Performing all-atom molecular dynamics simulations of intrinsically disordered proteins with replica exchange solute tempering
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Koneru, Jaya Krishna, Reid, Korey M., Robustelli, Paul |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Enhanced premelting at the ice-rubber interface using all-atom molecular dynamics simulation
di: Kojima, Takumi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kojima, Takumi, et al.
Pubblicazione: (2025)
Best practices for nonadiabatic molecular dynamics simulations
di: Prlj, Antonio, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Prlj, Antonio, et al.
Pubblicazione: (2025)
Controlling molecular dynamics by exciting atoms in a cavity
di: Csehi, András, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Csehi, András, et al.
Pubblicazione: (2024)
Simulating metal complex formation and dynamics in aqueous solutions: Insights into stability, mechanism, and rates of ligand exchange
di: Sagresti, Luca, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sagresti, Luca, et al.
Pubblicazione: (2025)
Non-Hermitian molecular dynamics simulations of exciton-polaritons in lossy cavities
di: Sokolovskii, Ilia, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Sokolovskii, Ilia, et al.
Pubblicazione: (2023)
Wannier function localisation using Bloch intrinsic atomic orbitals
di: Zhu, Andrew, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhu, Andrew, et al.
Pubblicazione: (2024)
Machine-learned molecular mechanics force field for the simulation of protein-ligand systems and beyond
di: Takaba, Kenichiro, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Takaba, Kenichiro, et al.
Pubblicazione: (2023)
Thermal conductivities of monolayer graphene oxide from machine learning molecular dynamics simulations
di: Zhang, Bohan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Bohan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Unsupervised learning of representative local atomic arrangements in molecular dynamics data
di: Roncoroni, Fabrice, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Roncoroni, Fabrice, et al.
Pubblicazione: (2023)
Extrapolating molecular dynamics simulations to zero time step and across thermodynamic space
di: Coshic, Kush, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Coshic, Kush, et al.
Pubblicazione: (2026)
Two-dimensional electronic spectroscopy in the condensed phase using equivariant transformer accelerated molecular dynamics simulations
di: Kelly, Joseph, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kelly, Joseph, et al.
Pubblicazione: (2025)
Pressure dependent structure of neat liquid methanol, CH3OH: molecular dynamics simulations with various united atom type potentials
di: Bakó, Imre, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bakó, Imre, et al.
Pubblicazione: (2025)
A unified framework for coarse grained molecular dynamics of proteins with high-fidelity reconstruction
di: Zhu, Jinzhen
Pubblicazione: (2024)
di: Zhu, Jinzhen
Pubblicazione: (2024)
Surface hopping molecular dynamics simulation of ultrafast methyl iodide photodissociation mapped by Coulomb explosion imaging
di: Ding, Yijue, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ding, Yijue, et al.
Pubblicazione: (2024)
Disentangling enhanced diffusion and ballistic motion of excitons coupled to Bloch surface waves with molecular dynamics simulations
di: Sokolovskii, Ilia, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Sokolovskii, Ilia, et al.
Pubblicazione: (2024)
Influence of excitonic coupling, static disorder, and coherent dynamics in action-2D electronic spectroscopy of a molecular dimer model
di: Bruschi, Matteo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bruschi, Matteo, et al.
Pubblicazione: (2025)
Tracing long-lived atomic coherences generated via molecular conical intersections
di: Rupprecht, Patrick, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Rupprecht, Patrick, et al.
Pubblicazione: (2025)
Cavity-modified exciton-exciton annihilation in disordered molecular systems
di: Sokolovskii, I., et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Sokolovskii, I., et al.
Pubblicazione: (2026)
Brownian dynamics simulations of electric double-layer capacitors with tunable metallicity
di: Desmarchelier, Paul, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Desmarchelier, Paul, et al.
Pubblicazione: (2025)
Analysis of molecular dynamics simulation data via statistical distances between covariance matrices
di: Ono, Yusuke, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Ono, Yusuke, et al.
Pubblicazione: (2026)
Mechanisms of isotope exchange between aqueous solutions and barite in low-temperature geochemical systems
di: Zhu, Chen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhu, Chen, et al.
