Biological Multi-Layer and Single Cell Network-Based Multiomics Models - a Review
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Barylli, Marcello, Saha, Joyaditya, Buffart, Tineke E., Koster, Jan, Lenos, Kristiaan J., Vermeulen, Louis, Sheraton, Vivek M. |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Mechanism of Quercetin in Inhibiting Triple-Negative Breast Cancer by Regulating T Cell-Related Targets: An Analysis Based on Single-Cell Sequencing and Network Pharmacology
von: Chen, Ruiqi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chen, Ruiqi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Discovering Motifs to Fingerprint Multi-Layer Networks: a Case Study on the Connectome of C. Elegans
von: Sharma, Deepak, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sharma, Deepak, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Graphery: Interactive Tutorials for Biological Network Algorithms
von: Zeng, Heyuan, et al.
Veröffentlicht: (2021)
von: Zeng, Heyuan, et al.
Veröffentlicht: (2021)
From Static to Dynamic: Exploring Temporal Networks in Systems Biology
von: Khazaal, Abir, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Khazaal, Abir, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Tensor Network based Gene Regulatory Network Inference for Single-Cell Transcriptomic Data
von: Larrarte, Olatz Sanz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Larrarte, Olatz Sanz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
GPU-accelerated Modeling of Biological Regulatory Networks
von: Reimer, Joyce, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Reimer, Joyce, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Central Dogma Cycle and Network: A Model for Cell Memory
von: Schiller, Martin R.
Veröffentlicht: (2025)
von: Schiller, Martin R.
Veröffentlicht: (2025)
Practical Causal Evaluation Metrics for Biological Networks
von: Sato, Noriaki, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sato, Noriaki, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Modeling Dynamics, Cell Type Specificity, and Perturbations in Gene Regulatory Networks
von: Shin, Junha, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Shin, Junha, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Biological insights from RIL-seq in bacteria
von: Silverman, Aviezer, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Silverman, Aviezer, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Evolving Diploid Boolean and Multi-Valued Gene Networks
von: Bull, Larry
Veröffentlicht: (2023)
von: Bull, Larry
Veröffentlicht: (2023)
Multi-Scale Hybrid Modeling to Predict Cell Culture Process with Metabolic Phase Transitions
von: Wang, Keqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Keqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Biological Pathway Informed Models with Graph Attention Networks (GATs)
von: Wong, Gavin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wong, Gavin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Latent Causal Diffusions for Single-Cell Perturbation Modeling
von: Lorch, Lars, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Lorch, Lars, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Graph Neural Network-Based Reinforcement Learning for Controlling Biological Networks - the GATTACA Framework
von: Mizera, Andrzej, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Mizera, Andrzej, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Biological Regulatory Network Inference through Circular Causal Structure Learning
von: Jiang, Hongyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jiang, Hongyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Trajectory Inference for Single Cell Omics
von: Hutton, Alexandre, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hutton, Alexandre, et al.
Veröffentlicht: (2025)
State- versus Reaction-Based Information Processing in Biochemical Networks
von: Moor, Anne-Lena, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Moor, Anne-Lena, et al.
Veröffentlicht: (2025)
WENDY: Covariance Dynamics Based Gene Regulatory Network Inference
von: Wang, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2024)
BioCode: A Data-Driven Procedure to Learn the Growth of Biological Networks
von: Sefer, Emre
Veröffentlicht: (2021)
von: Sefer, Emre
Veröffentlicht: (2021)
Contrastive Learning Enhances Language Model Based Cell Embeddings for Low-Sample Single Cell Transcriptomics
von: Zhang, Luxuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Luxuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Advancing Understanding of Long COVID Pathophysiology Through Quantum Walk-Based Network Analysis
von: Park, Jaesub, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Park, Jaesub, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Time-Varying Network Driver Estimation (TNDE) Quantifies Stage-Specific Regulatory Effects From Single-Cell Snapshots
von: Li, Jiaxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Jiaxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MiNAA-WebApp: A Web-Based Tool for the Visualization and Analysis of Microbiome Networks
von: Yang, Qiyao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Qiyao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Single-Cell Proteomic Technologies: Tools in the quest for principles
von: Slavov, Nikolai
Veröffentlicht: (2025)
von: Slavov, Nikolai
Veröffentlicht: (2025)
Modularity Emerges from Action-Functional Constraints in Marine Metabolic Networks: A Biology-Scale Validation of the Network-Weighted Action Principle
von: Frasch, Martin G.
Veröffentlicht: (2026)
von: Frasch, Martin G.
Veröffentlicht: (2026)
A Gene Ranking Framework Enhances the Design Efficiency of Genome-Scale Constraint-Based Metabolic Networks under Time Limits
von: Ma, Yier, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ma, Yier, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Symmetries of Living Systems: Symmetry Fibrations and Synchronization in Biological Networks
von: Makse, Hernan A., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Makse, Hernan A., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Doloris: Dual Conditional Diffusion Implicit Bridges with Sparsity Masking Strategy for Unpaired Single-Cell Perturbation Estimation
von: Chi, Changxi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chi, Changxi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Effective Kinetics of Chemical Reaction Networks
von: Suda, Tomoharu
Veröffentlicht: (2024)
von: Suda, Tomoharu
Veröffentlicht: (2024)
Weak Independence and Coupled Parallelism in Biological Petri Nets
von: Simao, Eugenio
Veröffentlicht: (2025)
von: Simao, Eugenio
Veröffentlicht: (2025)
Molecular Network Control Through Boolean Canalization
von: Murrugarra, David, et al.
Veröffentlicht: (2015)
von: Murrugarra, David, et al.
Veröffentlicht: (2015)
Optimal Inference of Asynchronous Boolean Network Models
von: Karlebach, Guy
Veröffentlicht: (2025)
von: Karlebach, Guy
Veröffentlicht: (2025)
Understanding Multistationarity of Fully Open Reaction Networks
von: Yao, Shenghao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yao, Shenghao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Determining the Equivalence of Small Zero-one Reaction Networks
von: Jiao, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jiao, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
TRENDY: Gene Regulatory Network Inference Enhanced by Transformer
von: Tian, Xueying, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tian, Xueying, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Quantifying the Total Effect of Edge Interventions in Discrete Multistate Networks
von: Murrugarra, David, et al.
Veröffentlicht: (2019)
von: Murrugarra, David, et al.
Veröffentlicht: (2019)
QWENDY: Gene Regulatory Network Inference by Quadruple Covariance Matrices
von: Wang, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Adjoint Sensitivity Analysis on Multi-Scale Bioprocess Stochastic Reaction Network
von: Choy, Keilung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Choy, Keilung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
New GO-based Measures and Their Statistical Significance in Multiple Network Alignment
von: Mousapour, Reza, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Mousapour, Reza, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Ähnliche Einträge
-
Mechanism of Quercetin in Inhibiting Triple-Negative Breast Cancer by Regulating T Cell-Related Targets: An Analysis Based on Single-Cell Sequencing and Network Pharmacology
von: Chen, Ruiqi, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Discovering Motifs to Fingerprint Multi-Layer Networks: a Case Study on the Connectome of C. Elegans
von: Sharma, Deepak, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Graphery: Interactive Tutorials for Biological Network Algorithms
von: Zeng, Heyuan, et al.
Veröffentlicht: (2021) -
From Static to Dynamic: Exploring Temporal Networks in Systems Biology
von: Khazaal, Abir, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Tensor Network based Gene Regulatory Network Inference for Single-Cell Transcriptomic Data
von: Larrarte, Olatz Sanz, et al.
Veröffentlicht: (2025)