Prot2Token: A Unified Framework for Protein Modeling via Next-Token Prediction
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Pourmirzaei, Mahdi, Esmaili, Farzaneh, Alqarghuli, Salhuldin, Pourmirzaei, Mohammadreza, Han, Ye, Chen, Kai, Rezaei, Mohsen, Wang, Duolin, Xu, Dong |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
ProtT-Affinity: Sequence-Based Protein-Protein Binding Affinity Prediction Using ProtT5 Embeddings
di: Lou, Hongfu
Pubblicazione: (2025)
di: Lou, Hongfu
Pubblicazione: (2025)
ProtSolM: Protein Solubility Prediction with Multi-modal Features
di: Tan, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Tan, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Using Self-Supervised Auxiliary Tasks to Improve Fine-Grained Facial Representation
di: Pourmirzaei, Mahdi, et al.
Pubblicazione: (2021)
di: Pourmirzaei, Mahdi, et al.
Pubblicazione: (2021)
Multi-scale Graph Autoregressive Modeling: Molecular Property Prediction via Next Token Prediction
di: Jiang, Zhuoyang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Jiang, Zhuoyang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Scoring-Assisted Generative Exploration for Proteins (SAGE-Prot): A Framework for Multi-Objective Protein Optimization via Iterative Sequence Generation and Evaluation
di: Lim, Hocheol, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lim, Hocheol, et al.
Pubblicazione: (2025)
Protein Structure Tokenization via Geometric Byte Pair Encoding
di: Sun, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sun, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
ProtT3: Protein-to-Text Generation for Text-based Protein Understanding
di: Liu, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
DisProtEdit: Exploring Disentangled Representations for Multi-Attribute Protein Editing
di: Ku, Max, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ku, Max, et al.
Pubblicazione: (2025)
Privacy-Preserving Multi-Center Differential Protein Abundance Analysis with FedProt
di: Burankova, Yuliya, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Burankova, Yuliya, et al.
Pubblicazione: (2024)
Tokenizing Electron Cloud in Protein-Ligand Interaction Learning
di: Lin, Haitao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lin, Haitao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Protein Structure Tokenization: Benchmarking and New Recipe
di: Yuan, Xinyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yuan, Xinyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
ProtSAE: Disentangling and Interpreting Protein Language Models via Semantically-Guided Sparse Autoencoders
di: Liu, Xiangyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Xiangyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Prot2Text: Multimodal Protein's Function Generation with GNNs and Transformers
di: Abdine, Hadi, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Abdine, Hadi, et al.
Pubblicazione: (2023)
Linguistic Laws Meet Protein Sequences: A Comparative Analysis of Subword Tokenization Methods
di: Suyunu, Burak, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Suyunu, Burak, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProtTeX-CC: Activating In-Context Learning in Protein LLM via Two-Stage Instruction Compression
di: Fan, Chuanliu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Fan, Chuanliu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Towards a Unified Framework for Determining Conformational Ensembles of Disordered Proteins
di: Ghafouri, Hamidreza, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ghafouri, Hamidreza, et al.
Pubblicazione: (2025)
Beyond Manual Curation: Augmenting Targeted Protein Degradation Databases via Agentic Literature Extraction Workflows
di: Rao, Yaochen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Rao, Yaochen, et al.
Pubblicazione: (2026)
ProtBoost: protein function prediction with Py-Boost and Graph Neural Networks -- CAFA5 top2 solution
di: Chervov, Alexander, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chervov, Alexander, et al.
Pubblicazione: (2024)
TourSynbio-Search: A Large Language Model Driven Agent Framework for Unified Search Method for Protein Engineering
di: Liu, Yungeng, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Yungeng, et al.
Pubblicazione: (2024)
EPO: Diverse and Realistic Protein Ensemble Generation via Energy Preference Optimization
di: Sun, Yuancheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sun, Yuancheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Inverse resolution of spatially varying diffusion coefficient using Physics-Informed neural networks
di: Thakur, Sukirt, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Thakur, Sukirt, et al.
Pubblicazione: (2024)
TraianProt: a user-friendly R shiny application for wide format proteomics data downstream analysis
di: de la Camara-Fuentes, Samuel, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: de la Camara-Fuentes, Samuel, et al.
