GENERator: A Long-Context Generative Genomic Foundation Model
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Wu, Wei, Li, Qiuyi, Zhang, Yuanyuan, Zhan, Zhihao, Chen, Ruipu, Li, Mingyang, Fu, Kun, Qi, Junyan, Bao, Yongzhou, Wang, Chao, Zhu, Yiheng, Zhang, Zhiyun, Tang, Jian, Feng, Fuli, Ye, Jieping, Liu, Yuwen, Xiong, Hui, Wang, Zheng |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Beyond Conditional Computation: Retrieval-Augmented Genomic Foundation Models with Gengram
von: Xu, Huinan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Xu, Huinan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A genome-scale deep learning model to predict gene expression changes of genetic perturbations from multiplex biological networks
von: Zhan, Lingmin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhan, Lingmin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Genome-Factory: A Library for Tuning, Deploying, and Interpreting Genomic Foundation Models
von: Wu, Weimin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wu, Weimin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Poisoning the Genome: Targeted Backdoor Attacks on DNA Foundation Models
von: Koilakos, Charalampos, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Koilakos, Charalampos, et al.
Veröffentlicht: (2026)
PlantBiMoE: A Bidirectional Foundation Model with SparseMoE for Plant Genomes
von: Lin, Kepeng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lin, Kepeng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Cross-Species Antimicrobial Resistance Prediction from Genomic Foundation Models
von: Tai, Huilin
Veröffentlicht: (2026)
von: Tai, Huilin
Veröffentlicht: (2026)
GenBench: A Benchmarking Suite for Systematic Evaluation of Genomic Foundation Models
von: Liu, Zicheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Zicheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
DNAMotifTokenizer: Towards Biologically Informed Tokenization of Genomic Sequences
von: Zhou, Xiaoxiao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhou, Xiaoxiao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Genome‐wide identification of WOX family members in rose and functional analysis of RcWUS1 in embryogenic transformation
von: Xue Bai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xue Bai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
OmniGenBench: A Modular Platform for Reproducible Genomic Foundation Models Benchmarking
von: Yang, Heng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Heng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The Updated Genome Warehouse: Enhancing Data Value, Security, and Usability to Address Data Expansion
von: Ma, Yingke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ma, Yingke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Chromosome-level Assembly and Functional Genomic Resources for the Model Annelid Capitella teleta.
von: Davies, Billie E, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Davies, Billie E, et al.
Veröffentlicht: (2026)
OmniGenBench: Automating Large-scale in-silico Benchmarking for Genomic Foundation Models
von: Yang, Heng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yang, Heng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Genome‐wide association study and molecular marker development for resistance to soybean cyst nematode in soybean
von: Shuo Qu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Shuo Qu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MergeDNA: Context-aware Genome Modeling with Dynamic Tokenization through Token Merging
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Celler:A Genomic Language Model for Long-Tailed Single-Cell Annotation
von: Zhao, Huan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhao, Huan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
An AI-powered Knowledge Hub for Potato Functional Genomics
von: Yuxin, Jia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yuxin, Jia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The Mechanistic Invariance Test: Genomic Language Models Fail to Learn Positional Regulatory Logic
von: Cheng, Bryan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Cheng, Bryan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Range-Limited Heaps' Law for Functional DNA Words in the Human Genome
von: Li, Wentian, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Wentian, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Efficient and Scalable Fine-Tune of Language Models for Genome Understanding
von: Zhan, Huixin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhan, Huixin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Patterns and Processes of Genomic Evolution Inferred From the Ten Smallest Vertebrate Genomes.
von: Liu, Kaiqiang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Kaiqiang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Genome‐wide association study of carotenoids in maize kernel
von: Weiwei Chen, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Weiwei Chen, et al.
Veröffentlicht: (2024)
PathoLM: Identifying pathogenicity from the DNA sequence through the Genome Foundation Model
von: Dip, Sajib Acharjee, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Dip, Sajib Acharjee, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Multimodal 3D Genome Pre-training
von: Yang, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The High‐Quality Genome Sequencing and Analysis of Red Raspberry (Rubus idaeus L.)
von: Haopeng Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Haopeng Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The Mitochondrial Genome of Cathaya argyrophylla Reaches 18.99 Mb: Analysis of Super-Large Mitochondrial Genomes in Pinaceae
von: Huang, Kerui, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Huang, Kerui, et al.
Veröffentlicht: (2024)
OGU: A Toolbox for Better Utilising Organelle Genomic Data.
von: Wu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The Cathaya argyrophylla Genome Reveals the Evolutionary Trade-offs of a Living Fossil
von: Wang, Yun, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wang, Yun, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Genomic selection: Essence, applications, and prospects
von: Diana M. Escamilla, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Diana M. Escamilla, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Genome‐Wide Analyses of MADS‐Box Genes Reveal Their Involvement in Seed Development and Oil Accumulation of Tea‐Oil Tree (Camellia oleifera)
von: Xianzhi Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xianzhi Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Genome‐wide identification of quantitative trait nucleotides for plant architecture‐related traits in peanut
von: Juan Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Juan Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Gene42: Long-Range Genomic Foundation Model With Dense Attention
von: Vishniakov, Kirill, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Vishniakov, Kirill, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SPACE: Your Genomic Profile Predictor is a Powerful DNA Foundation Model
von: Yang, Zhao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Zhao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Genome‐wide association study reveals the genetic architecture of drought tolerance in maize using yield‐based resistance indices and transcriptomic evidence
von: Haoyang Li, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Haoyang Li, et al.
Veröffentlicht: (2026)
The Genomics Revolution in Nonmodel Species: Predictions vs. Reality for Salmonids.
von: May, Samuel A, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: May, Samuel A, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Comparative Genomics of Transisthmian Damselfishes (Abudefduf saxatilis and A. troschelii).
von: Tracy, Claire B, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Tracy, Claire B, et al.
Veröffentlicht: (2026)
JEPA-DNA: Grounding Genomic Foundation Models through Joint-Embedding Predictive Architectures
von: Larey, Ariel, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Larey, Ariel, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Omni-DNA: A Unified Genomic Foundation Model for Cross-Modal and Multi-Task Learning
von: Li, Zehui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Zehui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Entropy, Disagreement, and the Limits of Foundation Models in Genomics
von: Rochkoulets, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Rochkoulets, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Ähnliche Einträge
-
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Beyond Conditional Computation: Retrieval-Augmented Genomic Foundation Models with Gengram
von: Xu, Huinan, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
A genome-scale deep learning model to predict gene expression changes of genetic perturbations from multiplex biological networks
von: Zhan, Lingmin, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Genome-Factory: A Library for Tuning, Deploying, and Interpreting Genomic Foundation Models
von: Wu, Weimin, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Poisoning the Genome: Targeted Backdoor Attacks on DNA Foundation Models
von: Koilakos, Charalampos, et al.
Veröffentlicht: (2026)