IDP-Bert: Predicting Properties of Intrinsically Disordered Proteins (IDP) Using Large Language Models
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Mollaei, Parisa, Sadasivam, Danush, Guntuboina, Chakradhar, Farimani, Amir Barati |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
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