Rawsamble: Overlapping and Assembling Raw Nanopore Signals using a Hash-based Seeding Mechanism
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Firtina, Can, Mordig, Maximilian, Mustafa, Harun, Goswami, Sayan, Ghiasi, Nika Mansouri, Mercogliano, Stefano, Eris, Furkan, Lindegger, Joël, Kahles, Andre, Mutlu, Onur |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2024
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
RawAlign: Accurate, Fast, and Scalable Raw Nanopore Signal Mapping via Combining Seeding and Alignment
von: Lindegger, Joël, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Lindegger, Joël, et al.
Veröffentlicht: (2023)
RawHash2: Mapping Raw Nanopore Signals Using Hash-Based Seeding and Adaptive Quantization
von: Firtina, Can, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Firtina, Can, et al.
Veröffentlicht: (2023)
RawBench: A Comprehensive Benchmarking Framework for Raw Nanopore Signal Analysis Techniques
von: Eris, Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Eris, Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
TargetCall: Eliminating the Wasted Computation in Basecalling via Pre-Basecalling Filtering
von: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Veröffentlicht: (2022)
MegIS: High-Performance, Energy-Efficient, and Low-Cost Metagenomic Analysis with In-Storage Processing
von: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MARS: Processing-In-Memory Acceleration of Raw Signal Genome Analysis Inside the Storage Subsystem
von: Soysal, Melina, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Soysal, Melina, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SAGe: A Lightweight Algorithm-Architecture Co-Design for Mitigating the Data Preparation Bottleneck in Large-Scale Genome Sequence Analysis
von: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MetaTrinity: Enabling Fast Metagenomic Classification via Seed Counting and Edit Distance Approximation
von: Gollwitzer, Arvid E., et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Gollwitzer, Arvid E., et al.
Veröffentlicht: (2023)
SequenceLab: A Comprehensive Benchmark of Computational Methods for Comparing Genomic Sequences
von: Rumpf, Maximilian-David, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Rumpf, Maximilian-David, et al.
Veröffentlicht: (2023)
GenPairX: A Hardware-Algorithm Co-Designed Accelerator for Paired-End Read Mapping
von: Eudine, Julien, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Eudine, Julien, et al.
Veröffentlicht: (2026)
CRANE: Correcting Errors in Raw Nanopore Signals Using Hidden Markov Models
von: Ambrozak, Simon, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ambrozak, Simon, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Enabling Fast, Accurate, and Efficient Real-Time Genome Analysis via New Algorithms and Techniques
von: Firtina, Can
Veröffentlicht: (2025)
von: Firtina, Can
Veröffentlicht: (2025)
AirLift: A Fast and Comprehensive Technique for Remapping Alignments between Reference Genomes
von: Kim, Jeremie S., et al.
Veröffentlicht: (2019)
von: Kim, Jeremie S., et al.
Veröffentlicht: (2019)
RUBICON: A Framework for Designing Efficient Deep Learning-Based Genomic Basecallers
von: Singh, Gagandeep, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Singh, Gagandeep, et al.
Veröffentlicht: (2022)
GateKeeper-GPU: Fast and Accurate Pre-Alignment Filtering in Short Read Mapping
von: Bingöl, Zülal, et al.
Veröffentlicht: (2021)
von: Bingöl, Zülal, et al.
Veröffentlicht: (2021)
A mapping-free NLP-based technique for sequence search in Nanopore long-reads
von: Strzoda, Tomasz, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Strzoda, Tomasz, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Genome-on-Diet: Taming Large-Scale Genomic Analyses via Sparsified Genomics
von: Alser, Mohammed, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Alser, Mohammed, et al.
