Copertina

How Large is the Universe of RNA-Like Motifs? A Clustering Analysis of RNA Graph Motifs Using Topological Descriptors

Fuente: arXiv

Salvato in:

Dettagli Bibliografici
Autori principali:	Wang, Rui, Schlick, Tamar
Natura:	Preprint
Pubblicazione:	2025
Soggetti:	Biomolecules
Accesso online:	Acceder al recurso
Tags:	Aggiungi Tag Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!

Documenti analoghi

Fast and Versatile RNA Design via Motif-level Divide-and-Conquer and Structure-level Rival Search
di: Zhou, Tianshuo, et al.
Pubblicazione: (2026)

VARIANT: Web Server for Decoding and Analyzing Viral Mutations at Genome and Protein Levels
di: Wang, Rui, et al.
Pubblicazione: (2026)

MotifBench: A standardized protein design benchmark for motif-scaffolding problems
di: Zheng, Zhuoqi, et al.
Pubblicazione: (2025)

Advances in RNA secondary structure prediction and RNA modifications: Methods, data, and applications
di: Yang, Shu, et al.
Pubblicazione: (2025)

Genus Comparisons in the Topological Analysis of RNA Structures
di: Cangiotti, Nicolò, et al.
Pubblicazione: (2023)

Minimal Models for RNA Simulations
di: Thirumalai, D., et al.
Pubblicazione: (2024)

An RNA condensate model for the origin of life
di: Fine, Jacob L., et al.
Pubblicazione: (2024)

MoRSAIK: Sequence Motif Reactor Simulation, Analysis and Inference Kit in Python
di: Harth-Kitzerow, Johannes, et al.
Pubblicazione: (2025)

Machine learning for RNA-targeting drug design
di: Karroucha, Wissam, et al.
Pubblicazione: (2025)

A Principal Submanifold-based Approach for Clustering and Multiscale RNA Correction
di: Wu, Menghao, et al.
Pubblicazione: (2025)

DeepSilencer: A Novel Deep Learning Model for Predicting siRNA Knockdown Efficiency
di: Liao, Wangdan, et al.
Pubblicazione: (2025)

Sampling-based Continuous Optimization for Messenger RNA Design
di: Yue, Feipeng, et al.
Pubblicazione: (2026)

ProtScan: Modeling and Prediction of RNA-Protein Interactions
di: Corrado, Gianluca, et al.
Pubblicazione: (2024)

RiboPO: Preference Optimization for Structure- and Stability-Aware RNA Design
di: Sun, Minghao, et al.
Pubblicazione: (2025)

Algorithm for Optimized mRNA Design Improves Stability and Immunogenicity
di: Zhang, He, et al.
Pubblicazione: (2020)

A Comparative Review of RNA Language Models
di: Wang, He, et al.
Pubblicazione: (2025)

On an RNA-membrane protogenome
di: Yarus, Michael
Pubblicazione: (2025)

An Evaluation on the Role of Non-Coding RNA in HIV Transcription and Latency: A Review
di: Liu, Xiangshuai
Pubblicazione: (2025)

RNACG: A Universal RNA Sequence Conditional Generation model based on Flow-Matching
di: Gao, Letian, et al.
Pubblicazione: (2024)

Joint Design of 5' Untranslated Region and Coding Sequence of mRNA
di: Liu, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)

Computational modeling of RNA-protein binding interactions under an external force
di: Wampler, Danielle, et al.
Pubblicazione: (2026)

RiboFlow: Conditional De Novo RNA Co-Design via Synergistic Flow Matching
di: Ma, Runze, et al.
Pubblicazione: (2025)

BeeRNA: tertiary structure-based RNA inverse folding using Artificial Bee Colony
di: Mlaweh, Mehyar, et al.
Pubblicazione: (2025)

Undesignable RNA Structure Identification via Rival Structure Generation and Structure Decomposition
di: Zhou, Tianshuo, et al.
Pubblicazione: (2023)

Universal Cold RNA Phase Transitions
di: Rissone, Paolo, et al.
Pubblicazione: (2024)

SAE-RNA: A Sparse Autoencoder Model for Interpreting RNA Language Model Representations
di: Kim, Taehan, et al.
Pubblicazione: (2025)

MERGE-RNA: a physics-based model to predict RNA secondary structure ensembles with chemical probing
di: Sacco, Giuseppe, et al.
Pubblicazione: (2025)

GeoGraph: Geometric and Graph-based Ensemble Descriptors for Intrinsically Disordered Proteins
di: Quinn, Eoin, et al.
Pubblicazione: (2025)

An Efficient Algorithm for Exploring RNA Branching Conformations under the Nearest-Neighbor Thermodynamic Model
di: Poznanović, Svetlana, et al.
Pubblicazione: (2025)

RiboDiffusion: Tertiary Structure-based RNA Inverse Folding with Generative Diffusion Models
di: Huang, Han, et al.
Pubblicazione: (2024)

α-HMM: A Graphical Model for RNA Folding
di: Zhang, Sixiang, et al.
Pubblicazione: (2024)

RNA Dynamics from Experimental and Computational Approaches
di: Bussi, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2024)

Endhered patterns in matchings and RNA
di: Biane, Célia, et al.
Pubblicazione: (2024)

RNA-FrameFlow: Flow Matching for de novo 3D RNA Backbone Design
di: Anand, Rishabh, et al.
Pubblicazione: (2024)

mRNA Folding Algorithms for Structure and Codon Optimization
di: Ward, Max, et al.
Pubblicazione: (2025)

RNA Dynamics and Interactions Revealed through Atomistic Simulations
di: Languin-Cattoën, Olivier, et al.
Pubblicazione: (2025)

Rethinking Performance Measures of RNA Secondary Structure Problems
di: Runge, Frederic, et al.
Pubblicazione: (2023)

A Comprehensive Benchmark for RNA 3D Structure-Function Modeling
di: Wyss, Luis, et al.
Pubblicazione: (2025)

Constrained Shape Analysis with Applications to RNA Structure
di: Mardia, Kanti V., et al.
Pubblicazione: (2025)

Molecular simulations to investigate the impact of N6-methylation in RNA recognition: Improving accuracy and precision of binding free energy prediction
di: Piomponi, Valerio, et al.
Pubblicazione: (2024)