StaPep: an open-source tool for the structure prediction and feature extraction of hydrocarbon-stapled peptides
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Wang, Zhe, Wu, Jianping, Zheng, Mengjun, Geng, Chenchen, Zhen, Borui, Zhang, Wei, Wu, Hui, Xu, Zhengyang, Xu, Gang, Chen, Si, Li, Xiang |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
PepGB: Facilitating peptide drug discovery via graph neural networks
di: Lei, Yipin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lei, Yipin, et al.
Pubblicazione: (2024)
PepINVENT: Generative peptide design beyond the natural amino acids
di: Geylan, Gökçe, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Geylan, Gökçe, et al.
Pubblicazione: (2024)
Benchmarking open-source tools for in silico antiviral drug discovery
di: Elton, Daniel C., et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Elton, Daniel C., et al.
Pubblicazione: (2026)
Target-Specific De Novo Peptide Binder Design with DiffPepBuilder
di: Wang, Fanhao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Fanhao, et al.
Pubblicazione: (2024)
PepDoRA: A Unified Peptide Language Model via Weight-Decomposed Low-Rank Adaptation
di: Wang, Leyao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Leyao, et al.
Pubblicazione: (2024)
PepMLM: Target Sequence-Conditioned Generation of Therapeutic Peptide Binders via Span Masked Language Modeling
di: Chen, Tianlai, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Chen, Tianlai, et al.
Pubblicazione: (2023)
NS-Pep: De novo Peptide Design with Non-Standard Amino Acids
di: Guo, Tao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Guo, Tao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Pep2Prob Benchmark: Predicting Fragment Ion Probability for MS$^2$-based Proteomics
di: Xu, Hao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xu, Hao, et al.
Pubblicazione: (2025)
PepTune: De Novo Generation of Therapeutic Peptides with Multi-Objective-Guided Discrete Diffusion
di: Tang, Sophia, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Tang, Sophia, et al.
Pubblicazione: (2024)
Discovery of novel antimicrobial peptides with notable antibacterial potency by a LLM-based foundation model
di: Wang, Jike, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Jike, et al.
Pubblicazione: (2024)
PDCNet: a benchmark and general deep learning framework for activity prediction of peptide-drug conjugates
di: Liu, Yun, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Yun, et al.
Pubblicazione: (2025)
GraphRT: A graph-based deep learning model for predicting the retention time of peptides
di: Drvodelic, Mark, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Drvodelic, Mark, et al.
Pubblicazione: (2024)
Downregulation of aquaporin 3 promotes hyperosmolarity-induced apoptosis of nucleus pulposus cells through PI3K/Akt/mTOR pathway suppression
di: Sang, Yuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sang, Yuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
3D-based RNA function prediction tools in rnaglib
di: Oliver, Carlos, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Oliver, Carlos, et al.
Pubblicazione: (2024)
ApexGen: Simultaneous design of peptide binder sequence and structure for target proteins
di: Xia, Xiaoqiong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xia, Xiaoqiong, et al.
Pubblicazione: (2025)
MP2D: Constrained Monte Carlo Tree-Guided Diffusion for Multi-Objective Protein Sequence Design
di: Kong, Zitai, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Kong, Zitai, et al.
Pubblicazione: (2026)
PASS: De novo assembler for short peptide sequences
di: Warren, René L.
Pubblicazione: (2022)
di: Warren, René L.
Pubblicazione: (2022)
CreoPep: A Universal Deep Learning Framework for Target-Specific Peptide Design and Optimization
di: Ge, Cheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ge, Cheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Generative design and validation of therapeutic peptides for glioblastoma based on a potential target ATP5A
di: Qian, Hao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Qian, Hao, et al.
Pubblicazione: (2025)
ViraHinter: a dual-modal artificial intelligence framework for predicting virus-host interactions
di: Bai, Weiqiang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Bai, Weiqiang, et al.
Pubblicazione: (2026)
AutoLoop: a novel autoregressive deep learning method for protein loop prediction with high accuracy
di: Wang, Tianyue, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Tianyue, et al.
