Learning to engineer protein flexibility
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Kouba, Petr, Planas-Iglesias, Joan, Damborsky, Jiri, Sedlar, Jiri, Mazurenko, Stanislav, Sivic, Josef |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2024
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
| Tags: |
Ajouter un tag
Pas de tags, Soyez le premier à ajouter un tag!
|
Documents similaires
Revealing data leakage in protein interaction benchmarks
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024)
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024)
Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2023)
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2023)
One protein is all you need
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024)
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024)
Directed Evolution of Proteins via Bayesian Optimization in Embedding Space
par: Soldát, Matouš, et autres
Publié: (2025)
par: Soldát, Matouš, et autres
Publié: (2025)
Multiscale differential geometry learning for protein flexibility analysis
par: Feng, Hongsong, et autres
Publié: (2024)
par: Feng, Hongsong, et autres
Publié: (2024)
Molecular simulations to investigate the impact of N6-methylation in RNA recognition: Improving accuracy and precision of binding free energy prediction
par: Piomponi, Valerio, et autres
Publié: (2024)
par: Piomponi, Valerio, et autres
Publié: (2024)
Diffusion and Spectroscopy of H$_2$ in Myoglobin
par: Käser, Jiri, et autres
Publié: (2024)
par: Käser, Jiri, et autres
Publié: (2024)
Sesame: Opening the door to protein pockets
par: Miñán, Raúl, et autres
Publié: (2025)
par: Miñán, Raúl, et autres
Publié: (2025)
Generalization Beyond Benchmarks: Evaluating Learnable Protein-Ligand Scoring Functions on Unseen Targets
par: Kopko, Jakub, et autres
Publié: (2025)
par: Kopko, Jakub, et autres
Publié: (2025)
Assessment of scoring functions for computational models of protein-protein interfaces
par: Sumner, Jacob, et autres
Publié: (2024)
par: Sumner, Jacob, et autres
Publié: (2024)
De novo design of protein binders targeting the human sweet taste receptor as potential sweet proteins
par: Ding, Saisai, et autres
Publié: (2026)
par: Ding, Saisai, et autres
Publié: (2026)
The standard coil or globule phases cannot describe the denatured state of structured proteins and intrinsically disordered proteins
par: Righini, F., et autres
Publié: (2025)
par: Righini, F., et autres
Publié: (2025)
The role of topology on protein thermal stability
par: Especial, João N. C., et autres
Publié: (2025)
par: Especial, João N. C., et autres
Publié: (2025)
Computational design of intrinsically disordered proteins
par: Tesei, Giulio, et autres
Publié: (2025)
par: Tesei, Giulio, et autres
Publié: (2025)
Compact Artificial Neural Network Models for Predicting Protein Residue -- RNA Base Binding
par: Selitskiy, Stanislav
Publié: (2025)
par: Selitskiy, Stanislav
Publié: (2025)
Predicting protein folding dynamics using sequence information
par: Galpern, Ezequiel A., et autres
Publié: (2025)
par: Galpern, Ezequiel A., et autres
Publié: (2025)
Integrative modelling of protein-glycan interactions with HADDOCK3
par: Reys, Victor, et autres
Publié: (2026)
par: Reys, Victor, et autres
Publié: (2026)
Controlled protein synthesis and spatial organisation in microfluidic environments
par: Gaizauskaite, Aukse, et autres
Publié: (2025)
par: Gaizauskaite, Aukse, et autres
Publié: (2025)
Aptamer-protein interaction prediction model based on transformer
par: Yan, Zhichao, et autres
Publié: (2025)
par: Yan, Zhichao, et autres
Publié: (2025)
Inferring protein folding mechanisms from natural sequence diversity
par: Galpern, Ezequiel A., et autres
Publié: (2024)
par: Galpern, Ezequiel A., et autres
Publié: (2024)
A universal phase-plane model for in vivo protein aggregation
par: Cotton, Matthew W., et autres
Publié: (2025)
par: Cotton, Matthew W., et autres
Publié: (2025)
From sequence to protein structure and conformational dynamics with AI/ML
