Do LLMs Surpass Encoders for Biomedical NER?
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Obeidat, Motasem S, Nahian, Md Sultan Al, Kavuluru, Ramakanth |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Clinical Reading Comprehension with Encoder-Decoder Models Enhanced by Direct Preference Optimization
von: Nahian, Md Sultan Al, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nahian, Md Sultan Al, et al.
Veröffentlicht: (2024)
How Important is Domain Specificity in Language Models and Instruction Finetuning for Biomedical Relation Extraction?
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Relation Extraction with Instance-Adapted Predicate Descriptions
von: Jiang, Yuhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jiang, Yuhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Benchmark for End-to-End Zero-Shot Biomedical Relation Extraction with LLMs: Experiments with OpenAI Models
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Comparison of pipeline, sequence-to-sequence, and GPT models for end-to-end relation extraction: experiments with the rare disease use-case
von: Gupta, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Gupta, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Large Language Models for Drug Overdose Prediction from Longitudinal Medical Records
von: Nahian, Md Sultan Al, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Nahian, Md Sultan Al, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Knowledge-Driven Cross-Document Relation Extraction
von: Jain, Monika, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Jain, Monika, et al.
Veröffentlicht: (2024)
On-the-fly Definition Augmentation of LLMs for Biomedical NER
von: Munnangi, Monica, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Munnangi, Monica, et al.
Veröffentlicht: (2024)
What Do Biomedical NER and Entity Linking Benchmarks Measure? A Corpus-Centric Diagnostic Framework
von: Leaman, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Leaman, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Biomedical Nested NER with Large Language Model and UMLS Heuristics
von: Zhou, Wenxin
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhou, Wenxin
Veröffentlicht: (2024)
OpenMed NER: Open-Source, Domain-Adapted State-of-the-Art Transformers for Biomedical NER Across 12 Public Datasets
von: Panahi, Maziyar
Veröffentlicht: (2025)
von: Panahi, Maziyar
Veröffentlicht: (2025)
PrionNER: A Named Entity Recognition Dataset for Prion Disease Biomedical Literature
von: Dao, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Dao, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Semantic Similarity in Radiology Reports via LLMs and NER
von: Pearson, Beth, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Pearson, Beth, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Multi-Task Pre-Finetuning of Lightweight Transformer Encoders for Text Classification and NER
von: Zhu, Junyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhu, Junyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SLM-Mod: Small Language Models Surpass LLMs at Content Moderation
von: Zhan, Xianyang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhan, Xianyang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
GLiNER-BioMed: A Suite of Efficient Models for Open Biomedical Named Entity Recognition
von: Yazdani, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yazdani, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Beyond Retrieval: Ensembling Cross-Encoders and GPT Rerankers with LLMs for Biomedical QA
von: Verma, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Verma, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MasonTigers@LT-EDI-2024: An Ensemble Approach Towards Detecting Homophobia and Transphobia in Social Media Comments
von: Goswami, Dhiman, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Goswami, Dhiman, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Comparative Analysis of Encoder-Based NER and Large Language Models for Skill Extraction from Russian Job Vacancies
von: Matkin, Nikita, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Matkin, Nikita, et al.
Veröffentlicht: (2024)
HILGEN: Hierarchically-Informed Data Generation for Biomedical NER Using Knowledgebases and Large Language Models
von: Ge, Yao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ge, Yao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
NuNER: Entity Recognition Encoder Pre-training via LLM-Annotated Data
von: Bogdanov, Sergei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Bogdanov, Sergei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Augmenting NER Datasets with LLMs: Towards Automated and Refined Annotation
von: Naraki, Yuji, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Naraki, Yuji, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Mixture-of-Experts Can Surpass Dense LLMs Under Strictly Equal Resource
von: Li, Houyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Houyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MasonPerplexity at ClimateActivism 2024: Integrating Advanced Ensemble Techniques and Data Augmentation for Climate Activism Stance and Hate Event Identification
von: Emran, Al Nahian Bin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Emran, Al Nahian Bin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Improving Automatic Evaluation of Large Language Models (LLMs) in Biomedical Relation Extraction via LLMs-as-the-Judge
von: Laskar, Md Tahmid Rahman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Laskar, Md Tahmid Rahman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Supervised Fine-Tuning or In-Context Learning? Evaluating LLMs for Clinical NER
von: Baroian, Andrei
Veröffentlicht: (2025)
von: Baroian, Andrei
Veröffentlicht: (2025)
Contextual Breach: Assessing the Robustness of Transformer-based QA Models
von: Saadat, Asir, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Saadat, Asir, et al.
Veröffentlicht: (2024)
ClinicalEncoder26AM: A Multlilingual Diagnosable ColBERT Model; Evidences from the MultiClinNER Shared Task
von: Remy, François
Veröffentlicht: (2026)
von: Remy, François
Veröffentlicht: (2026)
The GELATO Dataset for Legislative NER
von: Flynn, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Flynn, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2026)
VerifiNER: Verification-augmented NER via Knowledge-grounded Reasoning with Large Language Models
von: Kim, Seoyeon, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kim, Seoyeon, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The Million-Label NER: Breaking Scale Barriers with GLiNER bi-encoder
von: Stepanov, Ihor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Stepanov, Ihor, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Streamlining Biomedical Research with Specialized LLMs
von: Chen, Linqing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chen, Linqing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
WikiNER-fr-gold: A Gold-Standard NER Corpus
von: Cao, Danrun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Cao, Danrun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MasonTigers at SemEval-2024 Task 1: An Ensemble Approach for Semantic Textual Relatedness
von: Goswami, Dhiman, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Goswami, Dhiman, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MasonTigers at SemEval-2024 Task 9: Solving Puzzles with an Ensemble of Chain-of-Thoughts
von: Raihan, Md Nishat, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Raihan, Md Nishat, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MasonPerplexity at Multimodal Hate Speech Event Detection 2024: Hate Speech and Target Detection Using Transformer Ensembles
von: Ganguly, Amrita, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ganguly, Amrita, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MasonTigers at SemEval-2024 Task 8: Performance Analysis of Transformer-based Models on Machine-Generated Text Detection
von: Puspo, Sadiya Sayara Chowdhury, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Puspo, Sadiya Sayara Chowdhury, et al.
Veröffentlicht: (2024)
2M-NER: Contrastive Learning for Multilingual and Multimodal NER with Language and Modal Fusion
von: Wang, Dongsheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Dongsheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Just Pass Twice: Efficient Token Classification with LLMs for Zero-Shot NER
von: Ewais, Ahmed, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ewais, Ahmed, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Enhancing Biomedical Named Entity Recognition using GLiNER-BioMed with Targeted Dictionary-Based Post-processing for BioASQ 2025 task 6
von: Mehta, Ritesh
Veröffentlicht: (2025)
von: Mehta, Ritesh
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
Clinical Reading Comprehension with Encoder-Decoder Models Enhanced by Direct Preference Optimization
von: Nahian, Md Sultan Al, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
How Important is Domain Specificity in Language Models and Instruction Finetuning for Biomedical Relation Extraction?
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Relation Extraction with Instance-Adapted Predicate Descriptions
von: Jiang, Yuhang, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
A Benchmark for End-to-End Zero-Shot Biomedical Relation Extraction with LLMs: Experiments with OpenAI Models
von: Brokman, Aviv, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Comparison of pipeline, sequence-to-sequence, and GPT models for end-to-end relation extraction: experiments with the rare disease use-case
von: Gupta, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2023)