FoldToken: Learning Protein Language via Vector Quantization and Beyond
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Gao, Zhangyang, Tan, Cheng, Wang, Jue, Huang, Yufei, Wu, Lirong, Li, Stan Z. |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
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