Buchumschlag

SCOP: A Sequence-Structure Contrast-Aware Framework for Protein Function Prediction

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Ma, Runze, He, Chengxin, Zheng, Huiru, Wang, Xinye, Wang, Haiying, Zhang, Yidan, Duan, Lei
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2024
Schlagworte:	Biomolecules
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation
von: Zhang, Zhongyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)

STELLA: A Multimodal LLM for Protein Functional Annotation via Unified Sequence-Structure Encoding
von: Xiao, Hongwang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Into the Unknown: From Structure to Disorder in Protein Function Prediction
von: Kolarić, Đesika, et al.
Veröffentlicht: (2025)

A Protein Structure Prediction Approach Leveraging Transformer and CNN Integration
von: Zhou, Yanlin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

PSC-CPI: Multi-Scale Protein Sequence-Structure Contrasting for Efficient and Generalizable Compound-Protein Interaction Prediction
von: Wu, Lirong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Single-Sequence-Based Protein Secondary Structure Prediction using One-Hot and Chemical Encodings of Amino Acids
von: Trinh, Hoa, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Frequency-Space Mechanics: A Sequence and Coordinate-Free Representation for Protein Function Prediction
von: Reilly, Charles B
Veröffentlicht: (2026)

A New Route for the Determination of Protein Structure and Function
von: Mejias, S. H., et al.
Veröffentlicht: (2024)

CoPRA: Bridging Cross-domain Pretrained Sequence Models with Complex Structures for Protein-RNA Binding Affinity Prediction
von: Han, Rong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

DeepRLI: A Multi-objective Framework for Universal Protein--Ligand Interaction Prediction
von: Lin, Haoyu, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Protein Representation Learning by Capturing Protein Sequence-Structure-Function Relationship
von: Ko, Eunji, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Comprehensive Review of Protein Language Models
von: Wang, Lei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Ligand-Conditioned Discrete Diffusion for Protein Sequence-Structure Co-Design
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Conformation-Aware Structure Prediction of Antigen-Recognizing Immune Proteins
von: Dreyer, Frédéric A., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Consistent Synthetic Sequences Unlock Structural Diversity in Fully Atomistic De Novo Protein Design
von: Reidenbach, Danny, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Atomic Density Distributions in Proteins: Structural and Functional Implications
von: Touliopoulos, Sotirios, et al.
Veröffentlicht: (2025)

BioBlobs: Unsupervised Discovery of Functional Substructures for Protein Function Prediction
von: Wang, Xin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Prot2Chat: Protein LLM with Early-Fusion of Text, Sequence and Structure
von: Wang, Zhicong, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Learning Protein Structure-Function Relationships through Knowledge-guided Representation Decomposition
von: Wang, Mingqing, et al.
Veröffentlicht: (2026)

DISPROTBENCH: Uncovering the Functional Limits of Protein Structure Prediction Models in Intrinsically Disordered Regions
von: Zeng, Xinyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)

FlexSBDD: Structure-Based Drug Design with Flexible Protein Modeling
von: Zhang, Zaixi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RiboFlow: Conditional De Novo RNA Co-Design via Synergistic Flow Matching
von: Ma, Runze, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Importance Weighted Expectation-Maximization for Protein Sequence Design
von: Song, Zhenqiao, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Beyond ESM2: Graph-Enhanced Protein Sequence Modeling with Efficient Clustering
von: Jiao, Shujian, et al.
Veröffentlicht: (2024)

PLD-Tree: Persistent Laplacian Decision Tree for Protein-Protein Binding Free Energy Prediction
von: Xu, Xingjian, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Tree Search-Based Evolutionary Bandits for Protein Sequence Optimization
von: Qiu, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Leveraging Sequence Purification for Accurate Prediction of Multiple Conformational States with AlphaFold2
von: Xing, Enming, et al.
Veröffentlicht: (2025)

PyMOLfold: Interactive Protein and Ligand Structure Prediction in PyMOL
von: Ford, Colby T., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Hierarchical Multi-Label Contrastive Learning for Protein-Protein Interaction Prediction Across Organisms
von: Liu, Shiyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Kirigami: large convolutional kernels improve deep learning-based RNA secondary structure prediction
von: Harary, Marc, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Diffusion Sequence Models for Enhanced Protein Representation and Generation
von: Hallee, Logan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DeepFRI Demystified: Interpretability vs. Accuracy in AI Protein Function Prediction
von: Krishna, Ananya, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SIU: A Million-Scale Structural Small Molecule-Protein Interaction Dataset for Unbiased Bioactivity Prediction
von: Huang, Yanwen, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SeedFold: Scaling Biomolecular Structure Prediction
von: Zhou, Yi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DecoyDB: A Dataset for Graph Contrastive Learning in Protein-Ligand Binding Affinity Prediction
von: Zhang, Yupu, et al.
Veröffentlicht: (2025)

TourSynbio: A Multi-Modal Large Model and Agent Framework to Bridge Text and Protein Sequences for Protein Engineering
von: Shen, Yiqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)

LAFA: A Framework for Reproducible Longitudinal Assessment of Protein Function Annotation Models
von: Phan, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Open-Source Protein Language Models for Function Prediction and Protein Design
von: Pandi, Shivasankaran Vanaja, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Structure-Enhanced Protein Instruction Tuning: Towards General-Purpose Protein Understanding with LLMs
von: Wu, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Protein FID: Improved Evaluation of Protein Structure Generative Models
von: Faltings, Felix, et al.
Veröffentlicht: (2025)