par: Ille, Alexander M., et autres
Publié: (2025)
par: Ille, Alexander M., et autres
Publié: (2025)
Fold-switching proteins push the boundaries of conformational ensemble prediction
par: Lee, Myeongsang, et autres
Publié: (2026)
par: Lee, Myeongsang, et autres
Publié: (2026)
Physical principles of building protein megacomplexes in a crowded milieu
par: Wang, Jiayi, et autres
Publié: (2026)
par: Wang, Jiayi, et autres
Publié: (2026)
Persistent local Laplacian prediction of protein-ligand binding affinities
par: Liu, Jian, et autres
Publié: (2026)
par: Liu, Jian, et autres
Publié: (2026)
Towards deep learning sequence-structure co-generation for protein design
par: Wang, Chentong, et autres
Publié: (2024)
par: Wang, Chentong, et autres
Publié: (2024)
De novo design of high-affinity protein binders with AlphaProteo
par: Zambaldi, Vinicius, et autres
Publié: (2024)
par: Zambaldi, Vinicius, et autres
Publié: (2024)
Training a force field for proteins and small molecules from scratch
par: Blanco-González, Alexandre, et autres
Publié: (2026)
par: Blanco-González, Alexandre, et autres
Publié: (2026)
Disordered But Rhythmic: the role of intrinsic protein disorder in eukaryotic circadian timing
par: Usher, Emery T., et autres
Publié: (2025)
par: Usher, Emery T., et autres
Publié: (2025)
Computational modeling of RNA-protein binding interactions under an external force
par: Wampler, Danielle, et autres
Publié: (2026)
par: Wampler, Danielle, et autres
Publié: (2026)
Pro-PRIME: A general Temperature-Guided Language model to engineer enhanced Stability and Activity in Proteins
par: Jiang, Fan, et autres
Publié: (2023)
par: Jiang, Fan, et autres
Publié: (2023)
AlphaFold2 for protein structure prediction: Best practices and critical analyses
par: Radjasandirane, Ragousandirane, et autres
Publié: (2024)
par: Radjasandirane, Ragousandirane, et autres
Publié: (2024)
Frontiers in integrative structural biology: modeling disordered proteins and utilizing in situ data
par: Majila, Kartik, et autres
Publié: (2024)
par: Majila, Kartik, et autres
Publié: (2024)
Machine learning methods to study sequence-ensemble-function relationships in disordered proteins
par: von Bülow, Sören, et autres
Publié: (2024)
par: von Bülow, Sören, et autres
Publié: (2024)
ApexGen: Simultaneous design of peptide binder sequence and structure for target proteins
par: Xia, Xiaoqiong, et autres
Publié: (2025)
par: Xia, Xiaoqiong, et autres
Publié: (2025)
Out-of-equilibrium selection pressure enhances inference from protein sequence data
par: Dietler, Nicola, et autres
Publié: (2026)
par: Dietler, Nicola, et autres
Publié: (2026)
Evaluating and Scoring Ebolavirus Protein-protein Docking Models Using PIsToN
par: Shirali, Azam, et autres
Publié: (2025)
par: Shirali, Azam, et autres
Publié: (2025)
Applying computational protein design to therapeutic antibody discovery -- current state and perspectives
par: Bielska, Weronika, et autres
Publié: (2025)
par: Bielska, Weronika, et autres
Publié: (2025)
Learning residue level protein dynamics with multiscale Gaussians
par: Bafna, Mihir, et autres
Publié: (2025)
par: Bafna, Mihir, et autres
Publié: (2025)
In silico bioactivity prediction of proteins interacting with graphene-based nanomaterials guides rational design of biosensor
par: Ye, Jing, et autres
Publié: (2024)
par: Ye, Jing, et autres
Publié: (2024)
Documents similaires
-
Revealing data leakage in protein interaction benchmarks
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024) -
Learning to design protein-protein interactions with enhanced generalization
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2023) -
One protein is all you need
par: Bushuiev, Anton, et autres
Publié: (2024) -
Directed Evolution of Proteins via Bayesian Optimization in Embedding Space
par: Soldát, Matouš, et autres
Publié: (2025) -
Multiscale differential geometry learning for protein flexibility analysis
par: Feng, Hongsong, et autres
Publié: (2024)