Pubblicazione: (2025)
Localized intrinsic bond orbitals decode correlated charge migration dynamics
di: Wahyutama, Imam S., et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wahyutama, Imam S., et al.
Pubblicazione: (2026)
Teachers that teach the irrelevant: Pre-training machine learned interaction potentials with classical force fields for robust molecular dynamics simulations
di: Yuan, Eric C. -Y., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yuan, Eric C. -Y., et al.
Pubblicazione: (2025)
Coherent X-rays reveal anomalous molecular diffusion and cage effects in crowded protein solutions
di: Girelli, Anita, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Girelli, Anita, et al.
Pubblicazione: (2024)
STable AutoCorrelation Integral Estimator (STACIE): Robust and accurate transport properties from molecular dynamics simulations
di: Toraman, Gözdenur, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Toraman, Gözdenur, et al.
Pubblicazione: (2025)
Overcoming the chemical complexity bottleneck in on-the-fly machine learned molecular dynamics simulations
di: Timmerman, Lucas R., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Timmerman, Lucas R., et al.
Pubblicazione: (2024)
Full Quantum dynamics study for H atom scattering from graphene
di: Shi, Lei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shi, Lei, et al.
Pubblicazione: (2024)
Behavior of water and aqueous LiCl solutions confined in cylindrical silica pores: A wide temperature range molecular dynamics simulation study
di: Gautam, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gautam, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
A MASH simulation of the photoexcited dynamics of cyclobutanone
di: Lawrence, Joseph E., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lawrence, Joseph E., et al.
Pubblicazione: (2024)
Shadow excited state molecular dynamics with the \DeltaSCF method
di: Fajen, O. Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Fajen, O. Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Unifying reciprocal and real space atomic dynamics in dilute gases
di: Moon, Jaeyun
Pubblicazione: (2026)
di: Moon, Jaeyun
Pubblicazione: (2026)
ProtSCAPE: Mapping the landscape of protein conformations in molecular dynamics
di: Viswanath, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Viswanath, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
Using molecular dynamics to investigate the driving force for graphene auto-kirigami
di: Rawlins, Charlie M., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Rawlins, Charlie M., et al.
Pubblicazione: (2025)
Learning the action for long-time-step simulations of molecular dynamics
di: Bigi, Filippo, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bigi, Filippo, et al.
Pubblicazione: (2025)
Vibronic correlations in molecular strong field dynamics
di: Labeye, Marie, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Labeye, Marie, et al.
Pubblicazione: (2024)
Which form of the molecular Hamiltonian is the most suitable for simulating the nonadiabatic quantum dynamics at a conical intersection?
di: Choi, Seonghoon, et al.
Pubblicazione: (2020)
di: Choi, Seonghoon, et al.
Pubblicazione: (2020)
Controlling rovibrational state populations of polar molecules in inhomogeneous electric fields of the Stark deceleration: molecular dynamics and quantum chemistry simulations
di: Zak, Emil, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zak, Emil, et al.
Pubblicazione: (2025)
Polynomial propagators for classical molecular dynamics
di: Kondov, Ivan
Pubblicazione: (2023)
di: Kondov, Ivan
Pubblicazione: (2023)
Structure and dynamics of the magnetite(001)/water interface from molecular dynamics simulations based on a neural network potential
di: Romano, Salvatore, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Romano, Salvatore, et al.
Pubblicazione: (2024)
Decoherence dynamics in molecular qubits: Exponential, Gaussian and beyond
di: Gustin, Ignacio, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gustin, Ignacio, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
Enhanced premelting at the ice-rubber interface using all-atom molecular dynamics simulation
di: Kojima, Takumi, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Best practices for nonadiabatic molecular dynamics simulations
di: Prlj, Antonio, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Controlling molecular dynamics by exciting atoms in a cavity
di: Csehi, András, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Simulating metal complex formation and dynamics in aqueous solutions: Insights into stability, mechanism, and rates of ligand exchange
di: Sagresti, Luca, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Non-Hermitian molecular dynamics simulations of exciton-polaritons in lossy cavities
di: Sokolovskii, Ilia, et al.
Pubblicazione: (2023)