Context-Aware Regularization with Markovian Integration for Attention-Based Nucleotide Analysis
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Refahi, Mohammadsaleh, Abavisani, Mahdi, Sokhansanj, Bahrad A., Brown, James R., Rosen, Gail |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Learning to Align Molecules and Proteins: A Geometry-Aware Approach to Binding Affinity
von: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Fast and Scalable Gene Embedding Search: A Comparative Study of FAISS and ScaNN
von: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
von: Li, Zhongmin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Zhongmin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Predicting Anti-microbial Resistance using Large Language Models
von: Yoo, Hyunwoo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yoo, Hyunwoo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Phenome-Wide Multi-Omics Integration Uncovers Distinct Archetypes of Human Aging
von: Li, Huifa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Huifa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Systematic Evaluation of Single-Cell Foundation Model Interpretability Reveals Attention Captures Co-Expression Rather Than Unique Regulatory Signal
von: Kendiukhov, Ihor
Veröffentlicht: (2026)
von: Kendiukhov, Ihor
Veröffentlicht: (2026)
Preparing to Integrate Generative Pretrained Transformer Series 4 models into Genetic Variant Assessment Workflows: Assessing Performance, Drift, and Nondeterminism Characteristics Relative to Classifying Functional Evidence in Literature
von: Aronson, Samuel J., et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Aronson, Samuel J., et al.
Veröffentlicht: (2023)
LA-MARRVEL: A Knowledge-Grounded, Language-Aware LLM Framework for Clinically Robust Rare Disease Gene Prioritization
von: Lee, Jaeyeon, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lee, Jaeyeon, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Multivariate Analysis of Gut Microbiota Composition and Prevalence of Gastric Cancer
von: Shankarnarayanan, Aadhith, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Shankarnarayanan, Aadhith, et al.
Veröffentlicht: (2024)
scBench: Evaluating AI Agents on Single-Cell RNA-seq Analysis
von: Workman, Kenny, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Workman, Kenny, et al.
Veröffentlicht: (2026)
scUnified: An AI-Ready Standardized Resource for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
von: Xu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Gene-R1: Reasoning with Data-Augmented Lightweight LLMs for Gene Set Analysis
von: Wang, Zhizheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Zhizheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
eccDNAMamba: A Pre-Trained Model for Ultra-Long eccDNA Sequence Analysis
von: Liu, Zhenke, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Zhenke, et al.
Veröffentlicht: (2025)
scPilot: Large Language Model Reasoning Toward Automated Single-Cell Analysis and Discovery
von: Gao, Yiming, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Gao, Yiming, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Linear-Transformer Hybrid for SNP-Based Genotype-to-Phenotype Prediction in Grapevine
von: Wang, Yibin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wang, Yibin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Artificial Intelligence and Deep Learning Algorithms for Epigenetic Sequence Analysis: A Review for Epigeneticists and AI Experts
von: Tahir, Muhammad, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tahir, Muhammad, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Genomic Next-Token Predictors are In-Context Learners
von: Breslow, Nathan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Breslow, Nathan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Versatile AI Agent for Rare Disease Diagnosis and Risk Gene Prioritization
von: Liu, Tianyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Liu, Tianyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
MergeDNA: Context-aware Genome Modeling with Dynamic Tokenization through Token Merging
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
scASDC: Attention Enhanced Structural Deep Clustering for Single-cell RNA-seq Data
von: Min, Wenwen, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Min, Wenwen, et al.
Veröffentlicht: (2024)
When repeats drive the vocabulary: a Byte-Pair Encoding analysis of T2T primate genomes
von: Popova, Marina, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Popova, Marina, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Multimodal Modeling of CRISPR-Cas12 Activity Using Foundation Models and Chromatin Accessibility Data
von: Amirabad, Azim Dehghani, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Amirabad, Azim Dehghani, et al.
Veröffentlicht: (2025)
scGSDR: Harnessing Gene Semantics for Single-Cell Pharmacological Profiling
von: Huang, Yu-An, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Huang, Yu-An, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Bridging Large Language Models and Single-Cell Transcriptomics in Dissecting Selective Motor Neuron Vulnerability
von: Jiang, Douglas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jiang, Douglas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
scCluBench: Comprehensive Benchmarking of Clustering Algorithms for Single-Cell RNA Sequencing
von: Xu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xu, Ping, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Learning to Discover Regulatory Elements for Gene Expression Prediction
von: Su, Xingyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Su, Xingyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PathGene: Benchmarking Driver Gene Mutations and Exon Prediction Using Multicenter Lung Cancer Histopathology Image Dataset
von: Pan, Liangrui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Pan, Liangrui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Knowledge-Guided Biomarker Identification for Label-Free Single-Cell RNA-Seq Data: A Reinforcement Learning Perspective
von: Xiao, Meng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xiao, Meng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
EnTao-GPM: DNA Foundation Model for Predicting the Germline Pathogenic Mutations
von: Lin, Zekai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lin, Zekai, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Survey and Improvement Strategies for Gene Prioritization with Large Language Models
von: Neeley, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Neeley, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Helix-mRNA: A Hybrid Foundation Model For Full Sequence mRNA Therapeutics
von: Wood, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wood, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Interpretable graph-based models on multimodal biomedical data integration: A technical review and benchmarking
von: Sadeghi, Alireza, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sadeghi, Alireza, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Cross-Platform DNA Methylation Classifier for the Eight Molecular Subtypes of Group 3 & 4 Medulloblastoma
von: Abid, Omer, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Abid, Omer, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Nano Bio-Agents (NBA): Small Language Model Agents for Genomics
von: Hong, George, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hong, George, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CellxPert: Inference-Time MCMC Steering of a Multi-Omics Single-Cell Foundation Model for In-Silico Perturbation
von: Demir, Andac, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Demir, Andac, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Leveraging Gene Expression Data and Explainable Machine Learning for Enhanced Early Detection of Type 2 Diabetes
von: Roy, Aurora Lithe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Roy, Aurora Lithe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Embed-Search-Align: DNA Sequence Alignment using Transformer Models
von: Holur, Pavan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Holur, Pavan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Set-Aggregated Genome Embeddings for Microbiome Abundance Prediction
von: Kim, Younhun, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Kim, Younhun, et al.
Veröffentlicht: (2026)
VQDNA: Unleashing the Power of Vector Quantization for Multi-Species Genomic Sequence Modeling
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
Learning to Align Molecules and Proteins: A Geometry-Aware Approach to Binding Affinity
von: Refahi, Mohammadsaleh, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Fast and Scalable Gene Embedding Search: A Comparative Study of FAISS and ScaNN
von: Refahi, Mohammad Saleh, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
von: Li, Zhongmin, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
GeneZip: Region-Aware Compression for Long Context DNA Modeling
von: Zhao, Jianan, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Predicting Anti-microbial Resistance using Large Language Models
von: Yoo, Hyunwoo, et al.
Veröffentlicht: (2024)