Buchumschlag

Spectral Map: Embedding Slow Kinetics in Collective Variables

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
1. Verfasser:	Rydzewski, Jakub
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2024
Schlagworte:	Chemical Physics
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Spectral Map for Slow Collective Variables, Markovian Dynamics, and Transition State Ensembles
von: Rydzewski, Jakub
Veröffentlicht: (2024)

Machine Learning of Slow Collective Variables and Enhanced Sampling via Spatial Techniques
von: Gökdemir, Tuğçe, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Learning Markovian Dynamics with Spectral Maps
von: Rydzewski, Jakub, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Spectral Maps for Learning Reduced Representations of Molecular Systems
von: Gökdemir, Tuğçe, et al.
Veröffentlicht: (2023)

A Note on Spectral Map
von: Gökdemir, Tuğçe, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Selecting High-Dimensional Representations of Physical Systems by Reweighted Diffusion Maps
von: Rydzewski, Jakub
Veröffentlicht: (2024)

Reweighted Manifold Learning of Collective Variables from Enhanced Sampling Simulations
von: Rydzewski, Jakub, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Decoding Binding Pathways of Ligands in Prolyl Oligopeptidase
von: Walczewska-Szewc, Katarzyna, et al.
Veröffentlicht: (2025)

NeuralTSNE: A Python Package for the Dimensionality Reduction of Molecular Dynamics Data Using Neural Networks
von: Tajs, Patryk, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Constructing Generalized Sample Transition Probabilities with Biased Simulations
von: Wang, Yanbin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Illuminating Protein Dynamics: A Review of Computational Methods for Studying Photoactive Proteins
von: Czach, Sylwia, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Large Differences Between Stochastic and Deterministic Kinetics in a Simple Autocatalytic Reaction Network
von: Bednarek, Tomasz, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Electronic Collective Variables for Chemical Reactions
von: Lei, YaoKun, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Collective Variable-Guided Engineering of the Free-Energy Surface of a Small Peptide
von: Medaparambath, Muralika, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Advanced simulations with PLUMED: OPES and Machine Learning Collective Variables
von: Trizio, Enrico, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Information Entropy is a General-Purpose Collective Variable for Enhanced Sampling
von: Li, Xiangrui, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Limitations of the rate-distribution formalism in describing luminescence quenching in the presence of diffusion
von: Jędrak, Jakub, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Investigating the Collective Nature of Cavity Modified Chemical Kinetics under Vibrational Strong Coupling
von: Lindoy, Lachlan P., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Kinetics of seeded protein aggregation: theory and application
von: Dear, Alexander J., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Enhancing Diffusion-Based Sampling with Molecular Collective Variables
von: Nam, Juno, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Short-Time Infrequent Metadynamics for Improved Kinetics Inference
von: Blumer, Ofir, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Kinetic rates calculation via non-equilibrium dynamics
von: Stegani, Bruno, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Thermophysical properties of argon gas from improved two-body interaction potential
von: Lang, Jakub, et al.
Veröffentlicht: (2023)

How Thermostats Influence Dynamics Across Time Scales: A Systematic Study from Fast Motions to Slow Transitions
von: Heinz, Frederick, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Kinetic network in Milestoning: Clustering, reduction, and transition path analysis
von: Wang, Ru, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Toward Reliable Spectroscopic Analysis of Reaction Kinetics in Polaritonic Chemistry
von: Vergauwe, Robrecht M. A., et al.
Veröffentlicht: (2026)

Characterizing Defect Dynamics in Silicon Carbide Using Symmetry-Adapted Collective Variables and Machine Learning Interatomic Potentials
von: Dutta, Soumajit, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Learning Collective Variables with Synthetic Data Augmentation through Physics-Inspired Geodesic Interpolation
von: Yang, Soojung, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Detailed Kinetic Model for Combustion of NH3/H2 Blends
von: Kao, Yu-Chi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Approximating First Hitting Point Distribution in Milestoning for Rare Event Kinetics
von: Wang, Ru, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Effects of Hydrogen Transport on the Kinetic Regimes of 4-Nitrophenol Reduction by Sodium Borohydride
von: Nizkaia, Tatiana, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Electrochemical Thermodynamics, Kinetics, and Hysteresis in Ener-gy Materials: Focusing on the Solid Side
von: Malaie, Keyvan
Veröffentlicht: (2025)

Kinetics of Barrier Crossing Events from Temperature Accelerated Sliced Sampling Simulations
von: Saurav, Sameer, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Spectral/Spatial Tensor Atomic Cluster Expansion with Universal Embeddings in Cartesian Space
von: Xu, Zemin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Kinetics and direct imaging of electrochemically formed palladium hydride for efficient hydrogen evolution reaction
von: Camuti, Luca, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Coherent Phonons, Localization and Slow Polaron Formation in Lead-free Gold Perovskite
von: Ramesh, Sankaran, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Safe or Slow? The Illusion of Thermal Stability Under Reduced-Velocity Nail Intrusion
von: Ipek, Eymen, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Model for Predicting Adsorption Isotherms and the Kinetics of Adsorption via Steepest-Entropy-Ascent Quantum Thermodynamics
von: Saldana-Robles, Adriana, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Developing Orbital-Dependent Corrections for the Non-Additive Kinetic Energy in Subsystem Density Functional Theory
von: Eitelhuber, Larissa Sophie, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Fast and Accurate Semi-Empirical Approach for Hydrogen-Exchange Kinetic Isotope Effect Evaluation
von: Rudenko, Mikhail, et al.
Veröffentlicht: (2025)