Buchumschlag

Reshaping Biomolecular Structure Prediction through Strategic Conformational Exploration with HelixFold-S1

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Liu, Lihang, Liu, Yang, Ye, Xianbin, Zhang, Shanzhuo, Li, Yuxin, Zhu, Kunrui, Xue, Yang, Zhang, Xiaonan, Fang, Xiaomin
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2025
Schlagworte:	Biomolecules
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Technical Report of HelixFold3 for Biomolecular Structure Prediction
von: Liu, Lihang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

HelixFold-Multimer: Elevating Protein Complex Structure Prediction to New Heights
von: Fang, Xiaomin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Precise Antigen-Antibody Structure Predictions Enhance Antibody Development with HelixFold-Multimer
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2024)

End-to-End Reverse Screening Identifies Protein Targets of Small Molecules Using HelixFold3
von: Xu, Shengjie, et al.
Veröffentlicht: (2026)

HelixDesign-Antibody: A Scalable Production-Grade Platform for Antibody Design Built on HelixFold3
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)

HelixDesign-Binder: A Scalable Production-Grade Platform for Binder Design Built on HelixFold3
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)

HelixVS: Deep Learning-Enhanced Structure-Based Platform for Screening and Design
von: Zhang, Shanzhuo, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Pre-Training on Large-Scale Generated Docking Conformations with HelixDock to Unlock the Potential of Protein-ligand Structure Prediction Models
von: Liu, Lihang, et al.
Veröffentlicht: (2023)

SeedFold: Scaling Biomolecular Structure Prediction
von: Zhou, Yi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

IntFold: A Controllable Foundation Model for General and Specialized Biomolecular Structure Prediction
von: The IntFold Team, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Joint Design of 5' Untranslated Region and Coding Sequence of mRNA
von: Liu, Yang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Unifying Sequences, Structures, and Descriptions for Any-to-Any Protein Generation with the Large Multimodal Model HelixProtX
von: Chen, Zhiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Leveraging Sequence Purification for Accurate Prediction of Multiple Conformational States with AlphaFold2
von: Xing, Enming, et al.
Veröffentlicht: (2025)

CONFIDE: Hallucination Assessment for Reliable Biomolecular Structure Prediction and Design
von: Gao, Zijun, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DL4Proteins Jupyter Notebooks Teach how to use Artificial Intelligence for Biomolecular Structure Prediction and Design
von: Chungyoun, Michael, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Lifting Biomolecular Data Acquisition
von: Weinstein, Eli N., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Systematic Analysis of Biomolecular Conformational Ensembles with PENSA
von: Vögele, Martin, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Computational Explorations in Biomedicine: Unraveling Molecular Dynamics for Cancer, Drug Delivery, and Biomolecular Insights using LAMMPS Simulations
von: Bozorgpour, Reza
Veröffentlicht: (2023)

ODesign: A World Model for Biomolecular Interaction Design
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Atomic Trajectory Modeling with State Space Models for Biomolecular Dynamics
von: Shi, Liang, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ZeroFold: Protein-RNA Binding Affinity Predictions from Pre-Structural Embeddings
von: Hanke, Josef, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Quantifying the Role of OpenFold Components in Protein Structure Prediction
von: Hayes, Tyler L., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Physically Valid Biomolecular Interaction Modeling with Gauss-Seidel Projection
von: Chen, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

α-HMM: A Graphical Model for RNA Folding
von: Zhang, Sixiang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ConforNets: Latents-Based Conformational Control in OpenFold3
von: Lee, Minji, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Leveraging Conformational Diversity for Enhanced Structure-Based Virtual Screening: Insights from Molecular Dynamics Simulations of HIV-1 Protease-Ligand Complexes
von: Yang, Pei-Kun
Veröffentlicht: (2025)

NeuralPLexer3: Accurate Biomolecular Complex Structure Prediction with Flow Models
von: Qiao, Zhuoran, et al.
Veröffentlicht: (2024)

EquiFlow: Equivariant Conditional Flow Matching with Optimal Transport for 3D Molecular Conformation Prediction
von: Tian, Qingwen, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Fold-CP: A Context Parallelism Framework for Biomolecular Modeling
von: Lin, Dejun, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Characterizing the Conformational States of G Protein Coupled Receptors Generated with AlphaFold
von: Chib, Garima, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Fold-switching Proteins
von: Chakravarty, Devlina, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Demystifying Multimodal Biomolecular Co-design With Intrinsic Geodesic Coupling
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2026)

RiboDiffusion: Tertiary Structure-based RNA Inverse Folding with Generative Diffusion Models
von: Huang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2024)

From Prediction to Simulation: AlphaFold 3 as a Differentiable Framework for Structural Biology
von: Abbaszadeh, Alireza, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Decoding How Proteins Fold
von: Vila, Jorge
Veröffentlicht: (2025)

Electrostatics of Salt-Dependent Reentrant Phase Behaviors Highlights Diverse Roles of ATP in Biomolecular Condensates
von: Lin, Yi-Hsuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Conformation-Aware Structure Prediction of Antigen-Recognizing Immune Proteins
von: Dreyer, Frédéric A., et al.
Veröffentlicht: (2025)

State-aware protein-ligand complex prediction using AlphaFold3 with purified sequences
von: Xing, Enming, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein Inverse Folding From Structure Feedback
von: Xu, Junde, et al.
Veröffentlicht: (2025)

RiboPO: Preference Optimization for Structure- and Stability-Aware RNA Design
von: Sun, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)