A differentiable Gillespie algorithm for simulating chemical kinetics, parameter estimation, and designing synthetic biological circuits
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Rijal, Krishna, Mehta, Pankaj |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2024
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Randomness with constraints: constructing minimal models for high-dimensional biology
von: Nemenman, Ilya, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Nemenman, Ilya, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A twenty-first century statistical physics of life
von: Mehta, Pankaj
Veröffentlicht: (2024)
von: Mehta, Pankaj
Veröffentlicht: (2024)
Gradient estimators for parameter inference in discrete stochastic kinetic models
von: Burger, Ludwig, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Burger, Ludwig, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Minimal design of a synthetic cilium
von: Moreau, Clément, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Moreau, Clément, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Particle-based simulation of non-elementary bimolecular kinetics
von: Kearney, Taylor, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kearney, Taylor, et al.
Veröffentlicht: (2025)
What do the fundamental constants of physics tell us about life?
von: Mehta, Pankaj, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Mehta, Pankaj, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Control of encounter kinetics by chemically active droplets
von: Fries, Jacques, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Fries, Jacques, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Density estimation for ordinal biological sequences and its applications
von: Chen, Wei-Chia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chen, Wei-Chia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
In-vitro measurements coupled with in-silico simulations for stochastic calibration and uncertainty quantification of the mechanical response of biological materials
von: Pekedis, Mahmut
Veröffentlicht: (2025)
von: Pekedis, Mahmut
Veröffentlicht: (2025)
Teaching biologics design using molecular modeling and simulations
von: Andrew Phillips, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Andrew Phillips, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Phase transition to chaos in complex ecosystems with non-reciprocal species-resource interactions
von: Blumenthal, Emmy, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Blumenthal, Emmy, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Gillespie algorithm for quantum jump trajectories
von: Radaelli, Marco, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Radaelli, Marco, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Hopfield Networks as Models of Emergent Function in Biology
von: Yampolskaya, Maria, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yampolskaya, Maria, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Femtosecond laser-assisted selective holding with ultra-low power for direct manipulation of biological specimens
von: Krishna, Krishangi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Krishna, Krishangi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Hackathons for biophysics education: simulating the cytoskeleton
von: Pollack, Yoav G., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Pollack, Yoav G., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Imaging and controlling electron motion and chemical structural dynamics of biological system in real time and space
von: Zhao, Ligong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhao, Ligong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Circuit design in biology and machine learning. I. Random networks and dimensional reduction
von: Frank, Steven A.
Veröffentlicht: (2024)
von: Frank, Steven A.
Veröffentlicht: (2024)
Iterative improvement of free energy landscape reconstructions with optimal protocols derived from differentiable simulations
von: Cheng, Oliver, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Cheng, Oliver, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Parallelization of Gillespie algorithm based on binary words
von: Lacoste, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Lacoste, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The matter/life nexus in biological cells
von: Sivasankar, Vishal S., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sivasankar, Vishal S., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Thermodynamic stability and kinetic control of capsid morphologies in hepatitis B virus
von: Yang, Kevin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Yang, Kevin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Applied causality to infer protein dynamics and kinetics
von: Aranganathan, Akashnathan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Aranganathan, Akashnathan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Microscopic and stochastic simulations of chemically active droplets
von: Berthin, Roxanne, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Berthin, Roxanne, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The geometric nature of homeostatic stress in biological growth
von: Erlich, Alexander, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Erlich, Alexander, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Action potential dynamics on heterogenous neural networks: from kinetic to macroscopic equations
von: Bisi, Marzia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Bisi, Marzia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Fractional kinetic modelling of the adsorption and desorption process from experimental SPR curves
von: Ferreira, Higor V. M., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ferreira, Higor V. M., et al.
Veröffentlicht: (2025)
FEBio FINESSE: An open-source finite element simulation approach to estimate in vivo heart valve strains using shape enforcement
von: Laurence, Devin W., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Laurence, Devin W., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Segmentation of dense and multi-species bacterial colonies using models trained on synthetic microscopy images
von: Hickl, Vincent, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Hickl, Vincent, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Odd electrical circuits
von: Walden, Harry, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Walden, Harry, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Automated 1D Helmholtz coil design for cell biology: Weak magnetic fields alter cytoskeleton dynamics
von: Bahrami, Abasalt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Bahrami, Abasalt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Asymmetric enzyme kinetics of F1-ATPase induced by rotation-assisted substrate binding
von: Nakayama, Yohei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nakayama, Yohei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Unclocklike oscillators with frequency memory for the entrainment of biological clocks
von: Denis, Christian Mauffette, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Denis, Christian Mauffette, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Simple biological controllers drive the evolution of soft modes
von: Russo, Christopher Joel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Russo, Christopher Joel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Lumens as active balloons: a biological physics review
von: Echeverría-Alar, Sebastian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Echeverría-Alar, Sebastian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Exploring anticancer properties of the phytoconstituents and comparative analysis of their chemical space parameters with USFDA‐approved synthetic anticancer agents
von: Somesh Thapliyal, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Somesh Thapliyal, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Unveiling nutrient flow mediated stress in the plant roots using on-chip phytofluidic device
von: Agarwal, Kaushal, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Agarwal, Kaushal, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Comment on "Reproducibility study of Monte Carlo simulations for nanoparticle dose enhancement and biological modeling of cell survival curves" by Velten et al. [Biomed Phys Eng Express 2023;9:045004]
von: Rabus, Hans
Veröffentlicht: (2023)
von: Rabus, Hans
Veröffentlicht: (2023)
Non-classical scaling of strength with size in marine biological fibers
von: Kochiyama, Sayaka, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kochiyama, Sayaka, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Non-minimum phase viscoelastic properties of soft biological tissues
von: Kobayashi, Yo, et al.
Veröffentlicht: (2018)
von: Kobayashi, Yo, et al.
Veröffentlicht: (2018)
Branching exponents of synthetic vascular trees under different optimality principles
von: Jessen, Etienne, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Jessen, Etienne, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Ähnliche Einträge
-
Randomness with constraints: constructing minimal models for high-dimensional biology
von: Nemenman, Ilya, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
A twenty-first century statistical physics of life
von: Mehta, Pankaj
Veröffentlicht: (2024) -
Gradient estimators for parameter inference in discrete stochastic kinetic models
von: Burger, Ludwig, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Minimal design of a synthetic cilium
von: Moreau, Clément, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Particle-based simulation of non-elementary bimolecular kinetics
von: Kearney, Taylor, et al.
Veröffentlicht: (2025)