Copertina

SE(3)-Equivariant Ternary Complex Prediction Towards Target Protein Degradation

Fuente: arXiv

Salvato in:

Dettagli Bibliografici
Autori principali:	Xue, Fanglei, Zhang, Meihan, Li, Shuqi, Gao, Xinyu, Wohlschlegel, James A., Huang, Wenbing, Yang, Yi, Deng, Weixian
Natura:	Preprint
Pubblicazione:	2025
Soggetti:	Biomolecules Artificial Intelligence Machine Learning
Accesso online:	Acceder al recurso
Tags:	Aggiungi Tag Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!

Documenti analoghi

Rigid Protein-Protein Docking via Equivariant Elliptic-Paraboloid Interface Prediction
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2024)

Generalist Equivariant Transformer Towards 3D Molecular Interaction Learning
di: Kong, Xiangzhe, et al.
Pubblicazione: (2023)

EquiPocket: an E(3)-Equivariant Geometric Graph Neural Network for Ligand Binding Site Prediction
di: Zhang, Yang, et al.
Pubblicazione: (2023)

Improving Protein Sequence Design through Designability Preference Optimization
di: Xue, Fanglei, et al.
Pubblicazione: (2025)

An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation
di: Zhang, Zhongyue, et al.
Pubblicazione: (2025)

HelixFold-Multimer: Elevating Protein Complex Structure Prediction to New Heights
di: Fang, Xiaomin, et al.
Pubblicazione: (2024)

ETDock: A Novel Equivariant Transformer for Protein-Ligand Docking
di: Yi, Yiqiang, et al.
Pubblicazione: (2023)

Full-Atom Peptide Design with Geometric Latent Diffusion
di: Kong, Xiangzhe, et al.
Pubblicazione: (2024)

PETIMOT: A Novel Framework for Inferring Protein Motions from Sparse Data Using SE(3)-Equivariant Graph Neural Networks
di: Lombard, Valentin, et al.
Pubblicazione: (2025)

Protein Evolution as a Complex System
di: Gall, Barnabas, et al.
Pubblicazione: (2024)

UniSim: A Unified Simulator for Time-Coarsened Dynamics of Biomolecules
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2025)

Protein-Nucleic Acid Complex Modeling with Frame Averaging Transformer
di: Huang, Tinglin, et al.
Pubblicazione: (2024)

E3STO: Orbital Inspired SE(3)-Equivariant Molecular Representation for Electron Density Prediction
di: Mitnikov, Ilan, et al.
Pubblicazione: (2024)

MAPE-PPI: Towards Effective and Efficient Protein-Protein Interaction Prediction via Microenvironment-Aware Protein Embedding
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)

Deep Learning for Protein Complex Prediction and Design
di: Xie, Ziwei
Pubblicazione: (2026)

Sequence-Augmented SE(3)-Flow Matching For Conditional Protein Backbone Generation
di: Huguet, Guillaume, et al.
Pubblicazione: (2024)

RosettaSearch: Multi-Objective Inference-Time Search for Protein Sequence Design
di: Kshirsagar, Meghana, et al.
Pubblicazione: (2026)

Toward the Explainability of Protein Language Models
di: Hunklinger, Andrea, et al.
Pubblicazione: (2025)

Protein Conformation Generation via Force-Guided SE(3) Diffusion Models
di: Wang, Yan, et al.
Pubblicazione: (2024)

A Protein Structure Prediction Approach Leveraging Transformer and CNN Integration
di: Zhou, Yanlin, et al.
Pubblicazione: (2024)

Pre-Training Protein Bi-level Representation Through Span Mask Strategy On 3D Protein Chains
di: Zhao, Jiale, et al.
Pubblicazione: (2024)

Synthetic Protein-Ligand Complex Generation for Deep Molecular Docking
di: Khiari, Sofiene, et al.
Pubblicazione: (2025)

Towards Interpretable Protein Structure Prediction with Sparse Autoencoders
di: Parsan, Nithin, et al.
Pubblicazione: (2025)

DiffBP: Generative Diffusion of 3D Molecules for Target Protein Binding
di: Lin, Haitao, et al.
Pubblicazione: (2022)

PLD-Tree: Persistent Laplacian Decision Tree for Protein-Protein Binding Free Energy Prediction
di: Xu, Xingjian, et al.
Pubblicazione: (2024)

Into the Unknown: From Structure to Disorder in Protein Function Prediction
di: Kolarić, Đesika, et al.
Pubblicazione: (2025)

ProtScan: Modeling and Prediction of RNA-Protein Interactions
di: Corrado, Gianluca, et al.
Pubblicazione: (2024)

ProteinWeaver: A Divide-and-Assembly Approach for Protein Backbone Design
di: Ma, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2024)

A Comprehensive Review of Protein Language Models
di: Wang, Lei, et al.
Pubblicazione: (2025)

PyMOLfold: Interactive Protein and Ligand Structure Prediction in PyMOL
di: Ford, Colby T., et al.
Pubblicazione: (2025)

DCI: An Accurate Quality Assessment Criteria for Protein Complex Structure Models
di: Wang, Wenda, et al.
Pubblicazione: (2024)

Pro-PRIME: A general Temperature-Guided Language model to engineer enhanced Stability and Activity in Proteins
di: Jiang, Fan, et al.
Pubblicazione: (2023)

DeepFRI Demystified: Interpretability vs. Accuracy in AI Protein Function Prediction
di: Krishna, Ananya, et al.
Pubblicazione: (2025)

SCOP: A Sequence-Structure Contrast-Aware Framework for Protein Function Prediction
di: Ma, Runze, et al.
Pubblicazione: (2024)

EquiJump: Protein Dynamics Simulation via SO(3)-Equivariant Stochastic Interpolants
di: Costa, Allan dos Santos, et al.
Pubblicazione: (2024)

DeepRLI: A Multi-objective Framework for Universal Protein--Ligand Interaction Prediction
di: Lin, Haoyu, et al.
Pubblicazione: (2024)

Hermes: Large DEL Datasets Train Generalizable Protein-Ligand Binding Prediction Models
di: Kleinsasser, Maxwell, et al.
Pubblicazione: (2026)

UniMoMo: Unified Generative Modeling of 3D Molecules for De Novo Binder Design
di: Kong, Xiangzhe, et al.
Pubblicazione: (2025)

Multi-Scale Representation Learning for Protein Fitness Prediction
di: Zhang, Zuobai, et al.
Pubblicazione: (2024)

SIU: A Million-Scale Structural Small Molecule-Protein Interaction Dataset for Unbiased Bioactivity Prediction
di: Huang, Yanwen, et al.
Pubblicazione: (2024)