Veröffentlicht: (2022)
Reliable Inference of Phylogenomic Relationship via Assembly-Based Strategy Accommodating Raw Reads and Proteins.
von: Li, Yunlong, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Li, Yunlong, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta.
von: Davies, Billie E, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Davies, Billie E, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Step-by-Step Guide to Sequencing and Assembly of Complete Bacterial Genomes Using the Oxford Nanopore MinION.
von: Kumar, Anil, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kumar, Anil, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Deciphering Pleiotropic Single‐Nucleotide Polymorphisms Governing Fertility–Milk Yield Trade‐Offs in Dairy Cattle: A Genome‐Wide Chromosomal Landscape Analysis
von: Heydar Ghiasi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Heydar Ghiasi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A high-quality Oxford Nanopore assembly of the hourglass dolphin (Lagenorhynchus cruciger) genome.
von: McGrath, Nick, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: McGrath, Nick, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Processing-in-memory for genomics workloads
von: Simon, William Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Simon, William Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
oflorez/HumanGenomeAssemblies: Retrieving Target Regions from Human Genome Assemblies
von: oflorezvargas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: oflorezvargas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The Future of Decoding Non-Standard Nucleotides: Leveraging Nanopore Sequencing for Expanded Genetic Codes
von: Shim, Hyunjin
Veröffentlicht: (2024)
von: Shim, Hyunjin
Veröffentlicht: (2024)
Murmur2Vec: A Hashing Based Solution For Embedding Generation Of COVID-19 Spike Sequences
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CiMBA: Accelerating Genome Sequencing through On-Device Basecalling via Compute-in-Memory
von: Simon, William Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Simon, William Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Supregraph: Enabling Information-Optimal Assembly Graph Representation of a Read Set
von: Bankevich, Anton
Veröffentlicht: (2026)
von: Bankevich, Anton
Veröffentlicht: (2026)
Seed shattering in a North American Oryzeae grain: Developmental and genomic signatures of early domestication
von: Reneth Millas, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Reneth Millas, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Seed protein electrophoresis in plant genetics: Commemorating the pioneering contributions of Prof. Chittaranjan Kole and team to the foundation of plant proteomics
von: Sarita Pandey, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sarita Pandey, et al.
Veröffentlicht: (2025)
On the Coverage Required for Diploid Genome Assembly
von: Mahajan, Daanish, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Mahajan, Daanish, et al.
Veröffentlicht: (2024)
PhageBench: Can LLMs Understand Raw Bacteriophage Genomes?
von: Hou, Yusen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Hou, Yusen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Chromosome-Level Genome Assembly and Annotation of the Japanese Cutlassfish (Trichiurus japonicus): A High-Quality Genomic Resource Featuring Nuclear and Mitochondrial Completeness for Future Studies.
von: Hsu, Po-Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hsu, Po-Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MetaCompass: Reference-guided Assembly of Metagenomes
von: Luan, Tu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Luan, Tu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Genomic Insight into Isolates from Fresh Raw Mussels and Ready-to-Eat Stuffed Mussels.
von: Yibar, Artun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yibar, Artun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
LCPan: efficient variation graph construction using Locally Consistent Parsing
von: Ashyralyyev, Akmuhammet, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ashyralyyev, Akmuhammet, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Accelerating Seed Location Filtering in DNA Read Mapping Using a Commercial Compute-in-SRAM Architecture
von: Golden, Courtney, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Golden, Courtney, et al.
Veröffentlicht: (2024)
bDNA Medium: Secure Conversion of Raw Genomic Sequencing Data to Verifiable Cryptographic Objects
von: Lowy, Shoel
Veröffentlicht: (2026)
von: Lowy, Shoel
Veröffentlicht: (2026)
pHapCompass: Probabilistic Assembly and Uncertainty Quantification of Polyploid Haplotype Phase
von: Hosseini, Marjan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hosseini, Marjan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Supplementary information for "Factors influencing the accuracy and precision in dating single gene trees"
von: Louvel, Guillaume, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Louvel, Guillaume, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
RawAlign: Accurate, Fast, and Scalable Raw Nanopore Signal Mapping via Combining Seeding and Alignment
von: Lindegger, Joël, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
RawHash2: Mapping Raw Nanopore Signals Using Hash-Based Seeding and Adaptive Quantization
von: Firtina, Can, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
RawBench: A Comprehensive Benchmarking Framework for Raw Nanopore Signal Analysis Techniques
von: Eris, Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
TargetCall: Eliminating the Wasted Computation in Basecalling via Pre-Basecalling Filtering
von: Cavlak, Meryem Banu, et al.
Veröffentlicht: (2022) -
MegIS: High-Performance, Energy-Efficient, and Low-Cost Metagenomic Analysis with In-Storage Processing
von: Ghiasi, Nika Mansouri, et al.
Veröffentlicht: (2024)