Martignac: Computational workflows for reproducible, traceable, and composable coarse-grained Martini simulations
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Bereau, Tristan, Walter, Luis J., Rudzinski, Joseph F. |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Highly coarse-grained polarisable water models for mesoscopic simulations
di: Seaton, Michael A., et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Seaton, Michael A., et al.
Pubblicazione: (2026)
Coarse-graining bistability with the Martini force field
di: Muratov, Alexander D., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Muratov, Alexander D., et al.
Pubblicazione: (2024)
Mesoscopic modelling of bio-compatible PLGA polymers with coarse-grained molecular dynamics simulations
di: Bellussi, Francesco Maria, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Bellussi, Francesco Maria, et al.
Pubblicazione: (2024)
Structure and dynamics of ionic liquids under shear flow
di: Gholami, Abbas, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gholami, Abbas, et al.
Pubblicazione: (2025)
Martini Mapper: An Automated Fragment-Based Framework for Developing Coarse-Grained Models within the Martini 3 Framework
di: Bigting, Kevin V., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bigting, Kevin V., et al.
Pubblicazione: (2025)
Giant mobility of surface-trapped ionic charges following liquid tribocharging
di: Benrahla, Zouhir, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Benrahla, Zouhir, et al.
Pubblicazione: (2025)
A kinetic model to simulate charge flow through an electrochemical half cell
di: Veloza-Diaz, Diego, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Veloza-Diaz, Diego, et al.
Pubblicazione: (2025)
Three phase equilibria of the methane hydrate in NaCl solutions: A simulation study
di: Blazquez, S., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Blazquez, S., et al.
Pubblicazione: (2024)
Anisotropy of shear relaxation in primitive chain network simulations for entangled polymers confined between flat walls
di: Masubuchi, Yuichi
Pubblicazione: (2023)
di: Masubuchi, Yuichi
Pubblicazione: (2023)
Perspective: Time irreversibility in systems observed at coarse resolution
di: Dieball, Cai, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Dieball, Cai, et al.
Pubblicazione: (2024)
Theory and modeling of molecular modes in the NMR relaxation of fluids
di: Santos, Thiago J. Pinheiro dos, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Santos, Thiago J. Pinheiro dos, et al.
Pubblicazione: (2023)
Computing the Frequency-Dependent NMR Relaxation of $^1$H Nuclei in Liquid Water
di: Paschek, Dietmar, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Paschek, Dietmar, et al.
Pubblicazione: (2023)
Pressure dependent structure of neat liquid methanol, CH3OH: molecular dynamics simulations with various united atom type potentials
di: Bakó, Imre, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bakó, Imre, et al.
Pubblicazione: (2025)
Behavior of water and aqueous LiCl solutions confined in cylindrical silica pores: A wide temperature range molecular dynamics simulation study
di: Gautam, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gautam, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
Dielectric permittivity of water confined in stacks of charged lipid layers: extracting profiles from molecular dynamics simulations using a modified Poisson-Boltzmann equation
di: Gardré, Ludovic, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gardré, Ludovic, et al.
Pubblicazione: (2025)
A microscopic approach to crystallization: challenging the classical/non-classical dichotomy
di: Lutsko, James F., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lutsko, James F., et al.
Pubblicazione: (2024)
Relaxation Dynamics of a Liquid in the Vicinity of an Attractive Surface: The Process of Escaping from the Surface
di: Behbahani, Alireza F., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Behbahani, Alireza F., et al.
Pubblicazione: (2023)
Surface potentials of conductors in electrolyte solutions
di: Vinogradova, Olga I., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Vinogradova, Olga I., et al.
Pubblicazione: (2024)
Isotope effects in supercooled H$_2$O and D$_2$O and a corresponding-states-like rescaling of the temperature and pressure
di: Kimmel, Greg A.
Pubblicazione: (2024)
di: Kimmel, Greg A.
Pubblicazione: (2024)
Role of Molecular Structure in Defining the Dynamical Landscape of Deep Eutectic Solvents at Nanoscale
di: Rinesh, T., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Rinesh, T., et al.
Pubblicazione: (2025)
Nanoscopic Interfacial Hydrogel Viscoelasticity Revealed from Comparison of Macroscopic and Microscopic Rheology
di: Schmidt, Robert F., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Schmidt, Robert F., et al.
