RAGPPI: RAG Benchmark for Protein-Protein Interactions in Drug Discovery
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Jeon, Youngseung, Li, Ziwen, Li, Thomas, Chang, JiaSyuan, Ziyadi, Morteza, Chen, Xiang 'Anthony' |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
GraPPI: A Retrieve-Divide-Solve GraphRAG Framework for Large-scale Protein-protein Interaction Exploration
di: Li, Ziwen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Ziwen, et al.
Pubblicazione: (2025)
C-MORAL: Controllable Multi-Objective Molecular Optimization with Reinforcement Alignment for LLMs
di: Gao, Rui, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Gao, Rui, et al.
Pubblicazione: (2026)
JudgeBoard: Benchmarking and Enhancing Small Language Models for Reasoning Evaluation
di: Bi, Zhenyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Bi, Zhenyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Supporting Medicinal Chemists in Iterative Hypothesis Generation for Drug Target Identification
di: Jeon, Youngseung, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jeon, Youngseung, et al.
Pubblicazione: (2025)
Uncertainty-Aware Adaptation of Large Language Models for Protein-Protein Interaction Analysis
di: Jantre, Sanket, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jantre, Sanket, et al.
Pubblicazione: (2025)
RARE: Retrieval-Aware Robustness Evaluation for Retrieval-Augmented Generation Systems
di: Zeng, Yixiao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zeng, Yixiao, et al.
Pubblicazione: (2025)
SMARTFinRAG: Interactive Modularized Financial RAG Benchmark
di: Zha, Yiwei
Pubblicazione: (2025)
di: Zha, Yiwei
Pubblicazione: (2025)
Natural Language Processing Methods for the Study of Protein-Ligand Interactions
di: Michels, James, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Michels, James, et al.
Pubblicazione: (2024)
PUMA: Discovery of Protein Units via Mutation-Aware Merging
di: Suyunu, Burak, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Suyunu, Burak, et al.
Pubblicazione: (2025)
UniD$^3$: A Knowledge Graph-Enhanced RAG Framework for Drug-Disease Discovery and Reasoning
di: Wang, Qing, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Qing, et al.
Pubblicazione: (2026)
ProtT3: Protein-to-Text Generation for Text-based Protein Understanding
di: Liu, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Zhiyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Language Models are Surprisingly Fragile to Drug Names in Biomedical Benchmarks
di: Gallifant, Jack, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gallifant, Jack, et al.
Pubblicazione: (2024)
CRAG -- Comprehensive RAG Benchmark
di: Yang, Xiao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yang, Xiao, et al.
Pubblicazione: (2024)
The Multi-Round Diagnostic RAG Framework for Emulating Clinical Reasoning
di: Sun, Penglei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sun, Penglei, et al.
Pubblicazione: (2025)
Self-Routing RAG: Binding Selective Retrieval with Knowledge Verbalization
di: Wu, Di, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wu, Di, et al.
Pubblicazione: (2025)
Extracting Protein-Protein Interactions (PPIs) from Biomedical Literature using Attention-based Relational Context Information
di: Park, Gilchan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Park, Gilchan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Structure-Enhanced Protein Instruction Tuning: Towards General-Purpose Protein Understanding with LLMs
di: Wu, Wei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wu, Wei, et al.
Pubblicazione: (2024)
SGNet: Folding Symmetrical Protein Complex with Deep Learning
di: Li, Zhaoqun, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Zhaoqun, et al.
Pubblicazione: (2024)
A Fine-tuning Dataset and Benchmark for Large Language Models for Protein Understanding
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shen, Yiqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
PACE-RAG: Patient-Aware Contextual and Evidence-based Policy RAG for Clinical Drug Recommendation
di: Huh, Chaeyoung, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Huh, Chaeyoung, et al.
Pubblicazione: (2026)
Rethinking Text-based Protein Understanding: Retrieval or LLM?
di: Wu, Juntong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wu, Juntong, et al.
Pubblicazione: (2025)
DS-ProGen: A Dual-Structure Deep Language Model for Functional Protein Design
di: Li, Yanting, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Yanting, et al.
