On Recovering Higher-order Interactions from Protein Language Models
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Tsui, Darin, Aghazadeh, Amirali |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
cryoSENSE: Compressive Sensing Enables High-throughput Microscopy with Sparse and Generative Priors on the Protein Cryo-EM Image Manifold
di: Shabeeb, Zain, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shabeeb, Zain, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multi-level Interaction Modeling for Protein Mutational Effect Prediction
di: Mo, Yuanle, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mo, Yuanle, et al.
Pubblicazione: (2024)
Reinforcement Learning for Sequence Design Leveraging Protein Language Models
di: Subramanian, Jithendaraa, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Subramanian, Jithendaraa, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProtFlow: Fast Protein Sequence Design via Flow Matching on Compressed Protein Language Model Embeddings
di: Kong, Zitai, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kong, Zitai, et al.
Pubblicazione: (2025)
PSC-CPI: Multi-Scale Protein Sequence-Structure Contrasting for Efficient and Generalizable Compound-Protein Interaction Prediction
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein as a Second Language for LLMs
di: Chen, Xinhui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Chen, Xinhui, et al.
Pubblicazione: (2025)
Structural Interpretations of Protein Language Model Representations via Differentiable Graph Partitioning
di: Dutta, Siddhant, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Dutta, Siddhant, et al.
Pubblicazione: (2026)
From Supervision to Exploration: What Does Protein Language Model Learn During Reinforcement Learning?
di: Cao, Hanqun, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Cao, Hanqun, et al.
Pubblicazione: (2025)
PFMBench: Protein Foundation Model Benchmark
di: Gao, Zhangyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gao, Zhangyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
FoldToken: Learning Protein Language via Vector Quantization and Beyond
di: Gao, Zhangyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gao, Zhangyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Design with Dynamic Protein Vocabulary
di: Liu, Nuowei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Nuowei, et al.
Pubblicazione: (2025)
PRING: Rethinking Protein-Protein Interaction Prediction from Pairs to Graphs
di: Zheng, Xinzhe, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zheng, Xinzhe, et al.
Pubblicazione: (2025)
TourSynbio: A Multi-Modal Large Model and Agent Framework to Bridge Text and Protein Sequences for Protein Engineering
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProteinEngine: Empower LLM with Domain Knowledge for Protein Engineering
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Representation Learning by Capturing Protein Sequence-Structure-Function Relationship
di: Ko, Eunji, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ko, Eunji, et al.
Pubblicazione: (2024)
BioLM-Score: Language-Prior Conditioned Probabilistic Geometric Potentials for Protein-Ligand Scoring
di: Yang, Zhangfan, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yang, Zhangfan, et al.
Pubblicazione: (2026)
TaxDiff: Taxonomic-Guided Diffusion Model for Protein Sequence Generation
di: Zongying, Lin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zongying, Lin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Structure Prediction in the 3D HP Model Using Deep Reinforcement Learning
di: Espitia, Giovanny, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Espitia, Giovanny, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Language Models Diverge from Natural Language: Comparative Analysis and Improved Inference
di: Hart, Anna, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Hart, Anna, et al.
Pubblicazione: (2026)
EMOCPD: Efficient Attention-based Models for Computational Protein Design Using Amino Acid Microenvironment
di: Ling, Xiaoqi, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ling, Xiaoqi, et al.
Pubblicazione: (2024)
Pre-Training Protein Bi-level Representation Through Span Mask Strategy On 3D Protein Chains
di: Zhao, Jiale, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhao, Jiale, et al.
Pubblicazione: (2024)
PDFBench: A Benchmark for De novo Protein Design from Function
di: Kuang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kuang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Do Protein Transformers Have Biological Intelligence?
di: Lin, Fudong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lin, Fudong, et al.
Pubblicazione: (2025)
FABind: Fast and Accurate Protein-Ligand Binding
di: Pei, Qizhi, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Pei, Qizhi, et al.
Pubblicazione: (2023)
CCPL: Cross-modal Contrastive Protein Learning
di: Zheng, Jiangbin, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Zheng, Jiangbin, et al.
Pubblicazione: (2023)
Unifying Sequences, Structures, and Descriptions for Any-to-Any Protein Generation with the Large Multimodal Model HelixProtX
di: Chen, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Prot42: a Novel Family of Protein Language Models for Target-aware Protein Binder Generation
di: Sayeed, Mohammad Amaan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sayeed, Mohammad Amaan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Bridge-IF: Learning Inverse Protein Folding with Markov Bridges
di: Zhu, Yiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhu, Yiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
Constrained Diffusion for Protein Design with Hard Structural Constraints
di: Christopher, Jacob K., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Christopher, Jacob K., et al.
Pubblicazione: (2025)
Towards Interpretable Protein Structure Prediction with Sparse Autoencoders
di: Parsan, Nithin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Parsan, Nithin, et al.
Pubblicazione: (2025)
Reaction Prediction via Interaction Modeling of Symmetric Difference Shingle Sets
di: Shi, Runhan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shi, Runhan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Addressing Model Overcomplexity in Drug-Drug Interaction Prediction With Molecular Fingerprints
di: Gil-Sorribes, Manel, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gil-Sorribes, Manel, et al.
Pubblicazione: (2025)
Graph-level Protein Representation Learning by Structure Knowledge Refinement
di: Wang, Ge, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Ge, et al.
Pubblicazione: (2024)
Generative Active Learning for the Search of Small-molecule Protein Binders
di: Korablyov, Maksym, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Korablyov, Maksym, et al.
Pubblicazione: (2024)
Generative AI for Controllable Protein Sequence Design: A Survey
di: Zhu, Yiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhu, Yiheng, et al.
Pubblicazione: (2024)
CBGBench: Fill in the Blank of Protein-Molecule Complex Binding Graph
di: Lin, Haitao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lin, Haitao, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProtCLIP: Function-Informed Protein Multi-Modal Learning
di: Zhou, Hanjing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhou, Hanjing, et al.
Pubblicazione: (2024)
PLM-eXplain: Divide and Conquer the Protein Embedding Space
di: van Eck, Jan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: van Eck, Jan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Improving Protein Sequence Design through Designability Preference Optimization
di: Xue, Fanglei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xue, Fanglei, et al.
Pubblicazione: (2025)
Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Experts for Protein Design
di: Liu, Xuefeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Xuefeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
cryoSENSE: Compressive Sensing Enables High-throughput Microscopy with Sparse and Generative Priors on the Protein Cryo-EM Image Manifold
di: Shabeeb, Zain, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Multi-level Interaction Modeling for Protein Mutational Effect Prediction
di: Mo, Yuanle, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Reinforcement Learning for Sequence Design Leveraging Protein Language Models
di: Subramanian, Jithendaraa, et al.
Pubblicazione: (2024) -
ProtFlow: Fast Protein Sequence Design via Flow Matching on Compressed Protein Language Model Embeddings
di: Kong, Zitai, et al.
Pubblicazione: (2025) -
PSC-CPI: Multi-Scale Protein Sequence-Structure Contrasting for Efficient and Generalizable Compound-Protein Interaction Prediction
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)