ProtIR: Iterative Refinement between Retrievers and Predictors for Protein Function Annotation
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Zhang, Zuobai, Lu, Jiarui, Chenthamarakshan, Vijil, Lozano, Aurélie, Das, Payel, Tang, Jian |
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| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
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