Pubblicazione: (2025)
BeyondBench: Contamination-Resistant Evaluation of Reasoning in Language Models
di: Srivastava, Gaurav, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Srivastava, Gaurav, et al.
Pubblicazione: (2025)
Learning to Describe for Predicting Zero-shot Drug-Drug Interactions
di: Zhu, Fangqi, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhu, Fangqi, et al.
Pubblicazione: (2024)
LAD-RAG: Layout-aware Dynamic RAG for Visually-Rich Document Understanding
di: Sourati, Zhivar, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sourati, Zhivar, et al.
Pubblicazione: (2025)
FinRAGBench-V: A Benchmark for Multimodal RAG with Visual Citation in the Financial Domain
di: Zhao, Suifeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhao, Suifeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Benchmarking LLM Faithfulness in RAG with Evolving Leaderboards
di: Tamber, Manveer Singh, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tamber, Manveer Singh, et al.
Pubblicazione: (2025)
MobileRAG: Enhancing Mobile Agent with Retrieval-Augmented Generation
di: Loo, Gowen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Loo, Gowen, et al.
Pubblicazione: (2025)
DrugClaw and DrugAudit: A Primary-Source-Grounded Agent and Authority-Aware Benchmark for Drug-Information Question Answering
di: Wang, Qing, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Qing, et al.
Pubblicazione: (2026)
ProtStructQA: A Denotation Threshold in Protein Structural Reasoning
di: Mandiga, Aravind, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Mandiga, Aravind, et al.
Pubblicazione: (2026)
An Evaluation Benchmark for Adverse Drug Event Prediction from Clinical Trial Results
di: Yazdani, Anthony, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yazdani, Anthony, et al.
Pubblicazione: (2024)
ChronoPlay: A Framework for Modeling Dual Dynamics and Authenticity in Game RAG Benchmarks
di: He, Liyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: He, Liyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
ExDDI: Explaining Drug-Drug Interaction Predictions with Natural Language
di: Sun, Zhaoyue, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Sun, Zhaoyue, et al.
Pubblicazione: (2024)
SUBQRAG: Sub-Question Driven Dynamic Graph RAG
di: Li, Jiaoyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Jiaoyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
YpathRAG:A Retrieval-Augmented Generation Framework and Benchmark for Pathology
di: Yu, Deshui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yu, Deshui, et al.
Pubblicazione: (2025)
MultiADE: A Multi-domain Benchmark for Adverse Drug Event Extraction
di: Dai, Xiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Dai, Xiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
CRUD-RAG: A Comprehensive Chinese Benchmark for Retrieval-Augmented Generation of Large Language Models
di: Lyu, Yuanjie, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lyu, Yuanjie, et al.
Pubblicazione: (2024)
Leveraging Language Models and RAG for Efficient Knowledge Discovery in Clinical Environments
di: Ko, Seokhwan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ko, Seokhwan, et al.
Pubblicazione: (2025)
From Bench to Bedside: A Review of Clinical Trials in Drug Discovery and Development
di: Wang, Tianyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Tianyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
GRAB: A Risk Taxonomy--Grounded Benchmark for Unsupervised Topic Discovery in Financial Disclosures
di: Li, Ying, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Ying, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
GraPPI: A Retrieve-Divide-Solve GraphRAG Framework for Large-scale Protein-protein Interaction Exploration
di: Li, Ziwen, et al.
Pubblicazione: (2025) -
C-MORAL: Controllable Multi-Objective Molecular Optimization with Reinforcement Alignment for LLMs
di: Gao, Rui, et al.
Pubblicazione: (2026) -
JudgeBoard: Benchmarking and Enhancing Small Language Models for Reasoning Evaluation
di: Bi, Zhenyu, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Supporting Medicinal Chemists in Iterative Hypothesis Generation for Drug Target Identification
di: Jeon, Youngseung, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Uncertainty-Aware Adaptation of Large Language Models for Protein-Protein Interaction Analysis
di: Jantre, Sanket, et al.
Pubblicazione: (2025)