Pubblicazione: (2024)
Internalized Morphogenesis: A Self-Organizing Model for Growth, Replication, and Regeneration via Local Token Exchange in Modular Systems
di: Ishida, Takeshi
Pubblicazione: (2026)
di: Ishida, Takeshi
Pubblicazione: (2026)
Twin Peaks: Dual-Head Architecture for Structure-Free Prediction of Protein-Protein Binding Affinity and Mutation Effects
di: Dey, Supantha, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Dey, Supantha, et al.
Pubblicazione: (2025)
SHREC: A Framework for Advancing Next-Generation Computational Phenotyping with Large Language Models
di: Pungitore, Sarah, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Pungitore, Sarah, et al.
Pubblicazione: (2025)
AutoProteinEngine: A Large Language Model Driven Agent Framework for Multimodal AutoML in Protein Engineering
di: Liu, Yungeng, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Yungeng, et al.
Pubblicazione: (2024)
CAP: Commutative Algebra Prediction of Protein-Nucleic Acid Binding Affinities
di: Zia, Mushal, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zia, Mushal, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Semi-Supervised Inf-Net Framework for CT-Based Lung Nodule Analysis with a Conceptual Extension Toward Genomic Integration
di: Mobini, Fateme, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Mobini, Fateme, et al.
Pubblicazione: (2025)
RNA-Protein Interaction Prediction Based on Deep Learning: A Comprehensive Survey
di: Li, Danyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Danyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
Domain-Aware Geometric Multimodal Learning for Multi-Domain Protein-Ligand Affinity Prediction
di: Zhang, Shuo, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhang, Shuo, et al.
Pubblicazione: (2026)
PatchProt: Hydrophobic patch prediction using protein foundation models
di: Gogishvili, Dea, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gogishvili, Dea, et al.
Pubblicazione: (2024)
VibeProteinBench: An Evaluation Benchmark for Language-interfaced Vibe Protein Design
di: Seo, Hyunjin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Seo, Hyunjin, et al.
Pubblicazione: (2026)
S‐PLM: Structure‐Aware Protein Language Model via Contrastive Learning Between Sequence and Structure
di: Duolin Wang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Duolin Wang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein-Mamba: Biological Mamba Models for Protein Function Prediction
di: Xu, Bohao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Xu, Bohao, et al.
Pubblicazione: (2024)
UNISEP: A Unified Sensor Placement Framework for Human Motion Capture and Wearables
di: Welzel, Julius, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Welzel, Julius, et al.
Pubblicazione: (2024)
Validation of an LLM-based Multi-Agent Framework for Protein Engineering in Dry Lab and Wet Lab
di: Chen, Zan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Zan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Quantifying AI-to-Clinical Translation: The Algorithm-to-Outcome Concordance (AOC) Framework
di: Yu, Xiyao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yu, Xiyao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Leveraging Machine Learning Models for Peptide-Protein Interaction Prediction
di: Yin, Song, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Yin, Song, et al.
Pubblicazione: (2023)
ProtSCAPE: Mapping the landscape of protein conformations in molecular dynamics
di: Viswanath, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Viswanath, Siddharth, et al.
Pubblicazione: (2024)
The Protein Engineering Tournament: An Open Science Benchmark for Protein Modeling and Design
di: Armer, Chase, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Armer, Chase, et al.
Pubblicazione: (2023)
Documenti analoghi
-
ProtT-Affinity: Sequence-Based Protein-Protein Binding Affinity Prediction Using ProtT5 Embeddings
di: Lou, Hongfu
Pubblicazione: (2025) -
ProtSolM: Protein Solubility Prediction with Multi-modal Features
di: Tan, Yang, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Using Self-Supervised Auxiliary Tasks to Improve Fine-Grained Facial Representation
di: Pourmirzaei, Mahdi, et al.
Pubblicazione: (2021) -
Multi-scale Graph Autoregressive Modeling: Molecular Property Prediction via Next Token Prediction
di: Jiang, Zhuoyang, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Scoring-Assisted Generative Exploration for Proteins (SAGE-Prot): A Framework for Multi-Objective Protein Optimization via Iterative Sequence Generation and Evaluation
di: Lim, Hocheol, et al.
Pubblicazione: (2025)