Long-range gene expression prediction with token alignment of large language model
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Honig, Edouardo, Zhan, Huixin, Wu, Ying Nian, Zhang, Zijun Frank |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Season combinatorial intervention predictions with Salt & Peper
di: Gaudelet, Thomas, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gaudelet, Thomas, et al.
Pubblicazione: (2024)
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
di: Madhu, Hiren, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Madhu, Hiren, et al.
Pubblicazione: (2025)
Sparse autoencoders reveal organized biological knowledge but minimal regulatory logic in single-cell foundation models: a comparative atlas of Geneformer and scGPT
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
Causal Circuit Tracing Reveals Distinct Computational Architectures in Single-Cell Foundation Models: Inhibitory Dominance, Biological Coherence, and Cross-Model Convergence
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
STRAND: Sequence-Conditioned Transport for Single-Cell Perturbations
di: Fu, Boyang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Fu, Boyang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Discovery of a Hematopoietic Manifold in scGPT Yields a Method for Extracting Performant Algorithms from Biological Foundation Model Internals
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
scI2CL: Effectively Integrating Single-cell Multi-omics by Intra- and Inter-omics Contrastive Learning
di: Liu, Wuchao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Wuchao, et al.
Pubblicazione: (2025)
SynthPert: Enhancing LLM Biological Reasoning via Synthetic Reasoning Traces for Cellular Perturbation Prediction
di: Phillips, Lawrence, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Phillips, Lawrence, et al.
Pubblicazione: (2025)
LapDDPM: A Conditional Graph Diffusion Model for scRNA-seq Generation with Spectral Adversarial Perturbations
di: Bini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2025)
Efficient and Scalable Fine-Tune of Language Models for Genome Understanding
di: Zhan, Huixin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhan, Huixin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Geometric coherence of single-cell CRISPR perturbations reveals regulatory architecture and predicts cellular stress
di: Raju, Prashant C.
Pubblicazione: (2026)
di: Raju, Prashant C.
Pubblicazione: (2026)
scRNA-seq of preeclamptic trophoblasts identifies EBI3, COL17A1, miR-27a-5p, and miR-193b-5p as hypoxia markers: validation of neuradapt as a superior mimetic to cobalt chloride
di: Knyazev, Evgeny, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Knyazev, Evgeny, et al.
Pubblicazione: (2025)
From Syntax to Semantics: Geometric Stability as the Missing Axis of Perturbation Biology
di: Raju, Prashant C.
Pubblicazione: (2026)
di: Raju, Prashant C.
Pubblicazione: (2026)
OmicsLM: A Multimodal Large Language Model for Multi-Sample Omics Reasoning
di: Sypetkowski, Maciej, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Sypetkowski, Maciej, et al.
Pubblicazione: (2026)
Dimensional reduction of gradient-like stochastic systems with multiplicative noise via Fokker-Planck diffusion maps
di: Baumgartner, Andrew, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Baumgartner, Andrew, et al.
Pubblicazione: (2024)
Towards generalizable single-cell perturbation modeling via the Conditional Monge Gap
di: Driessen, Alice, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Driessen, Alice, et al.
Pubblicazione: (2025)
Transfer Learning for T-Cell Response Prediction
di: Stadelmaier, Josua, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Stadelmaier, Josua, et al.
Pubblicazione: (2024)
Why Attention Graphs Are All We Need: Pioneering Hierarchical Classification of Hematologic Cell Populations with LeukoGraph
di: Mojarrad, Fatemeh Nassajian, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mojarrad, Fatemeh Nassajian, et al.
Pubblicazione: (2024)
Embedding-based Multimodal Learning on Pan-Squamous Cell Carcinomas for Improved Survival Outcomes
di: Waqas, Asim, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Waqas, Asim, et al.
Pubblicazione: (2024)
Engineering morphogenesis of cell clusters with differentiable programming
di: Deshpande, Ramya, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Deshpande, Ramya, et al.
Pubblicazione: (2024)
Deep-Ace: LSTM-based Prokaryotic Lysine Acetylation Site Predictor
di: Ilyas, Maham, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ilyas, Maham, et al.
