Evaluating Deep Regression Models for WSI-Based Gene-Expression Prediction
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Gustafsson, Fredrik K., Rantalainen, Mattias |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Evaluating Computational Pathology Foundation Models for Prostate Cancer Grading under Distribution Shifts
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2024)
Auxiliary Gene Learning: Spatial Gene Expression Estimation by Auxiliary Gene Selection
di: Shiku, Kaito, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shiku, Kaito, et al.
Pubblicazione: (2025)
Benchmarking Pathology Foundation Models for Breast Cancer Survival Prediction
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2026)
Scanner-Induced Domain Shifts Undermine the Robustness of Pathology Foundation Models
di: Thiringer, Erik, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Thiringer, Erik, et al.
Pubblicazione: (2026)
Path-GPTOmic: A Balanced Multi-modal Learning Framework for Survival Outcome Prediction
di: Wang, Hongxiao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Hongxiao, et al.
Pubblicazione: (2024)
CrossLLM-Mamba: Multimodal State Space Fusion of LLMs for RNA Interaction Prediction
di: Sadia, Rabeya Tus, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Sadia, Rabeya Tus, et al.
Pubblicazione: (2026)
A Deep Learning Pipeline for Epilepsy Genomic Analysis Using GPT-2 XL and NVIDIA H100
di: Latif, Muhammad Omer, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Latif, Muhammad Omer, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multi-omics Prediction from High-content Cellular Imaging with Deep Learning
di: Mehrizi, Rahil, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Mehrizi, Rahil, et al.
Pubblicazione: (2023)
Leveraging State Space Models in Long Range Genomics
di: Popov, Matvei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Popov, Matvei, et al.
Pubblicazione: (2025)
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
di: Sadia, Rabeya Tus, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sadia, Rabeya Tus, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Large-Scale Benchmark of Cross-Modal Learning for Histology and Gene Expression in Spatial Transcriptomics
di: Gindra, Rushin H., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Gindra, Rushin H., et al.
Pubblicazione: (2025)
Explainable AI model reveals disease-related mechanisms in single-cell RNA-seq data
di: Usman, Mohammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Usman, Mohammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
Deep Pathomic Learning Defines Prognostic Subtypes and Molecular Drivers in Colorectal Cancer
di: Wang, Zisong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Zisong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Specialized Foundation Models Struggle to Beat Supervised Baselines
di: Xu, Zongzhe, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Xu, Zongzhe, et al.
Pubblicazione: (2024)
ST-Align: A Multimodal Foundation Model for Image-Gene Alignment in Spatial Transcriptomics
di: Lin, Yuxiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lin, Yuxiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
A Standardized Framework For Evaluating Gene Expression Generative Models
di: Rubbi, Andrea, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Rubbi, Andrea, et al.
Pubblicazione: (2026)
Deep Neural Network: An Efficient and Optimized Machine Learning Paradigm for Reducing Genome Sequencing Error
di: Kartriku, Ferdinand, et al.
Pubblicazione: (2020)
di: Kartriku, Ferdinand, et al.
Pubblicazione: (2020)
GestaltMML: Enhancing Rare Genetic Disease Diagnosis through Multimodal Machine Learning Combining Facial Images and Clinical Texts
di: Wu, Da, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Wu, Da, et al.
Pubblicazione: (2023)
Is your data alignable? Principled and interpretable alignability testing and integration of single-cell data
di: Ma, Rong, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Ma, Rong, et al.
Pubblicazione: (2023)
Advancing Gene Selection in Oncology: A Fusion of Deep Learning and Sparsity for Precision Gene Selection
di: Krishna, Akhila, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Krishna, Akhila, et al.
Pubblicazione: (2024)
Modeling Gene Expression Distributional Shifts for Unseen Genetic Perturbations
di: Ramakrishnan, Kalyan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ramakrishnan, Kalyan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Towards Unified Molecule-Enhanced Pathology Image Representation Learning via Integrating Spatial Transcriptomics
di: Han, Minghao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Han, Minghao, et al.
