EquiJump: Protein Dynamics Simulation via SO(3)-Equivariant Stochastic Interpolants
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Costa, Allan dos Santos, Mitnikov, Ilan, Pellegrini, Franco, Daigavane, Ameya, Geiger, Mario, Cao, Zhonglin, Kreis, Karsten, Smidt, Tess, Kucukbenli, Emine, Jacobson, Joseph |
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| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2024
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