Interpretable machine learning of amino acid patterns in proteins: a statistical ensemble approach
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Braghetto, Anna, Orlandini, Enzo, Baiesi, Marco |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2023
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Variational autoencoders understand knot topology
di: Braghetto, Anna, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Braghetto, Anna, et al.
Pubblicazione: (2025)
Constrained hidden Markov models reveal further Hsp90 protein states
di: Tancredi, Riccardo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Tancredi, Riccardo, et al.
Pubblicazione: (2024)
Learning conformational ensembles of proteins based on backbone geometry
di: Wolf, Nicolas, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wolf, Nicolas, et al.
Pubblicazione: (2025)
Boltzmann machine learning and regularization methods for inferring evolutionary fields and couplings from a multiple sequence alignment
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2019)
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2019)
Boltzmann Machine Learning with a Parallel, Persistent Markov chain Monte Carlo method for Estimating Evolutionary Fields and Couplings from a Protein Multiple Sequence Alignment
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2026)
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2026)
Clustering Molecular Energy Landscapes by Adaptive Network Embedding
di: Mercurio, Paula, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mercurio, Paula, et al.
Pubblicazione: (2024)
Polyformer: a generative framework for thermodynamic modeling of polymeric molecules
di: Valentini, Alessio, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Valentini, Alessio, et al.
Pubblicazione: (2026)
Determining the optimal structural resolution of proteins through an information-theoretic analysis of their conformational ensemble
di: Mele, Margherita, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Mele, Margherita, et al.
Pubblicazione: (2023)
Nonequilibrium protein complexes as molecular automata
di: Kocka, Jan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kocka, Jan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Emergence of Nonequilibrium Latent Cycles in Unsupervised Generative Modeling
di: Baiesi, Marco, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Baiesi, Marco, et al.
Pubblicazione: (2025)
Mechanisms of DNA-mediated allostery
di: Segers, Midas, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Segers, Midas, et al.
Pubblicazione: (2023)
Discrete-space and -time analogue of a super-diffusive fractional Brownian motion
di: Marinari, Enzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Marinari, Enzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
Structured Random Binding: a minimal model of protein-protein interactions
di: Zou, Ling-Nan
Pubblicazione: (2025)
di: Zou, Ling-Nan
Pubblicazione: (2025)
Inference-time optimization for experiment-grounded protein ensemble generation
di: Maddipatla, Advaith, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Maddipatla, Advaith, et al.
Pubblicazione: (2026)
Learning protein-ligand unbinding pathways via single-parameter community detection
di: Tänzel, Victor, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Tänzel, Victor, et al.
Pubblicazione: (2024)
Stochastic dynamics and ribosome-RNAP interactions in Transcription-Translation Coupling
di: Li, Xiangting, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Li, Xiangting, et al.
Pubblicazione: (2022)
Enzymatic Mpemba Effect: Slowing of biochemical reactions by increasing enzyme concentration
di: Hatakeyama, Tetsuhiro S.
Pubblicazione: (2024)
di: Hatakeyama, Tetsuhiro S.
Pubblicazione: (2024)
Measuring irreversibility in stochastic systems by categorizing single-molecule displacements
di: Lanza, Alvaro, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lanza, Alvaro, et al.
Pubblicazione: (2025)
Limits on Inferring T-cell Specificity from Partial Information
di: Henderson, James, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Henderson, James, et al.
Pubblicazione: (2024)
CREMP: Conformer-rotamer ensembles of macrocyclic peptides for machine learning
di: Grambow, Colin A., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Grambow, Colin A., et al.
Pubblicazione: (2023)
Field-extension statistics of charged semiflexible polymers stretched with uniform electric fields
di: Mondal, Ananya, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mondal, Ananya, et al.
Pubblicazione: (2024)
Predicting the activity of chemical compounds based on machine learning approaches
di: Tu, Do Hoang, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Tu, Do Hoang, et al.
Pubblicazione: (2023)
Force and kinetics of fast and slow muscle myosin determined with a synthetic sarcomere-like nanomachine
di: Buonfiglio, Valentina, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Buonfiglio, Valentina, et al.
Pubblicazione: (2024)
Fluctuations of driven probes reveal nonequilibrium transitions in complex fluids
di: Forastiere, Danilo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Forastiere, Danilo, et al.
Pubblicazione: (2024)
A thermodynamic metric quantitatively predicts disordered protein partitioning and multicomponent phase behavior
di: Liu, Zhuang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Liu, Zhuang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Towards Parsimonious Generative Modeling of RNA Families
di: Calvanese, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Calvanese, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2023)
Stochastic nucleosome disassembly mediated by remodelers and histone fragmentation
di: Li, Xiangting, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Li, Xiangting, et al.
Pubblicazione: (2023)
Competitive ligand binding kinetics to linear polymers
di: Villaluenga, Juan P. G., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Villaluenga, Juan P. G., et al.
Pubblicazione: (2024)
Response of Worm-like Chains to Traveling-Wave Active Forces
di: Cecconi, Fabio, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Cecconi, Fabio, et al.
Pubblicazione: (2024)
Insights into elastic properties of coarse-grained DNA models: q-stiffness of cgDNA vs. cgDNA+
di: Laeremans, Wout, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Laeremans, Wout, et al.
Pubblicazione: (2024)
Statistical Mechanics of Multiplectoneme Phases in DNA
di: Segers, Midas, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Segers, Midas, et al.
Pubblicazione: (2024)
Surface Induced Frustration of Inherent Dipolar Order in Nanoconfined Water
di: Mondal, Sayantan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mondal, Sayantan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Resolving the kinetics of an ensemble of muscle myosin motors via a temperature-dependent fitting procedure
di: Buonfiglio, Valentina, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Buonfiglio, Valentina, et al.
Pubblicazione: (2024)
ENSEMBITS: an alphabet of protein conformational ensembles
di: Shi, Kaiwen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Shi, Kaiwen, et al.
Pubblicazione: (2026)
Evaluating representation learning on the protein structure universe
di: Jamasb, Arian R., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Jamasb, Arian R., et al.
Pubblicazione: (2024)
Diffusion of intrinsically disordered proteins within viscoelastic membraneless droplets
di: Watanabe, Fuga, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Watanabe, Fuga, et al.
Pubblicazione: (2024)
Target search on DNA -- effect of coiling
di: Lomholt, Michael A., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Lomholt, Michael A., et al.
Pubblicazione: (2023)
ATP-Dependent Mismatch Recognition in DNA Replication Mismatch Repair
di: Zhang, Nianqin, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Zhang, Nianqin, et al.
Pubblicazione: (2022)
The Demon Hidden Behind Life's Ultra-Energy-Efficient Information Processing -- Demonstrated by Biological Molecular Motors
di: Yanagida, Toshio, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yanagida, Toshio, et al.
Pubblicazione: (2025)
Functional bottlenecks can emerge from non-epistatic underlying traits
di: Schulte, Anna Ottavia, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Schulte, Anna Ottavia, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
Variational autoencoders understand knot topology
di: Braghetto, Anna, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Constrained hidden Markov models reveal further Hsp90 protein states
di: Tancredi, Riccardo, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Learning conformational ensembles of proteins based on backbone geometry
di: Wolf, Nicolas, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Boltzmann machine learning and regularization methods for inferring evolutionary fields and couplings from a multiple sequence alignment
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2019) -
Boltzmann Machine Learning with a Parallel, Persistent Markov chain Monte Carlo method for Estimating Evolutionary Fields and Couplings from a Protein Multiple Sequence Alignment
di: Miyazawa, Sanzo
Pubblicazione: (2026)