SBMLtoOdin and Menelmacar: Interactive visualisation of systems biology models for expert and non-expert audiences
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Lorenz, Leonie J., Andréoletti, Antoine, Nguyen, Tung V. N., Hermjakob, Henning, FitzJohn, Richard G., Sheriff, Rahuman S. Malik, Lees, John A. |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
The Potential of Digital Twins for Pediatric Rare Diseases
von: Rahuman S. Malik‐Sheriff, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Rahuman S. Malik‐Sheriff, et al.
Veröffentlicht: (2026)
An AI system to help scientists write expert-level empirical software
von: Aygün, Eser, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Aygün, Eser, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MetaQuestion: A web application for expert knowledge elicitation addressing plant health and applied plant ecology
von: Fontan, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Fontan, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Forecasting and predicting stochastic agent-based model data with biologically-informed neural networks
von: Nardini, John T.
Veröffentlicht: (2023)
von: Nardini, John T.
Veröffentlicht: (2023)
OmicsQ: A User-Friendly Platform for Interactive Quantitative Omics Data Analysis
von: Trinh, Xuan-Tung, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Trinh, Xuan-Tung, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Stochastic thermodynamics for biological functions
von: Yuansheng Cao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yuansheng Cao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Interactively visualizing biological multilayer networks using MiRA
von: Nehoray, Shir Miryam, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Nehoray, Shir Miryam, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Abstract relational structures in models of biology
von: Diaz, Léo, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Diaz, Léo, et al.
Veröffentlicht: (2026)
LICO: Large Language Models for In-Context Molecular Optimization
von: Nguyen, Tung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nguyen, Tung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Data-driven discovery of dynamical models in biology
von: Prokop, Bartosz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Prokop, Bartosz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Quantitative assessment of biological dynamics with aggregate data
von: McCoy, Stephen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: McCoy, Stephen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Perspectives on benchmarking foundation models for network biology
von: Christina V. Theodoris
Veröffentlicht: (2024)
von: Christina V. Theodoris
Veröffentlicht: (2024)
Reproducibility and scientific interpretation in the age of AI: consilience in biological systematics, ecology, and molecular biology
von: Santos, Charles Morphy D., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Santos, Charles Morphy D., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Hierarchical Machine Learning Classification of Parkinsonian Disorders using Saccadic Eye Movements: A Development and Validation Study
von: Patel, Salil B, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Patel, Salil B, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Strategic priorities for transformative progress in advancing biology with proteomics and artificial intelligence
von: Sun, Yingying, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sun, Yingying, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Towards mathematical spaces for biological processes
von: Tozzi, Arturo
Veröffentlicht: (2026)
von: Tozzi, Arturo
Veröffentlicht: (2026)
PRAXIS: Case-distilled and code-verified AI agents for biological research
von: Ma, Zhenyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ma, Zhenyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Increasing certainty in systems biology models using Bayesian multimodel inference
von: Linden-Santangeli, Nathaniel, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Linden-Santangeli, Nathaniel, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Methods for quantifying self-organization in biology: a forward-looking survey and tutorial
von: Volkening, Alexandria
Veröffentlicht: (2024)
von: Volkening, Alexandria
Veröffentlicht: (2024)
Computational modelling of biological systems now and then: revisiting tools and visions from the beginning of the century
von: Loewe, Axel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Loewe, Axel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Network nestedness in primates: a structural constraint or a biological advantage of social complexity?
von: Herbrich, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Herbrich, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Practical indistinguishability in a gene regulatory network inference problem, a case study
von: FitzGerald, Cody E., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: FitzGerald, Cody E., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Design principles of multi-map variation in biological systems
von: Poyatos, Juan F
Veröffentlicht: (2023)
von: Poyatos, Juan F
Veröffentlicht: (2023)
smFISH_batchRun: A smFISH image processing tool for single-molecule RNA Detection and 3D reconstruction
von: John, Nimmy S., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: John, Nimmy S., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Dynamical network stability analysis of multiple biological ages provides a framework for understanding the aging process
von: Pridham, Glen, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Pridham, Glen, et al.
Veröffentlicht: (2023)
EMERALD-UI: An interactive web application to unveil novel protein biology hidden in the suboptimal-alignment space
von: Preoteasa, Andrei, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Preoteasa, Andrei, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A path towards AI-scale, interoperable biological data
von: Aevermann, Brian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Aevermann, Brian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Parenting as contested practice between experts, audiences, and selves: An introduction
von: Heike Drotbohm, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Heike Drotbohm, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Constructing efficient bacterial cell factories to enable one‐carbon utilization based on quantitative biology: A review
von: Yazhen Song, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yazhen Song, et al.
Veröffentlicht: (2024)
An Interactive Platform for Unified Assessment of Drug-Drug Interactions Using Descriptive and Pharmacokinetic Data
von: Diadkina, Nadezhda
Veröffentlicht: (2025)
von: Diadkina, Nadezhda
Veröffentlicht: (2025)
LINKER: Learning Interactions Between Functional Groups and Residues With Chemical Knowledge-Enhanced Reasoning and Explainability
von: Pham, Phuc, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Pham, Phuc, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Boundary effects in biological planar networks: pentagonsdominate Pyropia marginal cells
von: Xu, Kai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xu, Kai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Robustness and resilience of dynamical networks in biology and epidemiology
von: Proverbio, Daniele, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Proverbio, Daniele, et al.
Veröffentlicht: (2025)
BioVeil MATRIX: Uncovering and categorizing vulnerabilities of agentic biological AI scientists
von: Provatas, Kimon Antonios, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Provatas, Kimon Antonios, et al.
Veröffentlicht: (2026)
CIBRA identifies genomic alterations with a system-wide impact on tumor biology
von: Lakbir, Soufyan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Lakbir, Soufyan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Toward a general theory for the universality and scaling in critical thermal responses in biology
von: Arroyo, Jose Ignacio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Arroyo, Jose Ignacio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Spatial confinement and boundary constraints governing biological chirality: a simulation study
von: Tozzi, Arturo
Veröffentlicht: (2026)
von: Tozzi, Arturo
Veröffentlicht: (2026)
The temperature affects the impact levels of synthetic insecticides on a parasitoid wasp used in the biological control of pentatomid pests in soybean crops
von: Rakes, Matheus, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Rakes, Matheus, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Modeling and Optimization of Insulin Injection for Type-1 Diabetes Mellitus Management
von: Jadsadaphongphaibool, Rinrada, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jadsadaphongphaibool, Rinrada, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Multi‐omic data integration and exploiting metabolic models using systems biology approach increase precision in subtyping and early diagnosis of cancer
von: Ezgi Tanıl, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ezgi Tanıl, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
The Potential of Digital Twins for Pediatric Rare Diseases
von: Rahuman S. Malik‐Sheriff, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
An AI system to help scientists write expert-level empirical software
von: Aygün, Eser, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
MetaQuestion: A web application for expert knowledge elicitation addressing plant health and applied plant ecology
von: Fontan, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Forecasting and predicting stochastic agent-based model data with biologically-informed neural networks
von: Nardini, John T.
Veröffentlicht: (2023) -
OmicsQ: A User-Friendly Platform for Interactive Quantitative Omics Data Analysis
von: Trinh, Xuan-Tung, et al.
Veröffentlicht: (2025)