Buchumschlag

The standard coil or globule phases cannot describe the denatured state of structured proteins and intrinsically disordered proteins

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Righini, F., Potel, G., Capelli, R., Tiana, G.
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2025
Schlagworte:	Biomolecules
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Computational design of intrinsically disordered proteins
von: Tesei, Giulio, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Predicting the binding of small molecules to proteins through invariant representation of the molecular structure
von: Beccaria, R., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Disordered But Rhythmic: the role of intrinsic protein disorder in eukaryotic circadian timing
von: Usher, Emery T., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Effective model of protein--mediated interactions in chromatin
von: Borando, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Sampling at intermediate temperatures is optimal for training large language models in protein structure prediction
von: Ghiringhelli, L., et al.
Veröffentlicht: (2026)

DisorderUnetLM: Validating ProteinUnet for efficient protein intrinsic disorder prediction
von: Kotowski, Krzysztof, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Frontiers in integrative structural biology: modeling disordered proteins and utilizing in situ data
von: Majila, Kartik, et al.
Veröffentlicht: (2024)

AlphaFold2 for protein structure prediction: Best practices and critical analyses
von: Radjasandirane, Ragousandirane, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Amino acid characteristics in protein native state structures
von: Škrbić, Tatjana, et al.
Veröffentlicht: (2023)

A universal phase-plane model for in vivo protein aggregation
von: Cotton, Matthew W., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Machine learning methods to study sequence-ensemble-function relationships in disordered proteins
von: von Bülow, Sören, et al.
Veröffentlicht: (2024)

From sequence to protein structure and conformational dynamics with AI/ML
von: Ille, Alexander M., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Diffusion of intrinsically disordered proteins within viscoelastic membraneless droplets
von: Watanabe, Fuga, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Assessment of scoring functions for computational models of protein-protein interfaces
von: Sumner, Jacob, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Towards deep learning sequence-structure co-generation for protein design
von: Wang, Chentong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Length-dependent residence time of contacts in simple polymeric models
von: Marchi, E., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Evaluating representation learning on the protein structure universe
von: Jamasb, Arian R., et al.
Veröffentlicht: (2024)

The role of topology on protein thermal stability
von: Especial, João N. C., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Applying computational protein design to therapeutic antibody discovery -- current state and perspectives
von: Bielska, Weronika, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Physical principles of building protein megacomplexes in a crowded milieu
von: Wang, Jiayi, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ApexGen: Simultaneous design of peptide binder sequence and structure for target proteins
von: Xia, Xiaoqiong, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Training a force field for proteins and small molecules from scratch
von: Blanco-González, Alexandre, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Learning to engineer protein flexibility
von: Kouba, Petr, et al.
Veröffentlicht: (2024)

MotifBench: A standardized protein design benchmark for motif-scaffolding problems
von: Zheng, Zhuoqi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

De novo design of protein binders targeting the human sweet taste receptor as potential sweet proteins
von: Ding, Saisai, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Proteins with alternative folds reveal blind spots in AlphaFold-based protein structure prediction
von: Chakravarty, Devlina, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Sequence-based protein-protein interaction prediction and its applications in drug discovery
von: Charih, François, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Unavailability of experimental 3D structural data on protein folding dynamics and necessity for a new generation of structure prediction methods in this context
von: Wells, Aydin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

TopoQA: a topological deep learning-based approach for protein complex structure interface quality assessment
von: Han, Bingqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ProCaliper: functional and structural analysis, visualization, and annotation of proteins
von: Rozum, Jordan C., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Variant effects on protein-protein interactions: methods, models and diseases
von: Larsen-Ledet, Sven, et al.
Veröffentlicht: (2025)

On fine-tuning Boltz-2 for protein-protein affinity prediction
von: King, James, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Predicting protein folding dynamics using sequence information
von: Galpern, Ezequiel A., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Controlled protein synthesis and spatial organisation in microfluidic environments
von: Gaizauskaite, Aukse, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Aptamer-protein interaction prediction model based on transformer
von: Yan, Zhichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Multiscale differential geometry learning for protein flexibility analysis
von: Feng, Hongsong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Integrative modelling of protein-glycan interactions with HADDOCK3
von: Reys, Victor, et al.
Veröffentlicht: (2026)

De novo design of high-affinity protein binders with AlphaProteo
von: Zambaldi, Vinicius, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Multiscale guidance of protein structure prediction with heterogeneous cryo-EM data
von: Raghu, Rishwanth, et al.
Veröffentlicht: (2025)

The effect of stereochemical constraints on the structural properties of folded proteins
von: Logan, Jack A., et al.
Veröffentlicht: (2025)