TransST: Transfer Learning Embedded Spatial Factor Modeling of Spatial Transcriptomics Data
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Liu, Shuo Shuo, Wang, Shikun, Chen, Yuxuan, Rustgi, Anil K., Yuan, Ming, Hu, Jianhua |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Scalable Amortized GPLVMs for Single Cell Transcriptomics Data
von: Zhao, Sarah, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhao, Sarah, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Effect Size-Driven Pathway Meta-Analysis for Gene Expression Data
von: Villatoro-García, Juan Antonio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Villatoro-García, Juan Antonio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Causal Discovery on Dependent Mixed Data with Applications to Gene Regulatory Network Inference
von: Chen, Alex, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Chen, Alex, et al.
Veröffentlicht: (2026)
SemanticST: Spatially Informed Semantic Graph Learning for Clustering, Integration, and Scalable Analysis of Spatial Transcriptomics
von: Zahedi, Roxana, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zahedi, Roxana, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Incorporating LLM Embeddings for Variation Across the Human Genome
von: Niu, Hongqian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Niu, Hongqian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Large-Scale Benchmark of Cross-Modal Learning for Histology and Gene Expression in Spatial Transcriptomics
von: Gindra, Rushin H., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gindra, Rushin H., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Tutorial on survival modeling with applications to omics data
von: Zhao, Zhi, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Zhao, Zhi, et al.
Veröffentlicht: (2023)
MitoFREQ: A Novel Approach for Mitogenome Frequency Estimation from Top-level Haplogroups and Single Nucleotide Variants
von: Andersen, Mikkel Meyer, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Andersen, Mikkel Meyer, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Shotgun DNA sequencing for human identification: Dynamic SNP selection and likelihood ratio calculations accounting for errors
von: Andersen, Mikkel Meyer, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Andersen, Mikkel Meyer, et al.
Veröffentlicht: (2024)
BioKlustering: a web app for semi-supervised learning of maximally imbalanced genomic data
von: Ozminkowski, Samuel, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Ozminkowski, Samuel, et al.
Veröffentlicht: (2022)
ST-Align: A Multimodal Foundation Model for Image-Gene Alignment in Spatial Transcriptomics
von: Lin, Yuxiang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Lin, Yuxiang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Second-order group knockoffs with applications to GWAS
von: Chu, Benjamin B, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Chu, Benjamin B, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Controlled Variable Selection from Summary Statistics Only? A Solution via GhostKnockoffs and Penalized Regression
von: Chen, Zhaomeng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chen, Zhaomeng, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The Multivariate SEM-PGS Model: Using Polygenic Scores to Investigate Cross-Trait Genetic Nurture and Assortative Mating
von: Lyu, Xuanyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lyu, Xuanyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Detecting and Correcting Sample-by-Sample Scale Distortion in RNA Sequencing Data
von: Thron, Christopher, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Thron, Christopher, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Uncovering smooth structures in single-cell data with PCS-guided neighbor embeddings
von: Ma, Rong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ma, Rong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CoMMiT: Co-informed inference of microbiome-metabolome interactions via transfer learning
von: Li, Leiyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Leiyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Controlling the joint local false discovery rate is more powerful than meta-analysis methods in joint analysis of summary statistics from multiple genome-wide association studies
von: Jiang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2016)
von: Jiang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2016)
Estimating Reproducibility in Genome-Wide Association Studies
von: Jiang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2015)
von: Jiang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2015)
Nullstrap-DE: A General Framework for Calibrating FDR and Preserving Power in DE Methods, with Applications to DESeq2 and edgeR
von: Jiang, Chenxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jiang, Chenxin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Robust Genomic Prediction and Heritability Estimation using Density Power Divergence
von: Chowdhury, Upama Paul, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chowdhury, Upama Paul, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Statistical Framework for Co-Mediators of Zero-Inflated Single-Cell RNA-Seq Data
von: Ahn, Seungjun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ahn, Seungjun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Single Cells Are Spatial Tokens: Transformers for Spatial Transcriptomic Data Imputation
von: Wen, Hongzhi, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Wen, Hongzhi, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Mixed Models with Multiple Instance Learning
von: Engelmann, Jan P., et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Engelmann, Jan P., et al.
Veröffentlicht: (2023)
QuST-LLM: Integrating Large Language Models for Comprehensive Spatial Transcriptomics Analysis
von: Huang, Chao Hui
Veröffentlicht: (2024)
von: Huang, Chao Hui
Veröffentlicht: (2024)
Longitudinal prediction of DNA methylation to forecast epigenetic outcomes
von: Leroy, Arthur, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Leroy, Arthur, et al.
Veröffentlicht: (2023)
HR-VILAGE-3K3M: A Human Respiratory Viral Immunization Longitudinal Gene Expression Dataset for Systems Immunity
von: Sun, Xuejun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sun, Xuejun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Predicting loss-of-function impact of genetic mutations: a machine learning approach
von: Kaur, Arshmeet, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kaur, Arshmeet, et al.
Veröffentlicht: (2024)
GRAMEP: an alignment-free method based on the Maximum Entropy Principle for identifying SNPs
von: Pimenta-Zanon, Matheus Henrique, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Pimenta-Zanon, Matheus Henrique, et al.
Veröffentlicht: (2024)
VAE-MS: An Asymmetric Variational Autoencoder for Mutational Signature Extraction
von: Egendal, Ida, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Egendal, Ida, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Machine learning applied to omics data
von: Calviño, Aida, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Calviño, Aida, et al.
Veröffentlicht: (2024)
GATES: Graph Attention Network with Global Expression Fusion for Deciphering Spatial Transcriptome Architectures
von: Xiao, Xiongtao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xiao, Xiongtao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Benchmarking Dimensionality Reduction Techniques for Spatial Transcriptomics
von: Mahmud, Md Ishtyaq, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Mahmud, Md Ishtyaq, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Hypergraph Representations of scRNA-seq Data for Improved Clustering with Random Walks
von: He, Wan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: He, Wan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
von: Madhu, Hiren, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Madhu, Hiren, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Optimizing Prognostic Biomarker Discovery in Pancreatic Cancer Through Hybrid Ensemble Feature Selection and Multi-Omics Data
von: Zobolas, John, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zobolas, John, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Deep Learning in Single-Cell and Spatial Transcriptomics Data Analysis: Advances and Challenges from a Data Science Perspective
von: Ge, Shuang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ge, Shuang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Bayesian Cox model with graph-structured variable selection priors for multi-omics biomarker identification
von: Hermansen, Tobias Østmo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hermansen, Tobias Østmo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Detecting gene-environment interactions to guide personalized intervention: boosting distributional regression for polygenic scores
von: Wu, Qiong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wu, Qiong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Selecting ChIP-seq Normalization Methods from the Perspective of their Technical Conditions
von: Colando, Sara, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Colando, Sara, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
Scalable Amortized GPLVMs for Single Cell Transcriptomics Data
von: Zhao, Sarah, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Effect Size-Driven Pathway Meta-Analysis for Gene Expression Data
von: Villatoro-García, Juan Antonio, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Causal Discovery on Dependent Mixed Data with Applications to Gene Regulatory Network Inference
von: Chen, Alex, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
SemanticST: Spatially Informed Semantic Graph Learning for Clustering, Integration, and Scalable Analysis of Spatial Transcriptomics
von: Zahedi, Roxana, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Incorporating LLM Embeddings for Variation Across the Human Genome
von: Niu, Hongqian, et al.
Veröffentlicht: (2025)