Automated optimization of force field parameters against ensemble-averaged measurements with Bayesian Inference of Conformational Populations
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Raddi, Robert M., Voelz, Vincent A. |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2024
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Automatic Forward Model Parameterization with Bayesian Inference of Conformational Populations
von: Raddi, Robert M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Raddi, Robert M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Boosting ensemble refinement with transferable force field corrections: synergistic optimization for molecular simulations
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Learning data efficient coarse-grained molecular dynamics from forces and noise
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Conformational Dynamics of 8-Oxoguanine Mispairing Reveal a Mechanism of Polymerase λ Misincorporation
von: Ferguson, George, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ferguson, George, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Quantum-Accurate Conformational Stabilities and Vibrational Dynamics in Molecules and Proteins with Machine-Learned Force Fields
von: Suárez-Dou, Sergio, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Suárez-Dou, Sergio, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Messenger size optimality in cellular communications
von: Tirandaz, Arash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tirandaz, Arash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Good rates from bad coordinates: the exponential average time-dependent rate approach
von: Mazzaferro, Nicodemo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Mazzaferro, Nicodemo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Breaking the Timescale Barrier: Generative Discovery of Conformational Free-Energy Landscapes and Transition Pathways
von: Tang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Nonadiabatic force matching for alchemical free-energy estimation
von: Rosa-Raíces, Jorge L., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Rosa-Raíces, Jorge L., et al.
Veröffentlicht: (2025)
On the design space between molecular mechanics and machine learning force fields
von: Wang, Yuanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Yuanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Direct measurement of the attractive electrosolvation force between a pair of colloidal particles
von: Wang, Sida, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Sida, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Is There Elliptic Distortion in the Light Harvesting Complex 2 of Purple Bacteria?
von: Jang, Seogjoo J., et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Jang, Seogjoo J., et al.
Veröffentlicht: (2026)
Auto-WHATMD : Automated Wasserstein-based High-dimensional feature extraction Analysis of Trajectories from Molecular Dynamics
von: Asano, Sosuke, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Asano, Sosuke, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Inference of non-exponential kinetics through stochastic resetting
von: Blumer, Ofir, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Blumer, Ofir, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Phase transitions in chromatin: mesoscopic and mean-field approaches
von: Tiani, Reda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tiani, Reda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Quantum theory of a potential biological magnetic field sensor: radical pair mechanism in flavin adenine dinucleotide biradicals
von: Sotoodehfar, Amirhosein, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sotoodehfar, Amirhosein, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Liquid-liquid phase separation of proteins is modulated by amino acids in vitro and in vivo by regulating protein-protein interactions
von: Xu, Xufeng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xu, Xufeng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Electric field of DNA in solution: who is in charge?
von: Hedley, Jonathan G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Hedley, Jonathan G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Cooperative and Inhibitory Ion Transport in Functionalized Angstrom-Scale Two-Dimensional Channels
von: Wang, Mingzhan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Mingzhan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Singlet fission contributes to solar energy harvesting in photosynthesis
von: Wang, Shuangqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Shuangqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Interactive visualization of large molecular systems with VTX: example with a minimal whole-cell model
von: Maria, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Maria, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Statistical Survey of Chemical and Geometric Patterns on Protein Surfaces as a Blueprint for Protein-mimicking Nanoparticles
von: McBride, John M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: McBride, John M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Temperature-Enhanced Coercive Field by Chiral Molecules
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Multiscale Biomolecular Simulations in the Exascale Era
von: Carrasco-Busturia, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Carrasco-Busturia, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Fluorescent Ratiometric Potassium Sensor Based on IPG4-Silica Microparticles for Selective Detection and Fluorescence Imaging of Potassium Cations
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Recent advances on the spherical metal oxides for sustainable degradation of antibiotics
von: Zhu, Ke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhu, Ke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Light-Matter Interactions in Photosynthetic Protein Attached to solids and Nanostructures
von: Carmeli, Itai, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Carmeli, Itai, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Non-toxic fabrication of fluorescent carbon nanoparticles from medicinal plants/sources with their antioxidant assay
von: Singh, Parul, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Singh, Parul, et al.
Veröffentlicht: (2024)
In vitro degradation and cytotoxicity response of biobased nanoparticle prepared by thiol-ene polymerization in miniemulsion
von: Hoelscher, Fernanda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Hoelscher, Fernanda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Controlling the biodegradation rates of poly(globalide-co-ε-caprolactone) copolymers by post polymerization modification
von: Guindani, Camila, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Guindani, Camila, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Dynamic Response of Ionic Current in Conical Nanopores
von: Liu, Zhe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Zhe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
General Quantum Alchemical Free Energy Simulations via Hamiltonian Interpolation
von: Li, Chenghan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Chenghan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Reaction Coordinates are Optimal Channels of Energy Flow
von: Ma, Ao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ma, Ao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Accurate QM/MM Molecular Dynamics for Periodic Systems in \textsc{GPU4PySCF} with Applications to Enzyme Catalysis
von: Li, Chenghan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Chenghan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Meta-creatures: Developing an omnipotent hydrogel cell to construct bio-inspired systems
von: Dai, Hanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Dai, Hanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
On the Origins of Life's Homochirality: Inducing Enantiomeric Excess with Spin-Polarized Electrons
von: Ozturk, S. Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Ozturk, S. Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2022)
Molecular dynamics simulation analysis of structural dynamic cross correlation induced by odorant hydrogen-bonding in mouse eugenol olfactory receptor
von: Okamoto, Chisato, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Okamoto, Chisato, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Roles of pigment arrangement in light-harvesting phycobiliproteins revealed by recombinant techniques combined with two-dimensional electronic spectroscopy
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Collective Variable-Guided Engineering of the Free-Energy Surface of a Small Peptide
von: Medaparambath, Muralika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Medaparambath, Muralika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Statistical method for analysis of interactions between chosen protein and chondroitin sulfate in an aqueous environment
von: Weber, Piotr, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Weber, Piotr, et al.
Veröffentlicht: (2022)
Ähnliche Einträge
-
Automatic Forward Model Parameterization with Bayesian Inference of Conformational Populations
von: Raddi, Robert M., et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Boosting ensemble refinement with transferable force field corrections: synergistic optimization for molecular simulations
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
Learning data efficient coarse-grained molecular dynamics from forces and noise
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Conformational Dynamics of 8-Oxoguanine Mispairing Reveal a Mechanism of Polymerase λ Misincorporation
von: Ferguson, George, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Quantum-Accurate Conformational Stabilities and Vibrational Dynamics in Molecules and Proteins with Machine-Learned Force Fields
von: Suárez-Dou, Sergio, et al.
Veröffentlicht: (2026)