Buchumschlag

Unveiling Molecular Moieties through Hierarchical Grad-CAM Graph Explainability

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Contino, Salvatore, Sortino, Paolo, Gulotta, Maria Rita, Perricone, Ugo, Pirrone, Roberto
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2024
Schlagworte:	Quantitative Methods Artificial Intelligence Machine Learning Molecular Networks
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Hierarchical Preemption: A Novel Information-Theoretic Control Mechanism in Lambda Phage Decision-Making
von: Simao, Eugenio
Veröffentlicht: (2025)

FluxGAT: Integrating Flux Sampling with Graph Neural Networks for Unbiased Gene Essentiality Classification
von: Sharma, Kieren, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Graph Identification of Proteins in Tomograms (GRIP-Tomo) 2.0: Topologically Aware Classification for Proteins
von: Li, Chengxuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Practical indistinguishability in a gene regulatory network inference problem, a case study
von: FitzGerald, Cody E., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Modularity Emerges from Action-Functional Constraints in Marine Metabolic Networks: A Biology-Scale Validation of the Network-Weighted Action Principle
von: Frasch, Martin G.
Veröffentlicht: (2026)

SBcoyote: An Extensible Python-Based Reaction Editor and Viewer
von: Xu, Jin, et al.
Veröffentlicht: (2023)

An Update to the SBML Human-Readable Antimony Language
von: Smith, Lucian, et al.
Veröffentlicht: (2024)

The evolution of systems biology and systems medicine: From mechanistic models to uncertainty quantification
von: Qiao, Lingxia, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Weak Independence and Coupled Parallelism in Biological Petri Nets
von: Simao, Eugenio
Veröffentlicht: (2025)

A compact model of Escherichia coli core and biosynthetic metabolism
von: Corrao, Marco, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RatGene: Gene deletion-addition algorithms using growth to production ratio for growth-coupled production in constraint-based metabolic networks
von: Ma, Yier, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Computing the Frequency Response of Biochemical Networks: A Python module
von: Sauro, Herbert M
Veröffentlicht: (2024)

Systems-Level Analysis of Multisite Protein Phosphorylation: Mathematical Induction, Geometric Series, and Entropy
von: Tavassoly, Iman, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Transcriptome and Redox Proteome Reveal Temporal Scales of Carbon Metabolism Regulation in Model Cyanobacteria Under Light Disturbance
von: Johnson, Connah G. M., et al.
Veröffentlicht: (2024)

BioCode: A Data-Driven Procedure to Learn the Growth of Biological Networks
von: Sefer, Emre
Veröffentlicht: (2021)

Meta-analysis and Topological Perturbation in Interactomic Network for Anti-opioid Addiction Drug Repurposing
von: Zhang, Chunhuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Prediction of source nutrients for microorganisms using metabolic networks
von: Bulka, Olivia, et al.
Veröffentlicht: (2026)

A Sensitivity Analysis Methodology for Rule-Based Stochastic Chemical Systems
von: Machado, Erika M. Herrera, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Markovian Promoter Models: A Mechanistic Alternative to Hill Functions in Gene Regulatory Networks
von: Wu, Tianyu
Veröffentlicht: (2025)

KINDLE: Knowledge-Guided Distillation for Prior-Free Gene Regulatory Network Inference
von: Peng, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Negative feedback and oscillations in a model for mRNA translation
von: Ehrman, Aliza, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Mapping Differential Protein-Protein Interaction Networks using Affinity Purification Mass Spectrometry
von: Kaushal, Prashant, et al.
Veröffentlicht: (2024)

GRiNS: A Python Library for Simulating Gene Regulatory Network Dynamics
von: Harlapur, Pradyumna, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Modelling and calibration of pair-rule protein patterns in Drosophila embryo: From Even-skipped and Fushi-tarazu to Wingless expression networks
von: Dias, Catarina, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Quantifying energy landscape of high-dimensional oscillatory systems by diffusion decomposition
von: Bian, Shirui, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Resource competition in Three-gene-motif & Emergence of Feed-forward response: A Spatiotemporal Study
von: Chakraborty, Priya, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Spatial modeling algorithms for reactions and transport (SMART) in biological cells
von: Francis, Emmet A., et al.
Veröffentlicht: (2024)

CANA v1.0.0 and schematodes: efficient quantification of symmetry in Boolean automata
von: Marcus, Austin M., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Quantitative Aspects, Engineering and Optimization of Bacterial Sensor Systems
von: Anderl, Florian, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Inferring gene regulation dynamics from static snapshots of gene expression variability
von: Joly-Smith, Euan, et al.
Veröffentlicht: (2021)

Sampling from the Solution Space and Metabolic Environments of Genome-Scale Metabolic Models
von: Zafeiropoulos, Haris, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Reading the Cell, Designing the Cure: Perturbation-Conditioned Molecular Diffusion for Function-Oriented Drug Design
von: Xu, Ziyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)

PACER: Acyclic Causal Discovery from Large-Scale Interventional Data
von: Torné, Ramon Viñas, et al.
Veröffentlicht: (2026)

AI-Driven Drug Repurposing through miRNA-mRNA Relation
von: Manoharan, Sharanya, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Deep Reinforcement Learning for Controlled Traversing of the Attractor Landscape of Boolean Models in the Context of Cellular Reprogramming
von: Mizera, Andrzej, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Dynamicasome: a molecular dynamics-guided and AI-driven pathogenicity prediction catalogue for all genetic mutations
von: Islam, Naeyma N, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Single-Cell Proteomic Technologies: Tools in the quest for principles
von: Slavov, Nikolai
Veröffentlicht: (2025)

A network-driven framework for enhancing gene-disease association studies in coronary artery disease
von: Mohammad, Gutama Ibrahim, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Joint graphical model estimation using Stein-type shrinkage for fast large scale network inference in scRNAseq data
von: Vo, Duong H. T., et al.
Veröffentlicht: (2025)

A CRISP approach to QSP: XAI enabling fit-for-purpose models
von: DeTal, Noah, et al.
Veröffentlicht: (2025)