid E., et al.
Pubblicazione: (2023)
Conduit: Programmer-Transparent Near-Data Processing Using Multiple Compute-Capable Resources in Solid State Drives
di: Nadig, Rakesh, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Nadig, Rakesh, et al.
Pubblicazione: (2026)
Proteus: Enabling High-Performance Processing-Using-DRAM with Dynamic Bit-Precision, Adaptive Data Representation, and Flexible Arithmetic
di: Oliveira, Geraldo F., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Oliveira, Geraldo F., et al.
Pubblicazione: (2025)
RevaMp3D: Architecting the Processor Core and Cache Hierarchy for Systems with Monolithically-Integrated Logic and Memory
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2022)
Taking Cryptography Out of the Data Path via Near-Memory Processing in DRAM
di: Barcarolo, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Barcarolo, Nicola, et al.
Pubblicazione: (2026)
gpuPairHMM: High-speed Pair-HMM Forward Algorithm for DNA Variant Calling on GPUs
di: Schmidt, Bertil, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Schmidt, Bertil, et al.
Pubblicazione: (2024)
An Asynchronous Distributed-Memory Parallel Algorithm for k-mer Counting
di: Hati, Souvadra, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hati, Souvadra, et al.
Pubblicazione: (2025)
High-Performance Sorting-Based k-mer Counting in Distributed Memory with Flexible Hybrid Parallelism
di: Li, Yifan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Yifan, et al.
Pubblicazione: (2024)
PanDelos-plus: A parallel algorithm for computing sequence homology in pangenomic analysis
di: Colli, Simone, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Colli, Simone, et al.
Pubblicazione: (2025)
COMET: Neural Cost Model Explanation Framework
di: Chaudhary, Isha, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Chaudhary, Isha, et al.
Pubblicazione: (2023)
STEMS: Spatial-Temporal Mapping For Spiking Neural Networks
di: Eissa, Sherif, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Eissa, Sherif, et al.
Pubblicazione: (2025)
In-DRAM True Random Number Generation Using Simultaneous Multiple-Row Activation: An Experimental Study of Real DRAM Chips
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yuksel, Ismail Emir, et al.
Pubblicazione: (2025)
CIPHERMATCH: Accelerating Homomorphic Encryption-Based String Matching via Memory-Efficient Data Packing and In-Flash Processing
di: Kabra, Mayank, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kabra, Mayank, et al.
Pubblicazione: (2025)
DCC: Data-Centric Compilation of Machine Learning Kernels for Processing-In-Memory Architectures
di: Yang, Peiming, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yang, Peiming, et al.
Pubblicazione: (2025)
pLUTo: Enabling Massively Parallel Computation in DRAM via Lookup Tables
di: Ferreira, João Dinis, et al.
Pubblicazione: (2021)
di: Ferreira, João Dinis, et al.
Pubblicazione: (2021)
Machine Learning-Driven Intelligent Memory System Design: From On-Chip Caches to Storage
di: Bera, Rahul, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Bera, Rahul, et al.
Pubblicazione: (2026)
PIUMA: Programmable Integrated Unified Memory Architecture
di: Aananthakrishnan, Sriram, et al.
Pubblicazione: (2020)
di: Aananthakrishnan, Sriram, et al.
Pubblicazione: (2020)
MARS: Processing-In-Memory Acceleration of Raw Signal Genome Analysis Inside the Storage Subsystem
di: Soysal, Melina, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Soysal, Melina, et al.
Pubblicazione: (2025)
iHAC: A Hybrid Cluster Architecture for Enhanced Performance and Resilience
di: Muntaka, Siddique Abubakr, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Muntaka, Siddique Abubakr, et al.
Pubblicazione: (2026)
Enabling Fast, Accurate, and Efficient Real-Time Genome Analysis via New Algorithms and Techniques
di: Firtina, Can
Pubblicazione: (2025)
di: Firtina, Can
Pubblicazione: (2025)
Athena: Synergizing Data Prefetching and Off-Chip Prediction via Online Reinforcement Learning
di: Bera, Rahul, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Bera, Rahul, et al.
Pubblicazione: (2026)
TorchGWAS : GPU-accelerated GWAS for thousands of quantitative phenotypes
di: Zhao, Xingzhong, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhao, Xingzhong, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
MegIS: High-Performance, Energy-Efficient, and Low-Cost Metagenomic Analysis with In-Storage Processing
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2024) -
SAGe: A Lightweight Algorithm-Architecture Co-Design for Mitigating the Data Preparation Bottleneck in Large-Scale Genome Sequence Analysis
di: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Pubblicazione: (2025) -
TargetCall: Eliminating the Wasted Computation in Basecalling via Pre-Basecalling Filtering
di: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Pubblicazione: (2022) -
NMP-PaK: Near-Memory Processing Acceleration of Scalable De Novo Genome Assembly
di: Kim, Heewoo, et al.
Pubblicazione: (2025) -
CiMBA: Accelerating Genome Sequencing through On-Device Basecalling via Compute-in-Memory
di: Simon, William Andrew, et al.
Pubblicazione: (2025)