Multi-modal single-cell foundation models via dynamic token adaptation
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Zhao, Wenmin, Solaguren-Beascoa, Ana, Neilson, Grant, Muhammed, Louwai, Laaniste, Liisi, Cakiroglu, Sera Aylin |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Parameter-free representations outperform single-cell foundation models on downstream benchmarks
di: Souza, Huan, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Souza, Huan, et al.
Pubblicazione: (2026)
CASPER: Cross-modal Alignment of Spatial and single-cell Profiles for Expression Recovery
di: Kumar, Amit, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kumar, Amit, et al.
Pubblicazione: (2025)
GPU-accelerated single-cell analysis at scale with rapids-singlecell
di: Dicks, Severin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Dicks, Severin, et al.
Pubblicazione: (2026)
Comparison of algorithms used in single-cell transcriptomic data analysis
di: Isbarov, Jafar, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Isbarov, Jafar, et al.
Pubblicazione: (2024)
CAVACHON: a hierarchical variational autoencoder to integrate multi-modal single-cell data
di: Hsieh, Ping-Han, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Hsieh, Ping-Han, et al.
Pubblicazione: (2024)
ShortCake: An integrated platform for efficient and reproducible single-cell analysis
di: Nakato, Ryuichiro, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Nakato, Ryuichiro, et al.
Pubblicazione: (2025)
Sparse autoencoders reveal organized biological knowledge but minimal regulatory logic in single-cell foundation models: a comparative atlas of Geneformer and scGPT
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
Categorization and analysis of 14 computational methods for estimating cell potency from single-cell RNA-seq data
di: Wang, Qingyang, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Wang, Qingyang, et al.
Pubblicazione: (2023)
A versatile informative diffusion model for single-cell ATAC-seq data generation and analysis
di: Huang, Lei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Huang, Lei, et al.
Pubblicazione: (2024)
BMFM-RNA: whole-cell expression decoding improves transcriptomic foundation models
di: Danziger, Michael M., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Danziger, Michael M., et al.
Pubblicazione: (2025)
A Bayesian approach to model uncertainty in single-cell genomic data
di: Ren, Shanshan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ren, Shanshan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data
di: Chen, Xiran, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Xiran, et al.
Pubblicazione: (2024)
Fast, memory-efficient genomic interval tokenizers for modern machine learning
di: LeRoy, Nathan J., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: LeRoy, Nathan J., et al.
Pubblicazione: (2025)
Long-range gene expression prediction with token alignment of large language model
di: Honig, Edouardo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Honig, Edouardo, et al.
Pubblicazione: (2024)
Interpretable deep learning in single-cell omics
di: Wagle, Manoj M, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wagle, Manoj M, et al.
Pubblicazione: (2024)
Supplementary information for "Factors influencing the accuracy and precision in dating single gene trees"
di: Louvel, Guillaume, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Louvel, Guillaume, et al.
Pubblicazione: (2024)
ESCALA DE ACTITUDES DE LOS ESTUDIANTES UNIVERSITARIOS HACIA LAS TUTORÍAS ACADÉMICAS
di: Manuel Solaguren-Beascoa Fernández
Pubblicazione: (2016)
di: Manuel Solaguren-Beascoa Fernández
Pubblicazione: (2016)
Partial domain adaptation enables cross domain cell type annotation between scRNA-seq and snRNA-seq
di: Chen, Xiran, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Chen, Xiran, et al.
Pubblicazione: (2025)
BMFM-DNA: A SNP-aware DNA foundation model to capture variant effects
di: Li, Hongyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Hongyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Online t-SNE for single-cell RNA-seq
di: Ma, Hui, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ma, Hui, et al.
Pubblicazione: (2024)
Approaches for benchmarking single-cell gene regulatory network inference methods
di: Uzun, Yasin
Pubblicazione: (2023)
di: Uzun, Yasin
Pubblicazione: (2023)
Deciphering regulatory architectures from synthetic single-cell expression patterns
di: Pan, Rosalind Wenshan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Pan, Rosalind Wenshan, et al.
