Protein-Mamba: Biological Mamba Models for Protein Function Prediction
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Xu, Bohao, Lu, Yingzhou, Inoue, Yoshitaka, Lee, Namkyeong, Fu, Tianfan, Chen, Jintai |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
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