Pubblicazione: (2025)
PepHarmony: A Multi-View Contrastive Learning Framework for Integrated Sequence and Structure-Based Peptide Encoding
di: Zhang, Ruochi, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Ruochi, et al.
Pubblicazione: (2024)
Molecular design for cardiac cell differentiation using a small dataset and decorated shape features
di: Etezadi, Fatemeh, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Etezadi, Fatemeh, et al.
Pubblicazione: (2024)
Evaluation of in vitro antibacterial activity and phytochemical profile of aqueous leaf extract of Asystasia variabilis
di: Wijerathna, R, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wijerathna, R, et al.
Pubblicazione: (2025)
AMPCliff: quantitative definition and benchmarking of activity cliffs in antimicrobial peptides
di: Li, Kewei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Kewei, et al.
Pubblicazione: (2024)
Graph Diffusion Transformers for Multi-Conditional Molecular Generation
di: Liu, Gang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Gang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Computational design of target-specific linear peptide binders with TransformerBeta
di: Zhao, Haowen, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhao, Haowen, et al.
Pubblicazione: (2024)
Aptamer-protein interaction prediction model based on transformer
di: Yan, Zhichao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yan, Zhichao, et al.
Pubblicazione: (2025)
The transitional kinetics between open and closed Rep structures can be tuned by salt via two intermediate states
di: Howard, Jamieson A L, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Howard, Jamieson A L, et al.
Pubblicazione: (2025)
Fold-switching proteins push the boundaries of conformational ensemble prediction
di: Lee, Myeongsang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Lee, Myeongsang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Persistent local Laplacian prediction of protein-ligand binding affinities
di: Liu, Jian, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Liu, Jian, et al.
Pubblicazione: (2026)
In Vitro Antibacterial activity of hexane, Chloroform and methanolic extracts of different parts of Acronychia pedunculata grown in Sri Lanka
di: Karunathilaka, R. D. Nimantha, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Karunathilaka, R. D. Nimantha, et al.
Pubblicazione: (2025)
BioTD: an online database of biotoxins
di: Wang, Gaoang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Gaoang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Mechanism of Electricacupuncture Treating Detrusor Bladder Neck Dyscoordination After Suprasacral Spinal Cord Injury by Proteomics
di: Tang, Liya, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tang, Liya, et al.
Pubblicazione: (2025)
Old vaccines, new usages, surprisingly effective in solving the century-old problem -Inactivated African Swine Fever Virus vaccine induces safe and efficient immune protection through mucosal immunity
di: Jinlong, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Jinlong, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Exploration of the potential energy surface for the conformational interconversion of the amyloid $β$ peptide at the fibril end
di: Oishi, Yasuhiro, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Oishi, Yasuhiro, et al.
Pubblicazione: (2025)
Machine learning framework to predict the performance of lipid nanoparticles for nucleic acid delivery
di: Kumar, Gaurav, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Kumar, Gaurav, et al.
Pubblicazione: (2024)
Advances in RNA secondary structure prediction and RNA modifications: Methods, data, and applications
di: Yang, Shu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yang, Shu, et al.
Pubblicazione: (2025)
AlphaFold2 for protein structure prediction: Best practices and critical analyses
di: Radjasandirane, Ragousandirane, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Radjasandirane, Ragousandirane, et al.
Pubblicazione: (2024)
Artificial Intelligence Approaches for Anti-Addiction Drug Discovery
di: Chen, Dong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Chen, Dong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
PepGB: Facilitating peptide drug discovery via graph neural networks
di: Lei, Yipin, et al.
Pubblicazione: (2024) -
PepINVENT: Generative peptide design beyond the natural amino acids
di: Geylan, Gökçe, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Benchmarking open-source tools for in silico antiviral drug discovery
di: Elton, Daniel C., et al.
Pubblicazione: (2026) -
Target-Specific De Novo Peptide Binder Design with DiffPepBuilder
di: Wang, Fanhao, et al.
Pubblicazione: (2024) -
PepDoRA: A Unified Peptide Language Model via Weight-Decomposed Low-Rank Adaptation
di: Wang, Leyao, et al.
Pubblicazione: (2024)