Controllable Protein Sequence Generation with LLM Preference Optimization
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Liu, Xiangyu, Liu, Yi, Chen, Silei, Hu, Wei |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2025
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
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