Deep Lead Optimization: Leveraging Generative AI for Structural Modification
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Zhang, Odin, Lin, Haitao, Zhang, Hui, Zhao, Huifeng, Huang, Yufei, Huang, Yuansheng, Jiang, Dejun, Hsieh, Chang-yu, Pan, Peichen, Hou, Tingjun |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
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