Re-Dock: Towards Flexible and Realistic Molecular Docking with Diffusion Bridge
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Huang, Yufei, Zhang, Odin, Wu, Lirong, Tan, Cheng, Lin, Haitao, Gao, Zhangyang, Li, Siyuan, Li, Stan. Z. |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
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| Sujets: | |
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