Pubblicazione: (2024)
White-Box Diffusion Transformer for single-cell RNA-seq generation
di: Cui, Zhuorui, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Cui, Zhuorui, et al.
Pubblicazione: (2024)
Beyond digital twins: the role of foundation models in enhancing the interpretability of multiomics modalities in precision medicine.
di: Alsaedi, Sakhaa, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Alsaedi, Sakhaa, et al.
Pubblicazione: (2025)
JojoSCL: Shrinkage Contrastive Learning for single-cell RNA sequence Clustering
di: Wang, Ziwen
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Ziwen
Pubblicazione: (2025)
Are gene-by-environment interactions leveraged in multi-modality neural networks for breast cancer prediction?
di: Isgut, Monica, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Isgut, Monica, et al.
Pubblicazione: (2024)
Genomic signatures of speciation and adaptation in the ctenophore Mnemiopsis.
di: Ketchum, Remi N, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Ketchum, Remi N, et al.
Pubblicazione: (2026)
ScAtt: an Attention based architecture to analyze Alzheimer's disease at cell type level from single-cell RNA-sequencing data
di: Liu, Xiaoxia, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Xiaoxia, et al.
Pubblicazione: (2024)
PRAGA: Prototype-aware Graph Adaptive Aggregation for Spatial Multi-modal Omics Analysis
di: Huang, Xinlei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Huang, Xinlei, et al.
Pubblicazione: (2024)
SAGE-FM: A lightweight and interpretable spatial transcriptomics foundation model
di: Zhan, Xianghao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhan, Xianghao, et al.
Pubblicazione: (2026)
Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction
di: Chen, Yanshuo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Yanshuo, et al.
Pubblicazione: (2024)
scRDiT: Generating single-cell RNA-seq data by diffusion transformers and accelerating sampling
di: Dong, Shengze, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Dong, Shengze, et al.
Pubblicazione: (2024)
Machine Learning for analysis of Multiple Sclerosis cross-tissue bulk and single-cell transcriptomics data
di: Massafra, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Massafra, Francesco, et al.
Pubblicazione: (2026)
scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model
di: Luo, Erpai, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Luo, Erpai, et al.
Pubblicazione: (2024)
The amphipod genome reveals population dynamics and adaptations to hadal environment.
di: Zhang, Haibin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Haibin, et al.
Pubblicazione: (2025)
Seed protein electrophoresis in plant genetics: Commemorating the pioneering contributions of Prof. Chittaranjan Kole and team to the foundation of plant proteomics
di: Sarita Pandey, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sarita Pandey, et al.
Pubblicazione: (2025)
Uncovering smooth structures in single-cell data with PCS-guided neighbor embeddings
di: Ma, Rong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ma, Rong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Y-Trim: Evidence-gated Adaptase tail trimming for single-stranded bisulfite sequencing
di: Fang, Yihan
Pubblicazione: (2026)
di: Fang, Yihan
Pubblicazione: (2026)
Systematic evaluation of the isolated effect of tissue environment on the transcriptome using a single-cell RNA-seq atlas dataset
di: Okada, Daigo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Okada, Daigo, et al.
Pubblicazione: (2024)
A genomic dominion with regulatory dependencies on human-specific single-nucleotide changes in Modern Humans
di: Glinsky, Gennadi V.
Pubblicazione: (2019)
di: Glinsky, Gennadi V.
Pubblicazione: (2019)
Documenti analoghi
-
Parameter-free representations outperform single-cell foundation models on downstream benchmarks
di: Souza, Huan, et al.
Pubblicazione: (2026) -
CASPER: Cross-modal Alignment of Spatial and single-cell Profiles for Expression Recovery
di: Kumar, Amit, et al.
Pubblicazione: (2025) -
GPU-accelerated single-cell analysis at scale with rapids-singlecell
di: Dicks, Severin, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Comparison of algorithms used in single-cell transcriptomic data analysis
di: Isbarov, Jafar, et al.
Pubblicazione: (2024) -
CAVACHON: a hierarchical variational autoencoder to integrate multi-modal single-cell data
di: Hsieh, Ping-Han, et al.
Pubblicazione: (2024)