Guided Generation for Developable Antibodies
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Zhao, Siqi, Moller, Joshua, Quintero-Cadena, Porfi, van Niekerk, Lood |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2025
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
| Tags: |
Ajouter un tag
Pas de tags, Soyez le premier à ajouter un tag!
|
Documents similaires
Protriever: End-to-End Differentiable Protein Homology Search for Fitness Prediction
par: Weitzman, Ruben, et autres
Publié: (2025)
par: Weitzman, Ruben, et autres
Publié: (2025)
AbDiffuser: Full-Atom Generation of in vitro Functioning Antibodies
par: Martinkus, Karolis, et autres
Publié: (2023)
par: Martinkus, Karolis, et autres
Publié: (2023)
Fast and Accurate Antibody Sequence Design via Structure Retrieval
par: Zhang, Xingyi, et autres
Publié: (2025)
par: Zhang, Xingyi, et autres
Publié: (2025)
Tokenizing Loops of Antibodies
par: Fang, Ada, et autres
Publié: (2025)
par: Fang, Ada, et autres
Publié: (2025)
Bayesian Optimization of Antibodies Informed by a Generative Model of Evolving Sequences
par: Amin, Alan Nawzad, et autres
Publié: (2024)
par: Amin, Alan Nawzad, et autres
Publié: (2024)
Antibody DomainBed: Out-of-Distribution Generalization in Therapeutic Protein Design
par: Tagasovska, Nataša, et autres
Publié: (2024)
par: Tagasovska, Nataša, et autres
Publié: (2024)
Improving Antibody Design with Force-Guided Sampling in Diffusion Models
par: Kulytė, Paulina, et autres
Publié: (2024)
par: Kulytė, Paulina, et autres
Publié: (2024)
PharMolixFM: All-Atom Foundation Models for Molecular Modeling and Generation
par: Luo, Yizhen, et autres
Publié: (2025)
par: Luo, Yizhen, et autres
Publié: (2025)
Towards More Accurate Full-Atom Antibody Co-Design
par: Wu, Jiayang, et autres
Publié: (2025)
par: Wu, Jiayang, et autres
Publié: (2025)
ABConformer: Physics-inspired Sliding Attention for Antibody-Antigen Interface Prediction
par: You, Zhang-Yu, et autres
Publié: (2025)
par: You, Zhang-Yu, et autres
Publié: (2025)
Stable Online and Offline Reinforcement Learning for Antibody CDRH3 Design
par: Vogt, Yannick, et autres
Publié: (2023)
par: Vogt, Yannick, et autres
Publié: (2023)
BetterBodies: Reinforcement Learning guided Diffusion for Antibody Sequence Design
par: Vogt, Yannick, et autres
Publié: (2024)
par: Vogt, Yannick, et autres
Publié: (2024)
Antigen-Specific Antibody Design via Direct Energy-based Preference Optimization
par: Zhou, Xiangxin, et autres
Publié: (2024)
par: Zhou, Xiangxin, et autres
Publié: (2024)
Biologically-Grounded Multi-Encoder Architectures as Developability Oracles for Antibody Design
par: Crouzet, Simon J.
Publié: (2026)
par: Crouzet, Simon J.
Publié: (2026)
Structure-Based Drug Design via 3D Molecular Generative Pre-training and Sampling
par: Yang, Yuwei, et autres
Publié: (2024)
par: Yang, Yuwei, et autres
Publié: (2024)
AbRank: A Benchmark Dataset and Metric-Learning Framework for Antibody-Antigen Affinity Ranking
par: Liu, Chunan, et autres
Publié: (2025)
par: Liu, Chunan, et autres
Publié: (2025)
Cell Morphology-Guided Small Molecule Generation with GFlowNets
par: Lu, Stephen Zhewen, et autres
Publié: (2024)
par: Lu, Stephen Zhewen, et autres
Publié: (2024)
Function-Guided Conditional Generation Using Protein Language Models with Adapters
par: Yang, Jason, et autres
Publié: (2024)
par: Yang, Jason, et autres
Publié: (2024)
Protein Conformation Generation via Force-Guided SE(3) Diffusion Models
par: Wang, Yan, et autres
Publié: (2024)
par: Wang, Yan, et autres
Publié: (2024)
DiffBP: Generative Diffusion of 3D Molecules for Target Protein Binding
par: Lin, Haitao, et autres
Publié: (2022)
par: Lin, Haitao, et autres
Publié: (2022)
Template-Guided 3D Molecular Pose Generation via Flow Matching and Differentiable Optimization
par: Bergues, Noémie, et autres
Publié: (2025)
par: Bergues, Noémie, et autres
