CRADLE-VAE: Enhancing Single-Cell Gene Perturbation Modeling with Counterfactual Reasoning-based Artifact Disentanglement
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Baek, Seungheun, Park, Soyon, Chok, Yan Ting, Lee, Junhyun, Park, Jueon, Gim, Mogan, Kang, Jaewoo |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
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