Buchumschlag

Rethinking Performance Measures of RNA Secondary Structure Problems

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Runge, Frederic, Franke, Jörg K. H., Fertmann, Daniel, Hutter, Frank
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2023
Schlagworte:	Biomolecules Machine Learning
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

RNA Secondary Structure Prediction Using Transformer-Based Deep Learning Models
von: Zhou, Yanlin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Deciphering RNA Secondary Structure Prediction: A Probabilistic K-Rook Matching Perspective
von: Tan, Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Integrating Secondary Structures Information into Triangular Spatial Relationships (TSR) for Advanced Protein Classification
von: Khajouie, Poorya, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Comprehensive Benchmark for RNA 3D Structure-Function Modeling
von: Wyss, Luis, et al.
Veröffentlicht: (2025)

RiboGen: RNA Sequence and Structure Co-Generation with Equivariant MultiFlow
von: Rubin, Dana, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ZeroFold: Protein-RNA Binding Affinity Predictions from Pre-Structural Embeddings
von: Hanke, Josef, et al.
Veröffentlicht: (2026)

RNAFlow: RNA Structure & Sequence Design via Inverse Folding-Based Flow Matching
von: Nori, Divya, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RiNALMo: General-Purpose RNA Language Models Can Generalize Well on Structure Prediction Tasks
von: Penić, Rafael Josip, et al.
Veröffentlicht: (2024)

CoPRA: Bridging Cross-domain Pretrained Sequence Models with Complex Structures for Protein-RNA Binding Affinity Prediction
von: Han, Rong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Machine Learning Modeling Of SiRNA Structure-Potency Relationship With Applications Against Sars-Cov-2 Spike Gene
von: Oshunyinka, Damilola
Veröffentlicht: (2024)

Rethinking Drug-Drug Interaction Modeling as Generalizable Relation Learning
von: Xu, Dong, et al.
Veröffentlicht: (2026)

A Comparative Review of RNA Language Models
von: Wang, He, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Rethinking Specificity in SBDD: Leveraging Delta Score and Energy-Guided Diffusion
von: Gao, Bowen, et al.
Veröffentlicht: (2024)

α-HMM: A Graphical Model for RNA Folding
von: Zhang, Sixiang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RNA-FrameFlow: Flow Matching for de novo 3D RNA Backbone Design
von: Anand, Rishabh, et al.
Veröffentlicht: (2024)

De novo antibody design with SE(3) diffusion
von: Cutting, Daniel, et al.
Veröffentlicht: (2024)

3D-based RNA function prediction tools in rnaglib
von: Oliver, Carlos, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Conformation-Aware Structure Prediction of Antigen-Recognizing Immune Proteins
von: Dreyer, Frédéric A., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Rethinking Molecular Design: Integrating Latent Variable and Auto-Regressive Models for Goal Directed Generation
von: Arthur-Loui, Heath, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Compact Artificial Neural Network Models for Predicting Protein Residue -- RNA Base Binding
von: Selitskiy, Stanislav
Veröffentlicht: (2025)

RNACG: A Universal RNA Sequence Conditional Generation model based on Flow-Matching
von: Gao, Letian, et al.
Veröffentlicht: (2024)

mRNAutilus: Multi-Objective-Guided Discrete Generation of mRNA with Optimized Therapeutic Properties
von: Patel, Sawan, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Fair splits flip the leaderboard: CHANRG reveals limited generalization in RNA secondary-structure prediction
von: Chen, Zhiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Assessing interaction recovery of predicted protein-ligand poses
von: Errington, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Tokenizing Loops of Antibodies
von: Fang, Ada, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Scaling Structure Aware Virtual Screening to Billions of Molecules with SPRINT
von: McNutt, Andrew T., et al.
Veröffentlicht: (2024)

RDesign: Hierarchical Data-efficient Representation Learning for Tertiary Structure-based RNA Design
von: Tan, Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2023)

PocketVina Enables Scalable and Highly Accurate Physically Valid Docking through Multi-Pocket Conditioning
von: Sarigun, Ahmet, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Large scale paired antibody language models
von: Kenlay, Henry, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Structure-Informed Protein Language Model
von: Zhang, Zuobai, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Sampling-based Continuous Optimization with Coupled Variables for RNA Design
von: Tang, Wei Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Structure Language Models for Protein Conformation Generation
von: Lu, Jiarui, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Protein Inverse Folding From Structure Feedback
von: Xu, Junde, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Messenger RNA Design via Expected Partition Function and Continuous Optimization
von: Dai, Ning, et al.
Veröffentlicht: (2023)

AtomSurf : Surface Representation for Learning on Protein Structures
von: Mallet, Vincent, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Structure-based drug design by denoising voxel grids
von: Pinheiro, Pedro O., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Structure-based Drug Design with Equivariant Diffusion Models
von: Schneuing, Arne, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Internal-Coordinate Density Modelling of Protein Structure: Covariance Matters
von: Arts, Marloes, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Learning Multi-view Molecular Representations with Structured and Unstructured Knowledge
von: Luo, Yizhen, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Tokenizing 3D Molecule Structure with Quantized Spherical Coordinates
von: Gao, Kaiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)