Pubblicazione: (2024)
Learning Model Parameter Dynamics in a Combination Therapy for Bladder Cancer from Sparse Biological Data
di: Olumoyin, Kayode, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Olumoyin, Kayode, et al.
Pubblicazione: (2025)
scMamba: A Scalable Foundation Model for Single-Cell Multi-Omics Integration Beyond Highly Variable Feature Selection
di: Yuan, Zhen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yuan, Zhen, et al.
Pubblicazione: (2025)
SSRCA: a novel machine learning pipeline to perform sensitivity analysis for agent-based models
di: Rohr, Edward H., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Rohr, Edward H., et al.
Pubblicazione: (2025)
Non-invasive maturity assessment of iPSC-CMs based on optical maturity characteristics using interpretable AI
di: Scheurer, Fabian, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Scheurer, Fabian, et al.
Pubblicazione: (2025)
DYNA: Disease-Specific Language Model for Variant Pathogenicity
di: Zhan, Huixin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhan, Huixin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Modeling Adoptive Cell Therapy in Bladder Cancer from Sparse Biological Data using PINNs
di: Olumoyin, Kayode, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Olumoyin, Kayode, et al.
Pubblicazione: (2025)
Modeling non-genetic information dynamics in cells using reservoir computing
di: Niraula, Dipesh, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Niraula, Dipesh, et al.
Pubblicazione: (2023)
HemaGraph: Breaking Barriers in Hematologic Single Cell Classification with Graph Attention
di: Bini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Bini, Lorenzo, et al.
Pubblicazione: (2024)
Run-and-tumble chemotaxis using reinforcement learning
di: Pramanik, Ramesh, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Pramanik, Ramesh, et al.
Pubblicazione: (2025)
VCWorld: A Biological World Model for Virtual Cell Simulation
di: Wei, Zhijian, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wei, Zhijian, et al.
Pubblicazione: (2025)
Persistent pseudopod splitting is an effective chemotaxis strategy in shallow gradients
di: Alonso, Albert, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Alonso, Albert, et al.
Pubblicazione: (2024)
RxRx3-core: Benchmarking drug-target interactions in High-Content Microscopy
di: Kraus, Oren, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kraus, Oren, et al.
Pubblicazione: (2025)
Scientific Hypothesis Generation by a Large Language Model: Laboratory Validation in Breast Cancer Treatment
di: Abdel-Rehim, Abbi, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Abdel-Rehim, Abbi, et al.
Pubblicazione: (2024)
Large Language Models Meet Virtual Cell: A Survey
di: Li, Krinos, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Krinos, et al.
Pubblicazione: (2025)
Better Prompt Compression Without Multi-Layer Perceptrons
di: Honig, Edouardo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Honig, Edouardo, et al.
Pubblicazione: (2025)
SGC: A semi-supervised pipeline for gene clustering using self-training approach in gene co-expression networks
di: Aghaieabiane, Niloofar, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Aghaieabiane, Niloofar, et al.
Pubblicazione: (2022)
Fast, memory-efficient genomic interval tokenizers for modern machine learning
di: LeRoy, Nathan J., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: LeRoy, Nathan J., et al.
Pubblicazione: (2025)
Benchmarking virtual cell models for in-the-wild perturbation response
di: Mao, Xinjie, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Mao, Xinjie, et al.
Pubblicazione: (2026)
Brain-wide interpolation and conditioning of gene expression in the human brain using Implicit Neural Representations
di: Yu, Xizheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yu, Xizheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
Season combinatorial intervention predictions with Salt & Peper
di: Gaudelet, Thomas, et al.
Pubblicazione: (2024) -
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
di: Madhu, Hiren, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Sparse autoencoders reveal organized biological knowledge but minimal regulatory logic in single-cell foundation models: a comparative atlas of Geneformer and scGPT
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026) -
Causal Circuit Tracing Reveals Distinct Computational Architectures in Single-Cell Foundation Models: Inhibitory Dominance, Biological Coherence, and Cross-Model Convergence
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026) -
STRAND: Sequence-Conditioned Transport for Single-Cell Perturbations
di: Fu, Boyang, et al.
Pubblicazione: (2026)