Publié: (2025)
mRNAutilus: Multi-Objective-Guided Discrete Generation of mRNA with Optimized Therapeutic Properties
par: Patel, Sawan, et autres
Publié: (2026)
par: Patel, Sawan, et autres
Publié: (2026)
Curriculum Learning for Biological Sequence Prediction: The Case of De Novo Peptide Sequencing
par: Zhang, Xiang, et autres
Publié: (2025)
par: Zhang, Xiang, et autres
Publié: (2025)
Context-Guided Diffusion for Out-of-Distribution Molecular and Protein Design
par: Klarner, Leo, et autres
Publié: (2024)
par: Klarner, Leo, et autres
Publié: (2024)
GeoDirDock: Guiding Docking Along Geodesic Paths
par: Miñán, Raúl, et autres
Publié: (2024)
par: Miñán, Raúl, et autres
Publié: (2024)
ProteinGuide: On-the-fly property guidance for protein sequence generative models
par: Xiong, Junhao, et autres
Publié: (2025)
par: Xiong, Junhao, et autres
Publié: (2025)
Rethinking Specificity in SBDD: Leveraging Delta Score and Energy-Guided Diffusion
par: Gao, Bowen, et autres
Publié: (2024)
par: Gao, Bowen, et autres
Publié: (2024)
A Hitchhiker's Guide to Deep Chemical Language Processing for Bioactivity Prediction
par: Özçelik, Rıza, et autres
Publié: (2024)
par: Özçelik, Rıza, et autres
Publié: (2024)
Multi-Objective-Guided Discrete Flow Matching for Controllable Biological Sequence Design
par: Chen, Tong, et autres
Publié: (2025)
par: Chen, Tong, et autres
Publié: (2025)
Materials Discovery with Extreme Properties via Reinforcement Learning-Guided Combinatorial Chemistry
par: Kim, Hyunseung, et autres
Publié: (2023)
par: Kim, Hyunseung, et autres
Publié: (2023)
TR2-D2: Tree Search Guided Trajectory-Aware Fine-Tuning for Discrete Diffusion
par: Tang, Sophia, et autres
Publié: (2025)
par: Tang, Sophia, et autres
Publié: (2025)
Precise Antigen-Antibody Structure Predictions Enhance Antibody Development with HelixFold-Multimer
par: Gao, Jie, et autres
Publié: (2024)
par: Gao, Jie, et autres
Publié: (2024)
Cross-Gate MLP with Protein Complex Invariant Embedding is A One-Shot Antibody Designer
par: Tan, Cheng, et autres
Publié: (2023)
par: Tan, Cheng, et autres
Publié: (2023)
Beyond Atoms: Evaluating Electron Density Representation for 3D Molecular Learning
par: Suriana, Patricia, et autres
Publié: (2025)
par: Suriana, Patricia, et autres
Publié: (2025)
S$^2$ALM: Sequence-Structure Pre-trained Large Language Model for Comprehensive Antibody Representation Learning
par: Yin, Mingze, et autres
Publié: (2024)
par: Yin, Mingze, et autres
Publié: (2024)
On fine-tuning Boltz-2 for protein-protein affinity prediction
par: King, James, et autres
Publié: (2025)
par: King, James, et autres
Publié: (2025)
RiNALMo: General-Purpose RNA Language Models Can Generalize Well on Structure Prediction Tasks
par: Penić, Rafael Josip, et autres
Publié: (2024)
par: Penić, Rafael Josip, et autres
Publié: (2024)
Calibrating Generative Models to Distributional Constraints
par: Smith, Henry D., et autres
Publié: (2025)
par: Smith, Henry D., et autres
Publié: (2025)
Generative Modeling of Molecular Dynamics Trajectories
par: Jing, Bowen, et autres
Publié: (2024)
par: Jing, Bowen, et autres
Publié: (2024)
TaxDiff: Taxonomic-Guided Diffusion Model for Protein Sequence Generation
par: Zongying, Lin, et autres
Publié: (2024)
par: Zongying, Lin, et autres
Publié: (2024)
Documents similaires
-
Protriever: End-to-End Differentiable Protein Homology Search for Fitness Prediction
par: Weitzman, Ruben, et autres
Publié: (2025) -
AbDiffuser: Full-Atom Generation of in vitro Functioning Antibodies
par: Martinkus, Karolis, et autres
Publié: (2023) -
Fast and Accurate Antibody Sequence Design via Structure Retrieval
par: Zhang, Xingyi, et autres
Publié: (2025) -
Tokenizing Loops of Antibodies
par: Fang, Ada, et autres
Publié: (2025) -
Bayesian Optimization of Antibodies Informed by a Generative Model of Evolving Sequences
par: Amin, Alan Nawzad, et autres
Publié: (2024)