Pubblicazione: (2024)
Scalable Generation of Spatial Transcriptomics from Histology Images via Whole-Slide Flow Matching
di: Huang, Tinglin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Tinglin, et al.
Pubblicazione: (2025)
Scalable Single-Cell Gene Expression Generation with Latent Diffusion Models
di: Palla, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Palla, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
Machine Learning-Based Analysis of Ebola Virus' Impact on Gene Expression in Nonhuman Primates
di: Rezapour, Mostafa, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Rezapour, Mostafa, et al.
Pubblicazione: (2024)
Extending Sequence Length is Not All You Need: Effective Integration of Multimodal Signals for Gene Expression Prediction
di: Yang, Zhao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yang, Zhao, et al.
Pubblicazione: (2026)
QuST-LLM: Integrating Large Language Models for Comprehensive Spatial Transcriptomics Analysis
di: Huang, Chao Hui
Pubblicazione: (2024)
di: Huang, Chao Hui
Pubblicazione: (2024)
Multi-omic Causal Discovery using Genotypes and Gene Expression
di: Asiedu, Stephen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Asiedu, Stephen, et al.
Pubblicazione: (2025)
On the Recoverability of Causal Relations from Bulk Gene Expression Data
di: Luo, Gongxu, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Luo, Gongxu, et al.
Pubblicazione: (2026)
PanFoMa: A Lightweight Foundation Model and Benchmark for Pan-Cancer
di: Huang, Xiaoshui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Xiaoshui, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Comparative Analysis of Gene Expression Profiling by Statistical and Machine Learning Approaches
di: Bontonou, Myriam, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Bontonou, Myriam, et al.
Pubblicazione: (2024)
Annotation-Informed Block-Sparse Bayesian Modeling for cis-Expression Prediction
di: Huang, Lei, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Huang, Lei, et al.
Pubblicazione: (2026)
Feature Dimensionality Outweighs Model Complexity in Breast Cancer Subtype Classification Using TCGA-BRCA Gene Expression Data
di: Hasani, Meena Al
Pubblicazione: (2026)
di: Hasani, Meena Al
Pubblicazione: (2026)
Beyond Independent Genes: Learning Module-Inductive Representations for Gene Perturbation Prediction
di: Ruan, Jiafa, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Ruan, Jiafa, et al.
Pubblicazione: (2026)
Generative Language Models on Nucleotide Sequences of Human Genes
di: Ihtiyar, Musa Nuri, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Ihtiyar, Musa Nuri, et al.
Pubblicazione: (2023)
Machine Learning-Based Prediction of Key Genes Correlated to the Subretinal Lesion Severity in a Mouse Model of Age-Related Macular Degeneration
di: Yan, Kuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yan, Kuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
MGPATH: Vision-Language Model with Multi-Granular Prompt Learning for Few-Shot WSI Classification
di: Nguyen, Anh-Tien, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Nguyen, Anh-Tien, et al.
Pubblicazione: (2025)
HEXST: Hexagonal Shifted-Window Transformer for Spatial Transcriptomics Gene Expression Prediction
di: Byeon, Keunho, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Byeon, Keunho, et al.
Pubblicazione: (2026)
SpaDiT: Diffusion Transformer for Spatial Gene Expression Prediction using scRNA-seq
di: Li, Xiaoyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Xiaoyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
CellMaster: Collaborative Cell Type Annotation in Single-Cell Analysis
di: Wang, Zhen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Zhen, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
Evaluating Computational Pathology Foundation Models for Prostate Cancer Grading under Distribution Shifts
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2024) -
Auxiliary Gene Learning: Spatial Gene Expression Estimation by Auxiliary Gene Selection
di: Shiku, Kaito, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Benchmarking Pathology Foundation Models for Breast Cancer Survival Prediction
di: Gustafsson, Fredrik K., et al.
Pubblicazione: (2026) -
Scanner-Induced Domain Shifts Undermine the Robustness of Pathology Foundation Models
di: Thiringer, Erik, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Path-GPTOmic: A Balanced Multi-modal Learning Framework for Survival Outcome Prediction
di: Wang, Hongxiao, et al.
Pubblicazione: (2024)