Pubblicazione: (2023)
Molecular Fingerprints of Ice Surfaces in Sum Frequency Generation Spectra: a First Principles Machine Learning Study
di: Berrens, Margaret L., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Berrens, Margaret L., et al.
Pubblicazione: (2024)
Nuclear Quantum Effects on the Electronic Structure of Water and Ice
di: Berrens, Margaret, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Berrens, Margaret, et al.
Pubblicazione: (2024)
Surface Excess Energy Governs the Non-Monotonic Behavior of Active Diffusivity with Activity
di: Arango-Restrepo, A., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Arango-Restrepo, A., et al.
Pubblicazione: (2025)
Ion-Specific Effects at the Surface of Water
di: Sengupta, Sanghamitra, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sengupta, Sanghamitra, et al.
Pubblicazione: (2025)
Effect of particle and substrate wettability on evaporation-driven assembly of colloidal monolayers
di: Xie, Qingguang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xie, Qingguang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Molecular dynamics of ice-active solutions at ice-water interfaces
di: Harless, Benjamin M., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Harless, Benjamin M., et al.
Pubblicazione: (2025)
How Soft is Too Soft? Tuning Order and Disorder in Dimeric Core-Soft Colloids with Bond Flexibility
di: Krott, Leandro B., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Krott, Leandro B., et al.
Pubblicazione: (2025)
Cohesion mediated layering in sheared grains
di: Mahajan, Khushi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mahajan, Khushi, et al.
Pubblicazione: (2025)
Information Bottleneck in Peptide Conformation Determination by X-ray Absorption Spectroscopy
di: Eronen, Eemeli A., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Eronen, Eemeli A., et al.
Pubblicazione: (2023)
Computer simulations of the bacterial ribosome using a general purpose coarse-grained model MARTINI
di: Cikhart, Josef, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Cikhart, Josef, et al.
Pubblicazione: (2025)
Charging dynamics of electric double layer nanocapacitors in mean-field
di: Palaia, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Palaia, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2023)
Poisson-Nernst-Planck charging dynamics of an electric double layer capacitor: symmetric and asymmetric binary electrolytes
di: Palaia, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Palaia, Ivan, et al.
Pubblicazione: (2023)
Confinement-controlled Water Engenders High Energy Density Electrochemical-double-layer Capacitance
di: Melnik, Svetlana, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Melnik, Svetlana, et al.
Pubblicazione: (2022)
Free energy, rates, and mechanism of transmembrane dimerization in lipid bilayers from dynamically unbiased molecular dynamics simulations
di: Jackel, Emil, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Jackel, Emil, et al.
Pubblicazione: (2024)
The Photochemical Birth of the Hydrated Electron in Liquid Water
di: Mirón, Gonzalo Díaz, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mirón, Gonzalo Díaz, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Gaussian model of fluctuating membrane and its scattering properties
di: Gommes, Cedric J., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gommes, Cedric J., et al.
Pubblicazione: (2024)
IceCoder: Identification of Ice phases in molecular simulation using variational autoencoder
di: Maity, Dibyendu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Maity, Dibyendu, et al.
Pubblicazione: (2024)
Dimensional Analysis Theory and Molecular Dynamics Simulation of Polypropylene Melt Flow during Injection Molding Process
di: Zhang, Jinrong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Jinrong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Modulation Mechanism of Ionic Transport through Short Nanopores by Charged Exterior Surfaces
di: Ma, Long, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ma, Long, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
Highly coarse-grained polarisable water models for mesoscopic simulations
di: Seaton, Michael A., et al.
Pubblicazione: (2026) -
Coarse-graining bistability with the Martini force field
di: Muratov, Alexander D., et al.
Pubblicazione: (2024) -
Mesoscopic modelling of bio-compatible PLGA polymers with coarse-grained molecular dynamics simulations
di: Bellussi, Francesco Maria, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Structure and dynamics of ionic liquids under shear flow
di: Gholami, Abbas, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Martini Mapper: An Automated Fragment-Based Framework for Developing Coarse-Grained Models within the Martini 3 Framework
di: Bigting, Kevin V., et al.
Pubblicazione: (2025)