Clustering for Protein Representation Learning
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Quan, Ruijie, Wang, Wenguan, Ma, Fan, Fan, Hehe, Yang, Yi |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
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