Buchumschlag

Group Ligands Docking to Protein Pockets

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Guan, Jiaqi, Li, Jiahan, Zhou, Xiangxin, Peng, Xingang, Wang, Sheng, Luo, Yunan, Peng, Jian, Ma, Jianzhu
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2025
Schlagworte:	Biomolecules Artificial Intelligence
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Pocket2Mol: Efficient Molecular Sampling Based on 3D Protein Pockets
von: Peng, Xingang, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Orientation-Aware Graph Neural Networks for Protein Structure Representation Learning
von: Li, Jiahan, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Hotspot-Driven Peptide Design via Multi-Fragment Autoregressive Extension
von: Li, Jiahan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Reprogramming Pretrained Target-Specific Diffusion Models for Dual-Target Drug Design
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Full-Atom Peptide Design based on Multi-modal Flow Matching
von: Li, Jiahan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Ligand-Conditioned Discrete Diffusion for Protein Sequence-Structure Co-Design
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)

FABind+: Enhancing Molecular Docking through Improved Pocket Prediction and Pose Generation
von: Gao, Kaiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

DecompDiff: Diffusion Models with Decomposed Priors for Structure-Based Drug Design
von: Guan, Jiaqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Integrating Protein Dynamics into Structure-Based Drug Design via Full-Atom Stochastic Flows
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ProteinBench: A Holistic Evaluation of Protein Foundation Models
von: Ye, Fei, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Designing Cyclic Peptides via Harmonic SDE with Atom-Bond Modeling
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

BioMiner: A Multi-modal System for Automated Mining of Protein-Ligand Bioactivity Data from Literature
von: Yan, Jiaxian, et al.
Veröffentlicht: (2026)

FABind: Fast and Accurate Protein-Ligand Binding
von: Pei, Qizhi, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Deep-Learning Based Docking Methods: Fair Comparisons to Conventional Docking Workflows
von: Jain, Ajay N., et al.
Veröffentlicht: (2024)

RAPID-Net: Accurate Pocket Identification for Binding-Site-Agnostic Docking
von: Balytskyi, Yaroslav, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AMix-1: A Pathway to Test-Time Scalable Protein Foundation Model
von: Lv, Changze, et al.
Veröffentlicht: (2025)

TEMPO: Temporal Multi-scale Autoregressive Generation of Protein Conformational Ensembles
von: Xu, Yaoyao, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AMix-2: Establishing Protein as a Native Modality in Large Language Models
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2026)

BioLM-Score: Language-Prior Conditioned Probabilistic Geometric Potentials for Protein-Ligand Scoring
von: Yang, Zhangfan, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ProtTeX: Structure-In-Context Reasoning and Editing of Proteins with Large Language Models
von: Ma, Zicheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AutoBinder Agent: An MCP-Based Agent for End-to-End Protein Binder Design
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Protein as a Second Language for LLMs
von: Chen, Xinhui, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Controlling Repetition in Protein Language Models
von: Zhang, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2026)

FlowDock: Geometric Flow Matching for Generative Protein-Ligand Docking and Affinity Prediction
von: Morehead, Alex, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ProtCLIP: Function-Informed Protein Multi-Modal Learning
von: Zhou, Hanjing, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Speak to a Protein: An Interactive Multimodal Co-Scientist for Protein Analysis
von: Navarro, Carles, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Atom-level Protein Representation Learning Improves Protein Structure Prediction
von: Kim, Taewon, et al.
Veröffentlicht: (2026)

EnzyPGM: Pocket-conditioned Generative Model for Substrate-specific Enzyme Design
von: Lin, Zefeng, et al.
Veröffentlicht: (2026)

A Survey of Deep Learning Methods in Protein Bioinformatics and its Impact on Protein Design
von: Dai, Weihang
Veröffentlicht: (2025)

BioBlobs: Unsupervised Discovery of Functional Substructures for Protein Function Prediction
von: Wang, Xin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Synthetic Protein-Ligand Complex Generation for Deep Molecular Docking
von: Khiari, Sofiene, et al.
Veröffentlicht: (2025)

One-step Structure Prediction and Screening for Protein-Ligand Complexes using Multi-Task Geometric Deep Learning
von: He, Kelei, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Are Protein Language Models Compute Optimal?
von: Serrano, Yaiza, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Prot2Chat: Protein LLM with Early-Fusion of Text, Sequence and Structure
von: Wang, Zhicong, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Bridge-IF: Learning Inverse Protein Folding with Markov Bridges
von: Zhu, Yiheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Group Symmetric Stochastic Differential Equation Model for Molecule Multi-modal Pretraining
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2023)

ProtFlow: Fast Protein Sequence Design via Flow Matching on Compressed Protein Language Model Embeddings
von: Kong, Zitai, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Non-Canonical Crosslinks Confound Evolutionary Protein Structure Models
von: Lacombe, Romain
Veröffentlicht: (2025)

Quantifying the Role of OpenFold Components in Protein Structure Prediction
von: Hayes, Tyler L., et al.
Veröffentlicht: (2025)

The Dance of Atoms-De Novo Protein Design with Diffusion Model
von: Qin, Yujie, et al.
Veröffentlicht: (2025)