MoleculeCLA: Rethinking Molecular Benchmark via Computational Ligand-Target Binding Analysis
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Feng, Shikun, Zheng, Jiaxin, Jia, Yinjun, Huang, Yanwen, Zhou, Fengfeng, Ma, Wei-Ying, Lan, Yanyan |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
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