Computing Gram Matrix for SMILES Strings using RDKFingerprint and Sinkhorn-Knopp Algorithm
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Ali, Sarwan, Mansoor, Haris, Chourasia, Prakash, Khan, Imdad Ullah, Patterson, Murray |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2024
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Position Specific Scoring Is All You Need? Revisiting Protein Sequence Classification Tasks
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
DANCE: Deep Learning-Assisted Analysis of Protein Sequences Using Chaos Enhanced Kaleidoscopic Images
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Neuromorphic Spiking Neural Network Based Classification of COVID-19 Spike Sequences
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MIK: Modified Isolation Kernel for Biological Sequence Visualization, Classification, and Clustering
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Expanding Chemical Representation with k-mers and Fragment-based Fingerprints for Molecular Fingerprinting
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Breaking the Euclidean Barrier: Hyperboloid-Based Biological Sequence Analysis
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Converting Time Series Data to Numeric Representations Using Alphabetic Mapping and k-mer strategy
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Boosting t-SNE Efficiency for Sequencing Data: Insights from Kernel Selection
von: Jan, Avais, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jan, Avais, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Hilbert Curve Based Molecular Sequence Analysis
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
EPIC: Enhancing Privacy through Iterative Collaboration
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Universal Non-Parametric Approach For Improved Molecular Sequence Analysis
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Nearest Neighbor CCP-Based Molecular Sequence Analysis
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
DWFL: Enhancing Federated Learning through Dynamic Weighted Averaging
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2024)
CHIMERA-Bench: A Benchmark Dataset for Epitope-Specific Antibody Design
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Uncovering Hierarchical Structure in LLM Embeddings with $δ$-Hyperbolicity, Ultrametricity, and Neighbor Joining
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chourasia, Prakash, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Phase transition of the Sinkhorn-Knopp algorithm
von: He, Kun
Veröffentlicht: (2025)
von: He, Kun
Veröffentlicht: (2025)
On the Efficiency of Sinkhorn-Knopp for Entropically Regularized Optimal Transport
von: He, Kun
Veröffentlicht: (2026)
von: He, Kun
Veröffentlicht: (2026)
Sequence Analysis Using the Bezier Curve
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2025)
mHC-lite: You Don't Need 20 Sinkhorn-Knopp Iterations
von: Yang, Yongyi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Yang, Yongyi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Predicting Polymer Solubility in Solvents Using SMILES Strings
von: Reinhard, Andrew
Veröffentlicht: (2025)
von: Reinhard, Andrew
Veröffentlicht: (2025)
Robust Gradient Descent via Heavy-Ball Momentum with Predictive Extrapolation
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
When SMILES have Language: Drug Classification using Text Classification Methods on Drug SMILES Strings
von: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Sequence-to-Image Transformation for Sequence Classification Using Rips Complex Construction and Chaos Game Representation
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Explicit Path CGR: Maintaining Sequence Fidelity in Geometric Representations
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
DPSR: Differentially Private Sparse Reconstruction via Multi-Stage Denoising for Recommender Systems
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2025)
Critical Windows of Complexity Control: When Transformers Decide to Reason or Memorize
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2026)
von: Ali, Sarwan
Veröffentlicht: (2026)
On the Convergence of the Sinkhorn-Knopp Algorithm with Sparse Cost Matrices
von: Mena, Jose Rafael Espinosa
Veröffentlicht: (2024)
von: Mena, Jose Rafael Espinosa
Veröffentlicht: (2024)
EvoStruct: Bridging Evolutionary and Structural Priors for Antibody CDR Design via Protein Language Model Adaptation
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Multi-Scale Reversible Chaos Game Representation: A Unified Framework for Sequence Classification
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Murmur2Vec: A Hashing Based Solution For Embedding Generation Of COVID-19 Spike Sequences
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
On Sinkhorn's Algorithm and Choice Modeling
von: Qu, Zhaonan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Qu, Zhaonan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Accelerated Sinkhorn Algorithms for Partial Optimal Transport
von: Truong, Nghia Thu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Truong, Nghia Thu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Importance Sparsification for Sinkhorn Algorithm
von: Li, Mengyu, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Li, Mengyu, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Accelerating Sinkhorn Algorithm with Sparse Newton Iterations
von: Tang, Xun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tang, Xun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Equivalence between the Fitness-Complexity and the Sinkhorn-Knopp algorithms
von: Mazzilli, Dario, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Mazzilli, Dario, et al.
Veröffentlicht: (2022)
A Sinkhorn-type Algorithm for Constrained Optimal Transport
von: Tang, Xun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tang, Xun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
An Effective Gram Matrix Characterizes Generalization in Deep Networks
von: Yang, Rubing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Rubing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
ConTact: Contact-First Antibody CDR Design via Explicit Interface Reasoning
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ahmed, Mansoor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Prototype-Guided Pseudo-Labeling with Neighborhood-Aware Consistency for Unsupervised Adaptation
von: Ali, Eman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ali, Eman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Noise-Tolerant Few-Shot Unsupervised Adapter for Vision-Language Models
von: Ali, Eman, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Ali, Eman, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Ähnliche Einträge
-
Position Specific Scoring Is All You Need? Revisiting Protein Sequence Classification Tasks
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
DANCE: Deep Learning-Assisted Analysis of Protein Sequences Using Chaos Enhanced Kaleidoscopic Images
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Neuromorphic Spiking Neural Network Based Classification of COVID-19 Spike Sequences
von: Murad, Taslim, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
MIK: Modified Isolation Kernel for Biological Sequence Visualization, Classification, and Clustering
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Expanding Chemical Representation with k-mers and Fragment-based Fingerprints for Molecular Fingerprinting
von: Ali, Sarwan, et al.
Veröffentlicht: (2024)