ProtInvTree: Deliberate Protein Inverse Folding with Reward-guided Tree Search
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Liu, Mengdi, Cheng, Xiaoxue, Gao, Zhangyang, Chang, Hong, Tan, Cheng, Shan, Shiguang, Chen, Xilin |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
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