Context-Aware Regularization with Markovian Integration for Attention-Based Nucleotide Analysis
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Refahi, Mohammadsaleh, Abavisani, Mahdi, Sokhansanj, Bahrad A., Brown, James R., Rosen, Gail |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Learning to Align Molecules and Proteins: A Geometry-Aware Approach to Binding Affinity
di: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Pubblicazione: (2025)
Fast and Scalable Gene Embedding Search: A Comparative Study of FAISS and ScaNN
di: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Pubblicazione: (2025)
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025)
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
di: Zhao, Jianan, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhao, Jianan, et al.
Pubblicazione: (2026)
Predicting Anti-microbial Resistance using Large Language Models
di: Yoo, Hyunwoo, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yoo, Hyunwoo, et al.
Pubblicazione: (2024)
Phenome-Wide Multi-Omics Integration Uncovers Distinct Archetypes of Human Aging
di: Li, Huifa, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Huifa, et al.
Pubblicazione: (2025)
Systematic Evaluation of Single-Cell Foundation Model Interpretability Reveals Attention Captures Co-Expression Rather Than Unique Regulatory Signal
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
Preparing to Integrate Generative Pretrained Transformer Series 4 models into Genetic Variant Assessment Workflows: Assessing Performance, Drift, and Nondeterminism Characteristics Relative to Classifying Functional Evidence in Literature
di: Aronson, Samuel J., et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Aronson, Samuel J., et al.
Pubblicazione: (2023)
LA-MARRVEL: A Knowledge-Grounded, Language-Aware LLM Framework for Clinically Robust Rare Disease Gene Prioritization
di: Lee, Jaeyeon, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lee, Jaeyeon, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multivariate Analysis of Gut Microbiota Composition and Prevalence of Gastric Cancer
di: Shankarnarayanan, Aadhith, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shankarnarayanan, Aadhith, et al.
Pubblicazione: (2024)
scBench: Evaluating AI Agents on Single-Cell RNA-seq Analysis
di: Workman, Kenny, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Workman, Kenny, et al.
Pubblicazione: (2026)
scUnified: An AI-Ready Standardized Resource for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
Gene-R1: Reasoning with Data-Augmented Lightweight LLMs for Gene Set Analysis
di: Wang, Zhizheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Zhizheng, et al.
Pubblicazione: (2025)
eccDNAMamba: A Pre-Trained Model for Ultra-Long eccDNA Sequence Analysis
di: Liu, Zhenke, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Zhenke, et al.
Pubblicazione: (2025)
scPilot: Large Language Model Reasoning Toward Automated Single-Cell Analysis and Discovery
di: Gao, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Gao, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2026)
A Linear-Transformer Hybrid for SNP-Based Genotype-to-Phenotype Prediction in Grapevine
di: Wang, Yibin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Yibin, et al.
Pubblicazione: (2026)
Artificial Intelligence and Deep Learning Algorithms for Epigenetic Sequence Analysis: A Review for Epigeneticists and AI Experts
di: Tahir, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tahir, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
Genomic Next-Token Predictors are In-Context Learners
di: Breslow, Nathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Breslow, Nathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Versatile AI Agent for Rare Disease Diagnosis and Risk Gene Prioritization
di: Liu, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Liu, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
MergeDNA: Context-aware Genome Modeling with Dynamic Tokenization through Token Merging
di: Li, Siyuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Siyuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
scASDC: Attention Enhanced Structural Deep Clustering for Single-cell RNA-seq Data
di: Min, Wenwen, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Min, Wenwen, et al.
Pubblicazione: (2024)
When repeats drive the vocabulary: a Byte-Pair Encoding analysis of T2T primate genomes
di: Popova, Marina, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Popova, Marina, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multimodal Modeling of CRISPR-Cas12 Activity Using Foundation Models and Chromatin Accessibility Data
di: Amirabad, Azim Dehghani, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Amirabad, Azim Dehghani, et al.
Pubblicazione: (2025)
scGSDR: Harnessing Gene Semantics for Single-Cell Pharmacological Profiling
di: Huang, Yu-An, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Yu-An, et al.
Pubblicazione: (2025)
Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability
di: Jiang, Douglas, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jiang, Douglas, et al.
Pubblicazione: (2025)
scCluBench: Comprehensive Benchmarking of Clustering Algorithms for Single-Cell RNA Sequencing
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
Learning to Discover Regulatory Elements for Gene Expression Prediction
di: Su, Xingyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Su, Xingyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
PathGene: Benchmarking Driver Gene Mutations and Exon Prediction Using Multicenter Lung Cancer Histopathology Image Dataset
di: Pan, Liangrui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Pan, Liangrui, et al.
Pubblicazione: (2025)
Knowledge-Guided Biomarker Identification for Label-Free Single-Cell RNA-Seq Data: A Reinforcement Learning Perspective
di: Xiao, Meng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xiao, Meng, et al.
Pubblicazione: (2025)
EnTao-GPM: DNA Foundation Model for Predicting the Germline Pathogenic Mutations
di: Lin, Zekai, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lin, Zekai, et al.
Pubblicazione: (2025)
Survey and Improvement Strategies for Gene Prioritization with Large Language Models
di: Neeley, Matthew, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Neeley, Matthew, et al.
Pubblicazione: (2025)
Helix-mRNA: A Hybrid Foundation Model For Full Sequence mRNA Therapeutics
di: Wood, Matthew, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wood, Matthew, et al.
Pubblicazione: (2025)
Interpretable graph-based models on multimodal biomedical data integration: A technical review and benchmarking
di: Sadeghi, Alireza, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sadeghi, Alireza, et al.
Pubblicazione: (2025)
Cross-Platform DNA Methylation Classifier for the Eight Molecular Subtypes of Group 3 & 4 Medulloblastoma
di: Abid, Omer, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Abid, Omer, et al.
Pubblicazione: (2025)
Nano Bio-Agents (NBA): Small Language Model Agents for Genomics
di: Hong, George, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hong, George, et al.
Pubblicazione: (2025)
CellxPert: Inference-Time MCMC Steering of a Multi-Omics Single-Cell Foundation Model for In-Silico Perturbation
di: Demir, Andac, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Demir, Andac, et al.
Pubblicazione: (2026)
Leveraging Gene Expression Data and Explainable Machine Learning for Enhanced Early Detection of Type 2 Diabetes
di: Roy, Aurora Lithe, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Roy, Aurora Lithe, et al.
Pubblicazione: (2024)
Embed-Search-Align: DNA Sequence Alignment using Transformer Models
di: Holur, Pavan, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Holur, Pavan, et al.
Pubblicazione: (2023)
Set-Aggregated Genome Embeddings for Microbiome Abundance Prediction
di: Kim, Younhun, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Kim, Younhun, et al.
Pubblicazione: (2026)
VQDNA: Unleashing the Power of Vector Quantization for Multi-Species Genomic Sequence Modeling
di: Li, Siyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Siyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
Learning to Align Molecules and Proteins: A Geometry-Aware Approach to Binding Affinity
di: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Fast and Scalable Gene Embedding Search: A Comparative Study of FAISS and ScaNN
di: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Pubblicazione: (2025) -
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025) -
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
di: Zhao, Jianan, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Predicting Anti-microbial Resistance using Large Language Models
di: Yoo, Hyunwoo, et al.
Pubblicazione: (2024)