Buchumschlag

VDAC Solvation Free Energy Calculation by a Nonuniform Size Modified Poisson-Boltzmann Ion Channel Model

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Jemison, Liam, Stahl, Matthew, Dash, Ranjan K., Xie, Dexuan
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2024
Schlagworte:	Biomolecules Quantitative Methods 92-08, 65N30, 35J66, 65K10
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

A Nonlocal size modified Poisson-Boltzmann Model and Its Finite Element Solver for Protein in Multi-Species Ionic Solution
von: Xie, Dexuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

An Efficient Finite Element Solver for a Nonuniform size-modified Poisson-Nernst-Planck Ion Channel Model
von: Xie, Dexuan
Veröffentlicht: (2024)

VDAC Solvation Free Energy Calculation by a Nonuniform Size Modified Poisson–Boltzmann Ion Channel Model
von: Liam Jemison, et al.
Veröffentlicht: (2024)

On Machine Learning Approaches for Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
von: Schapin, Nikolai, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Numerical Analysis of a Bio-Polymerization Model
von: Balooch, Ali, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DLCM: a versatile multi-level solver for heterogeneous multicellular systems
von: Blom, Erik, et al.
Veröffentlicht: (2025)

A generalized Scharfetter-Gummel scheme for nonlocal cross-diffusion systems
von: Jüngel, Ansgar, et al.
Veröffentlicht: (2026)

CavDetect: A DBSCAN Algorithm based Novel Cavity Detection Model on Protein Structure
von: Adhikari, Swati, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Preconditioning a Fluid--Structure Interaction Problem Using Monolithic and Block Domain Decomposition Methods for the Fluid
von: Klawonn, Axel, et al.
Veröffentlicht: (2025)

An Unstructured Mesh Reaction-Drift-Diffusion Master Equation with Reversible Reactions
von: Isaacson, Samuel A., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Quasi-optimal Discontinuous Galerkin discretisations of the $p$-Dirichlet problem
von: Blechta, J., et al.
Veröffentlicht: (2023)

Dynamic optimization of volatile fatty acids to enrich biohydrogen production using a deep learning neural network
von: Mahmoodi-Eshkaftaki, Mahmood, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Per-event Uncertainty Quantification for Flow Cytometry using Calibration Beads
von: Bedekar, Prajakta, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A BDDC Preconditioner for the Cardiac EMI Model in three Dimensions
von: Goebel, Fritz, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Cycle-Free Polytopal Mesh Sweeping for Boltzmann Transport
von: Calloo, Ansar, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A splitting, discontinuous Galerkin solver for the cell-by-cell electroneutral Nernst-Planck framework
von: Ellingsrud, Ada J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

A finite volume scheme for the local sensing chemotaxis model
von: Herda, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Measuring multisensory integration in reaction time: the relative entropy approach
von: Colonius, Hans, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Advances in Surrogate Modeling for Biological Agent-Based Simulations: Trends, Challenges, and Future Prospects
von: Norton, Kerri-Ann, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Improved absolute abundance estimates from spatial count data with simulation and microfossil case studies
von: Mays, Chris, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Dense cell-by-cell systems of PDEs: approximation, spectral analysis, and preconditioning
von: Benedusi, Pietro, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Convergence and error analysis of a semi-implicit finite volume scheme for the Gray--Scott system
von: Randrianasolo, Tsiry Avisoa
Veröffentlicht: (2025)

Methods for Analyzing RNA Pseudoknots via Chord Diagrams and Intersection Graphs
von: Ibrahim, Rayan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Study of the stability of the fractional Stokes system from nonlinear optics around the zero equlibrium state
von: Ivan, Mihai
Veröffentlicht: (2025)

Fast numerical solvers for parameter identification problems in mathematical biology
von: Benková, Karolína, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Mathematical and numerical methods for understanding immune cell motion during wound healing
von: Lupi, Giulia, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Data-driven Neural Networks for Windkessel Parameter Calibration
von: Hoock, Benedikt, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ApisTox: a new benchmark dataset for the classification of small molecules toxicity on honey bees
von: Adamczyk, Jakub, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Accurate stochastic simulation of nonlinear reactions between closest particles
von: Kearney, Taylor, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Scalable approximation and solvers for ionic electrodiffusion in cellular geometries
von: Benedusi, Pietro, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Frequency-Space Mechanics: A Sequence and Coordinate-Free Representation for Protein Function Prediction
von: Reilly, Charles B
Veröffentlicht: (2026)

An AMG saddle point preconditioner with application to mixed Poisson problems on adaptive quad/cube meshes
von: Burstedde, Carsten, et al.
Veröffentlicht: (2019)

Identifying expanding TCR clonotypes with a longitudinal Bayesian mixture model and their associations with cancer patient prognosis, metastasis-directed therapy, and VJ gene enrichment
von: Swanson, David, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Finite Volume Analysis of the Poisson Problem via a Reduced Discontinuous Galerkin Space
von: Hu, Wenbo, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Towards Model Discovery Using Domain Decomposition and PINNs
von: Saha, Tirtho S., et al.
Veröffentlicht: (2024)

A discrete data assimilation algorithm for the reconstruction of Gray--Scott dynamics
von: Randrianasolo, Tsiry Avisoa
Veröffentlicht: (2025)

A family of high-order accurate contour integral methods for strongly continuous semigroups
von: Horning, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SUND: simulation using nonlinear dynamic models - a toolbox for simulating multi-level, time-dynamic systems in a modular way
von: Podéus, Henrik, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Multi-objective Bayesian inference in an agent-based model of zebrafish patterns via topological data analysis
von: Liu, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Improving RNA secondary structure prediction via state inference with deep recurrent neural networks
von: Willmott, Devin, et al.
Veröffentlicht: (2019)