Buchumschlag

Guide to k-mer approaches for genomics across the tree of life

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Jenike, Katharine M., Campos-Domínguez, Lucía, Boddé, Marilou, Cerca, José, Hodson, Christina N., Schatz, Michael C., Jaron, Kamil S.
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2024
Schlagworte:	Genomics
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

k-mer-based approaches to bridging pangenomics and population genetics
von: Roberts, Miles D., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Advances in colored k-mer sets: essentials for the curious
von: Marchet, Camille
Veröffentlicht: (2024)

Advances in practical k-mer sets: essentials for the curious
von: Marchet, Camille
Veröffentlicht: (2024)

k ‐mer genome‐wide association study for anthracnose and BCMV resistance in a Phaseolus vulgaris Andean Diversity Panel
von: Andrew T. Wiersma, et al.
Veröffentlicht: (2024)

MAFcounter: An efficient tool for counting the occurrences of k-mers in MAF files
von: Patsakis, Michail, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Investigating DNA words and their distributions across the tree of life
von: Koilakos, Charalampos, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Fast Iteration of Spaced k-mers
von: Czech, Lucas
Veröffentlicht: (2026)

Learning Genomic Structure from $k$-mers
von: Thor, Filip, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Quadrupia provides a comprehensive catalog of G-quadruplexes across genomes from the tree of life.
von: Chantzi, Nikol, et al.
Veröffentlicht: (2025)

An Asynchronous Distributed-Memory Parallel Algorithm for k-mer Counting
von: Hati, Souvadra, et al.
Veröffentlicht: (2025)

High-Performance Sorting-Based k-mer Counting in Distributed Memory with Flexible Hybrid Parallelism
von: Li, Yifan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Reference genome for the benthic marine diatom Psammoneis japonica: Bacterial associations and repeat-driven genome size evolution in diatoms.
von: Roberts, Wade R, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Revealing the Shape of Genome Space via K-mer Topology
von: Hozumi, Yuta, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Multi‐trait/environment sparse genomic prediction using the SFSI R‐package
von: Marco Lopez‐Cruz, et al.
Veröffentlicht: (2025)

GlobDB: A comprehensive species-dereplicated microbial genome resource
von: Speth, Daan R., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Zimin patterns in genomes
von: Chantzi, Nikol, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Population and herbarium genomics provide a comprehensive framework for a revision of Microcoleus (Cyanobacteria).
von: Skoupý, Svatopluk, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Hybrid kernels integrating genomic and multispectral data improve wheat genomic prediction accuracy
von: Osval A. Montesinos‐López, et al.
Veröffentlicht: (2025)

A Bayesian approach to model uncertainty in single-cell genomic data
von: Ren, Shanshan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Brassica Panache: A multi‐species graph pangenome representing presence absence variation across forty‐one Brassica genomes
von: Tessa R. MacNish, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Near‐infrared reflectance spectroscopy phenomic prediction can perform similarly to genomic prediction of maize agronomic traits across environments
von: Aaron J. DeSalvio, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Two genomes of the white perch (Morone americana), an ecologically important teleost.
von: Paris, Josephine R, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Annotation of protein-coding genes in 49 diatom genomes from the Bacillariophyta clade
von: Nenasheva, Natalia, et al.
Veröffentlicht: (2024)

gggenomes: effective and versatile visualizations for comparative genomics
von: Hackl, Thomas, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Annotated genome of the Atlantic dog whelk, Nucella lapillus.
von: Ford, Meghan R, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Supplementary information for "Factors influencing the accuracy and precision in dating single gene trees"
von: Louvel, Guillaume, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Whole-genome duplications revealed by macronuclear genomes of five rare species of the model ciliates Paramecium.
von: Ni, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2025)

In vitro binding energies capture Klf4 occupancy across the human genome
von: Schwager, Anne, et al.
Veröffentlicht: (2026)

wgatools: an ultrafast toolkit for manipulating whole genome alignments
von: Wei, Wenjie, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Agptools: a utility suite for editing genome assemblies
von: Ricemeyer, Edward S., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics
von: Zeiltinger, Julia, et al.
Veröffentlicht: (2024)

The Amphibian Genomics Consortium: advancing genomic and genetic resources for amphibian research and conservation.
von: Kosch, Tiffany A, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Complete genome sequence of Lysinibacillus sp. WB86, a potential antimicrobial lanthipeptides producer.
von: Sun, Huai-Ying, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ProSt: computing, storing and visualizing attributes of prokaryotic genomes
von: Gonnella, Giorgio
Veröffentlicht: (2023)

Combining genome‐wide association and genomic prediction to unravel the genetic architecture of carotenoid accumulation in carrot
von: William R. Rolling, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Exploring the role of FAT genes in Solanaceae species through genome‐wide analysis and genome editing
von: Sibel Bahadır, et al.
Veröffentlicht: (2024)

On the potential of using ensemble learning algorithm to approach the partitioning coefficient (k) value in Scheil–Gulliver equation
von: Ziyu Li, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Rethinking eukaryogenesis: genomic signatures suggest an aerobic host.
von: Du, Huan, et al.
Veröffentlicht: (2026)

MedakaBase as a unified genomic resource platform for medaka fish biology.
von: Morikami, Kenji, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Identification of a deep-branching lineage of algae using environmental plastid genomes.
von: Jamy, Mahwash, et al.
Veröffentlicht: (2025)